农产品电商低价竞争背后是竞争模式滞后，无序竞争严重影响了农产品电商效率。同质化模式竞争导致竞争成本较高和效益较低，绝大多数电商企业亏损经营，企业昙花一现的倒闭，严重影响了农产品电商可持续发展。离“链式发展”和“生态发展”相距甚远。
4、农产品电商不能与实体经济融合发展
农产品电商与实体经济不能够融合发展，按照二者的发展规律，应该先后经历“你就是你，我就是我”“你中有我，我中有你”“你就是我，我就是你”三个发展阶段，当前，大多数市场主体还仅仅处于第一个阶段、第二个阶段，远远没有达到第三个阶段的“融合发展”。
5、跨境电商B2B交易没有得到应有的重视
6、生鲜电商、社区团购、预制菜电商跟风严重
近几年来，在农产品电商领域，先后出现生鲜电商、社区团购、预制菜电商跟风潮，因此，生鲜电商、社区团购、预制菜电商效果并不明显，存在跟风、同质化、低层次、泡沫化等现象，生鲜电商、社区团购、预制菜电商都是新的业态、新模式、新场景，但是在运行中没有按照其特有的经济规律运营，因此，需要在未来扎扎实实地继续探索新的发展路径。
7、农产品电商文化建设严重滞后
8、农产品电商统计严重滞后
10、农产品电商缺乏健全的物流体系
我国农产品电商的法律制度不多，其保障法律社会体系不完善，法律制度有所缺失，因此信用风险比较高，也没有一个健康良好的信用环境，导致在电商上投资风险也会有较大，从而阻碍了农村电商的发展。
农产品电商理论研究滞后，不能够有效地指导农产品电商实践。表现为农产品电商的一些基本理论问题没有搞清楚，什么是数字农产品、什么是农产品电商、什么是“数商兴农”、农产品电商的数字化转型、农产品电商模式创新、农产品电商赋能乡村振兴，以及农产品电商的体系建设、农产品电商的规范统计分析等，都需要认真地加以研究。特别是中国式农产品电商现代化，以及赋能乡村振兴实现2035年、2050年的奋斗目标，都需要认真研究。当前出现的生鲜电商“第二曲线”理论等等，许多问题需要从理论上得到解答。
以上12大问题不解决，中国农产品电商不可能高质量发展，也不可持续发展，其地位也不会得到提高，功能和作用也不会得到充分发挥。