例如机械生产企业从xx钢料生产企业购进钢料一批，通过yy货运公司运输。如果从xx钢料生产企业、yy货运公司取得了抵扣凭证，那么支付钢料款和运输费用的对象必须分别为xx钢料生产企业、yy货运公司。如果两者不一致，凭证就无法抵扣。
2、对开发票不能抵扣
用发票对开解决销货退回问题，其实质是将退货看作是对销货方的一种重新销售，法律并无禁止，不禁止即视为不违法；二是用发票对开形式解决销货退回问题，从操作目的上看购销双方并不存在偷逃税款的主观故意，从实质上看也不造成税款流失的客观结果。
其次，"对开发票"将面临税务局的罚款
再者，没有货物往来的发票对开可能被视为虚开发票。增值税专用发票对开，由于没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务，符合"虚开增值税专用发票"的特征，极有可能被认定为虚开增值税专用发票，如果情节严重，还有可能被追究刑事责任。
发票对开，虽然对增值税没有影响，却会影响企业所得税的计算。
3、过渡期间三种发票不能抵扣
1、营改增前购买，税改后收到
2、营改增前购买，税改后付款
营改增前采购的材料已经用于营改增前已经完工的工程建设项目，营改增后才支付采购款，而收到供应商开具的增值税专用发票。
3、过渡期间的非工程采购
营改增之前采购的设备、劳保用品、办公用品并支付款项，但营改增后收到供应商开具的增值税专用发票。
以上三种情况可以用表格来更直观地理解：
不难发现，以上三种情况尽管都在营改增后收到抵扣发票，但只要合同履行或收到材料在营改增之前，那么这些过渡期间的发票就不能抵扣！
4、没有销售清单不能抵扣
没有供应商开具销售清单而开具了“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票不能抵扣。
但同一种物品，如果规定的使用用途不同，凭证就有可能从不能抵扣变为可以抵扣：例如一家报社，如果它购买的电视机，安装在单位职工宿舍里，或者职工餐厅，那就是职工的一项福利，则不能抵扣。可如果它购买的电视机用在采访工作中，专门为体育新闻采访部门购买，便于体育记者收看球赛直播来写新闻稿，那就是为了它的新闻产品的生产，这就可以抵扣。
2014年“交通运输业和部分现代服务业”营改增以后，以企业名义购买的进口豪华轿车，只要是企业生产经营使用，进口的豪华轿车也可于企业抵扣。
7、2009年前按2%征收的固定资产不能抵扣
8、获得的增值税专用发票超过法定认证期限180天
9、固定资产发生以下三种情况不能抵扣
纳税人已抵扣进项税额的固定资产发生以下三项所列情形的，应在当月按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
（一）用于免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务
1、增值税小规模纳税人购进货物取得的发票不允抵扣进项税额。
2、增值税一般纳税人在以小规模纳税人身份经营期（新开业申请增值税一般纳税人认定受理审批期间除外）购进的货物或者应税劳务取得的增值税发票，其进项税额不允许抵扣。
3、增值税一般纳税人在认定批准的月份（新开业批准为增值税一般纳税人的除外）取得的增值税发票不允许抵扣进项税。
4、增值税一般纳税人从小规模纳税人购进货物或者应税劳务取得普通发票（购进农产品除外）不允许抵扣进项税额。
2、辅导期增值税一般纳税人取得的增值税专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书交叉稽核比对没有返回比结果或比对不符时，其进项税额不允许抵扣。
3、实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得进口增值税专用缴款书稽核比对不符的，其进项税额不允许抵扣。
1、购进免税货物取得增值税抵扣凭证（向国有粮食企业购进免税粮食除外），其进项税额不允许抵扣。
2、购进用于免征增值税项目的货物或者应税劳务以及随之发生的运输费、销售免税货物的运输费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣，已申报抵扣的应作进项税额转出处理。但购进既用于增值税应税项目也用于免征增值税项目的使用期限超过12个月的机械、机器、运输工具以及其他与生产经营有关的设备、工具、器具等固定资产，其进项税额允许抵扣。
3、纳税人在免税期内购进用于免税项目的货物或者应税劳务所取得的增值税扣税凭证，一律不得抵扣。
4、免税货物恢复征税后，收到该项货物免税期间的增值税抵扣凭证注明的进项税额不允许抵扣。
5、进口货物减免的进口环节增值税税款以及与周边国家易货贸易进口环节减征的增值税税款，不得作为进口货物的进项税额抵扣。
13、作废及停止抵扣期间的增值税发票不能抵扣
1、取得作废增值税抵扣凭证，其进项税额不允许抵扣。
2、纳税人在停止抵扣进项税额期间所购进货物或应税劳务的进项税额，不得结转到经批准准许抵扣进项税额时抵扣。
3、增值税一般纳税人在停止抵扣进项税额期间发生的全部进项税额，包括在停止抵扣期间取得的进项税额、上期留抵税额，不得在恢复抵扣进项税额资格后进行抵扣。
14、未申请办理一般纳税人认定手续的不能抵扣
增值税纳税人年应税销售额超过小规模纳税人标准，未申请办理一般纳税人认定手续的，按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不允许抵扣进项税额。
这里的增值税纳税人指年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人、非企业性单位、不经常发生在税行为的企业除外；年应纳税销售额包括申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额、税务机关代开发票销售和免税销售额。但稽查查补销售额和纳税评估调整销售额计入查补税款申报当月的销售额，不计入税款所属期销售额。
同时，增值税一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的，按销售额依照增值税税率计算应纳税额，其取得的进项税额也不允许抵扣。
15、购进货物退回或折让收回的已支付增值税进项税额不能抵扣
增值税一般纳税人因购进货物退出或者折让而收回的已支付的增值税进项税额，应从发生购进货物退出或折让当期的进项税额中扣减。
16、增值税劳务划分不清的无法抵扣
一般纳税人兼营免税项目而无法划分不得抵扣的进项税额的，按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额＝当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额÷当月全部销售额、营业额合计
便利小贴士：
无法抵扣发票的8种补救办法：
No1
专用发票"抵扣联"若无法认证的，其进项税额不允许抵扣，但可用"发票联"到主税务机关认证，将"发票联"复印件作为抵扣联留存备查。
No2
增值税一般纳税人将取得的专用发票"抵扣联"丢失的，其进项税额不允许抵扣。但如果丢失前已认证相符，可用"发票联"复印件作为"抵扣联"留存备查；如果丢失前未认证的，可用"发票联"到主管税务机关认证，将"发票联"复印件留存备查。
No3
No4
No5
增值税一般纳税人取得失控专用发票，其进项税额不允许抵扣。但如果经税务机关按非正常户登记失控专用发票后，一般纳税人又向税务机关申请防伪税控报税的，其主管税务机关可以通过防伪税控报税子系统的逾期报税功能受理报税。经查属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证抵扣进项税额。
No6
No7
经认证，专用发票有重复认证、密文有误或纳税人识别号有误或专用发票所列密文解译后与明文不一致时，其发票暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，待税务机关查明原因，核实无误后再申报抵扣。
No8
但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
如有证据表明购货方在进项税款得到抵扣、或者获得出口退税前知道该专用发票是销售方以非法手段获得的，对购货方应按《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[1997]134号）和《国家税务总局关于〈国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知〉的补充通知》（国税发[2000]182号）的规定处理。