单细胞与转录组结合分析轻松可发6+！单细胞胃腺癌标志物细胞簇基因

本研究的局限性：首先，scRNA-seq配置文件来自早期STAD；因此，可以识别的恶性细胞亚群可能是有限的。其次，PRS是基于回顾性分析开发的，在临床实践中使用之前应在前瞻性试验中进行验证。

导语

胃腺癌(STAD)是胃癌最常见的组织学类型，也是第五大最常见的癌症类型。STAD患者预后不良是由多种因素造成的，如晚期临床表现、遗传异质性和有效的耐药性。

数据介绍表达数据：GSE66229,GSE113255,GSE84437,GSE26942。TCGA-STAD数据。单细胞数据：GSE134520。分析流程

结果解析01稳健的胃腺癌和非恶性细胞标志物在GSE66229数据集中，本研究共识别出14224个DEGs，其中上调7799个，下调6425个（图1A）。在GSE113255中，共鉴定出8669个DEG，其中上调7473个，下调1196个（图1B）。在TCGA-STAD中，共识别出13,353个DEG，其中上调7077个，下调6276个（图1C）。本研究发现，上调基因（图1D）和下调基因（图1E）在三个数据集中变化很大。因此，本研究又进行了稳健的秩聚合分析，选择了50个稳健的恶性标志物和50个稳健的非恶性标志物。在表达热图中中，这100个基因在三个数据集中显示了STAD和正常胃组织之间明显不同的表达模式（GSE66229的图1F、GSE113255的图1G和TCGA-STAD的图1H）。

图1

此外，重叠的上调和下调基因涉及不同的KEGG通路。图1I显示了涉及重叠上调基因的前20条KEGG通路，图1J显示了涉及重叠下调基因的前20条KEGG通路。02早期胃腺癌的瘤内异质性本研究通过SCINA包将质量控制后剩余的3771个细胞识别为2506个恶性细胞、63个非恶性细胞和1202个基于恶性和非恶性细胞标记的未知类型细胞（图2A）。基于100个标记基因的表达模式，本研究发现PCA无法很好地区分这三种类型的细胞（图2B）。恶性细胞被进一步鉴定为九个细胞簇（图2C），通过筛选细胞簇标记，使用前五个阳性标记（按logFC排名）绘制表达热图（图2D）。

图2

图3

图4

图5

图6

小编总结本研究的局限性：首先，scRNA-seq配置文件来自早期STAD；因此，可以识别的恶性细胞亚群可能是有限的。其次，PRS是基于回顾性分析开发的，在临床实践中使用之前应在前瞻性试验中进行验证。第三，本研究缺乏分子实验来进一步探索恶性细胞标志物的具体机制。尽管有这些限制，本研究揭示了早期STAD的有限但重要的ITH。基于对组织和单细胞表达数据的综合分析，提出了一种基于恶性细胞亚群标记的PRS，可以识别出存活率低的STAD患者。PRS与肿瘤的常规临床病理学评估相结合，可以帮助临床医生提供更加个性化的治疗，希望这种分析方法能对大家日后的研究有所启发~

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