分公司接受服务，但是总公司付款，发票能开给分公司吗？
根据往期国家税务总局的答复：“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，应按照实际业务由提供服务一方向接受服务一方开具发票。”
即：只要业务真实，可以由总公司付款，发票开给分公司，独立核算的分公司也可以抵扣增值税。
这里很多人担心三流不一致的影响。
我们具体再分析一下三流一致的情况。
“三流一致”源头文件
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）第一条第（三）款规定，购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。
纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
文义解释
1、“购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象”
“购进货物或应税劳务”的纳税人是一方，“支付货款、劳务费用”是连接一方和另一方的关系纽带，“的对象”是另一方，即销货单位、提供劳务的单位/销售方/收款单位。
结合上下文意思，国税发[1995]192号第一条第（三）款规定，主要用于规范收款单位。
2、“所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致”
“销货单位、提供劳务的单位”显然指的是销售方，不可能是购买方，如果指向购买方，则应表述为“购货单位、接受劳务的单位”；只有“收款单位”与“销售方”是同一单位，才能达到“一致”的效果，符合“一致”的要求。因此“所支付款项的单位”即“收款方”、“收款单位”。
如果将“所支付款项的单位”理解为“付款方”，付款方只能和销售方开具的抵扣凭证（发票）上的“购买方”一致，永远不可能与开具抵扣凭证的“销售方”一致。
所以总公司付款给销售方，销售方开票给分公司，符合文件三流一致的规定。
第二个问题是说纳税人取得服务品名为住宿费的增值税专用发票，但住宿费是以个人账户支付的，这种情况能否允许抵扣进项税？是不是需要以单位对公账户转账付款才允许抵扣？
其实现行政策在住宿费的进项税抵扣方面，从未作出过类似的限制性规定，纳税人无论通过私人账户还是对公账户支付住宿费，只要其购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。而且，需要补充说明的是，不仅是住宿费，对纳税人购进的其他任何货物、服务，都没有因付款账户不同而对进项税抵扣作出限制性规定。
2、2016年10月14日国家税务总局货物和劳务税司就旅行社业“营改增”反映集中的问题所进行的答复：该条款管的范围还仅限于货物和运输服务
(四)纳税人遵从成本有所增加，征管设计有改进的空间。
一方面，增值税对企业的发票管理、业务核算、纳税管理等都提出了更高的要求，纳税人遵从成本有所增加。另一方面，部分征管制度设计尚不尽如人意。增值税发票管理“三流合一”的要求对部分业务产生影响。例如部分地方规定，旅行社向酒店付款，那么酒店发票只能开给旅行社而不能以客户单位为开票抬头；许多旅客以个人名义报团，发票又需要开具公司抬头，旅行社极易不符合“三流合一”的规定。
国家税务总局货劳司：纳税人遵从成本有所增加是正常的，因为现在增值税管理比营业税要严格，从总局了解的情况，国税局的管理比地税局要严格规范一些，政策制定比较统一。地税局各地之间差异比较大，地方性的政策也比较多。
“三流合一”是1995年国税发192号文件，那个文件的其他条款全都废止了，就留了这一条。到现在已有二十多年，现在形势的发展无论是支付手段，还是发票监管，都是电子抵账，已经很强大了。当时都是手开票，拿手写的专用发票，那个情况下税务局需要看是否三流合一，但是现在该条款管的范围还仅限于货物和运输服务。营改增的服务领域不适用该条规定。关于该条款总局会再评估一下，如果觉得它存在已经没有意义的话，今后有可能会取消。
3、福建省税务局2021年3月24日答复：“所支付款项的单位”是指收款单位
问：国税发[1995]192号、国税发〔2002〕45号，文件中规定“纳税人购进货物或应税劳务，支付运费，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。”请问，此文件是否适用仅适用于货物、劳务，不适用营改增项目，比如：餐饮服务业。
答复机构：福建省税务局
答：您好，国税发〔1995〕192号文件中提及的“所支付款项的单位”是指收款单位。营改增项目建议参照该份文件执行。
问题：你好，公司收到一张自然人独资公司的发票（电子发票），对方要求把货款打到该自然人个人账户（该自然人同时也是该公司的法人代表），不知是否可以？
答复机构：厦门市税务局
5、2017年11月新修的的《中华人民共和国增值税暂行条例》：删除“向购买方收取”改为“收取”
原增值税暂行条例（2016年修订）第五条规定：纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算并向购买方收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额=销售额×税率。第六条规定：销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。销售额以人民币计算。纳税人以人民币以外的货币结算销售额的，应当折合成人民币计算。
新增值税暂行条例（2017年11月修订）第五条规定：纳税人发生应税销售行为，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额=销售额×税率。第六条规定：销售额为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。销售额以人民币计算。纳税人以人民币以外的货币结算销售额的，应当折合成人民币计算。
6、国税函[2006]1211号文件明确：国税发[1995]192号文件第一条第（三）款规定的情形并不包括实际付款单位与发票上注明的购货单位名称不一致的情形
结论
我们认为，“三流一致”指的是业务流出自销售方、发票流出自开具方，资金流出自收款方。“委托付款”的情形下，只要确保收款方与销售方、发票开具发保持一致，购货单位、接受劳务的单位取得增值税专用发票可以抵扣进项税额。