天干不仅是年、月、日、时的代号，同时还与脏腑相配合。《素问·脏气法时论》云：“肝主春，足厥阴、少阳主治，其日甲乙……心主夏，手少阴、太阳主治，其日丙丁……脾主长夏，足太阴、阳明主治，其日戊己……肺主秋，手太阴、阳明主治，其日庚辛……肾主冬，足少阴、太阳主治，其日壬癸。”《内经》里关于这类脏腑与干支配合的论述很多，子午流注针法的运用就是根据这一基本配合演化发展而来，这个环节很重要。因为“主经"和“开穴”对子午流注来说，是居首要地位，必须熟此，才能熟练运用子午流注。现将《针灸大成》载“十二经纳天干歌”录于下：
甲胆乙肝丙小肠，丁心戊胃己脾乡，
庚属大肠辛属肺，壬属膀胱癸肾藏，
三焦亦向壬中寄，包络同归入癸方。
这个十二经脉脏腑的十天干配属，只是“三焦寄壬，包络寄癸”的道理需要讲讲。三焦虽是“决渎之官”犹可言壬，而包络附心主，安云癸三焦与包络均为相火，按五脏生克关系仍应以三焦寄壬、包络归癸为宜，这样符合临床实际。因中医是以脏腑、经络、气化为主，如心肾两脏，同称少阴，向来取其心肾相交、水火既济为用；我们说三焦寄壬，针时用三焦经原穴阳池配膀胱经原穴京骨，临证的意义在于周身灌体、和内调外、营左养右、导上宣下。明代刘纯、徐凤、杨继洲等针灸医家均持此观点。然张景岳却认为
“三焦阳府须归丙、包络从阴丁火旁”。若按此说，临证针阳池，同时针小肠经原穴腕骨，实践证明效果不理想；遵“包络寄癸”，针取大陵心包络之原穴，配肾经原穴太溪，是为心肾相交，水火既济，尤其用此配穴治疗虚烦不眠、头目眩晕者，效若桴鼓。若按“包络归丁”之说，针大陵穴配神门，理论上蛇足不说，且临床疗效欠佳。
二、十二经与地支配合
十二地支与脏腑，是以经脉的循行相配合的。元·滑伯仁《十四经发挥》云：“经脉者，行血气，通阴阳，以荣于身者也。其始从中焦注手太阴、阳明，阳明注足阳明、太阴，太阴注手少阴、太阳，太阳注足太阳、少阴，少阴注手厥阴、少阳，少阳注足少阳、厥阴，厥阴复还注于手太阴。其气常以平旦为纪，以漏水下百刻，昼夜流行，与天同度，终而复始。”杨继洲注：“以平旦为寅时。”《难经·一难》曰：“寸口者，脉之大会，手太阴之脉动也。”丁德用注：“昔黄帝问曰：诊法何如岐伯对曰：常以平旦，阴气未动，阳气未散，饮食未进，经脉未盛，络脉调匀，气血未乱，乃可诊有过之脉。”
肺寅大卯胃辰宫，脾巳心午小未中，
中胱酉肾心包戌，亥焦子胆丑肝通。
1.天干与地支各有阴阳的区别
十天干中，甲、丙、戊、庚、壬为阳干；乙、丁、己、辛、癸为阴干；
十二地支中，子、寅、辰、午、巾、戌为阳；丑、卯、巳、未、西、亥为阴；
一、三、五、七、九、十一为阳；二、四、六、八、十、十二为阴。
干支的阴阳属性，总的来说，天干属阳，地支属阴；然干支各分阴阳，单数为用，双数为阴；奇为阳，偶为阴。干支配合是阳配阳、阴配阴而成的。
2.十二时辰与二十四小时对应关系
古代十二时辰，等于现在的二十四小时，子为夜半，午为日中，兹为便
于计算，列表如下(见表17)：
四、五输穴与五行的关系
五输穴是指十二经脉分布在人体肘、膝关节以下的井、荥、输(原)、五输穴不仅是经气出人、阴阳会合之处，而且是调整机体、治疗疾病的要求，它是子午流注针法配穴的重要内容。经、合六十六穴。阳经有原，每经六穴，六阳经共36穴；阴经无原(以输代原)，每经五穴，六阴经共30穴。古人以水流来形容人体气血的动态，《灵枢·九针十二原》篇载：“经脉十二，络脉十五，凡二十七气，以上下。所出为井，所溜为荥，所注为输，所行为经，所人为合，二十七气所行，皆在五输也。”
《难经·六十八难》云：“井主心下满，荥主身热，输主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄。此五脏六腑井荥输经合所主病也。”井荥输(原)经合穴在运用上又与五行相配，均按木、火、土、金、水相生顺序排列，阴经始于木，阳经始于金。由于五行相生，产生了生我(母)、我生(子)的母子关系，亦即母子穴，从而确立了“虚则补其母，实则泻其子”的治疗原则。六腑为阳，三焦原气行于诸阳经，故设一原穴；阴经无原以输代原。阳经五输穴和阴经五输穴配属五行的关系不同，于是产生阳井金，阴井木……的配属，表明阴阳之间具有刚柔相济的意义。
考《难经·六十四难》曰：“阴井木，阳井金；阴荥火，阳荥水；阴输土，阳输木；阴经金，阳经火；现将阳经、阴经五输穴合水，阳合土。”
关于阳井金，阴井木所以然之庚者乙之刚也；故言阳井金也。庚而言者，盖诸
于庚金；故自乙分阴分阳，迭用、表19)：理，其云：“是刚柔之事也。阴井乙，乙者庚之柔也；乙元·滑伯仁释义：“刚柔者脏腑穴，皆始于井。。而阴脉
庚而言刚柔相配，而其余五柔刚。此之谓也。(详见本书阴井乙木，阳井庚金。阳井庚，为木，故言阴井木也；庚为金，即乙庚之相配也。十干所以自乙
之井，始于乙木；阳脉之井，始行之配，皆仿此也。”1。”《易》曰：书第六章)分属五行表分别列于下见表18
五、年月日时干支推算法
子午流注针法是一种按时取穴法，因此操作此法必须要依据日的干支作为针刺的必要条件，于是必然涉及推算问题。具体介绍如下。
(一)年干支推算法
年干支的推算比较容易，因为它是固定的。例如甲子年(1984)，按日历下一年就是乙丑年(1985)，六十年一个周期，按照干支向下推就是了。
若求每年元旦日干支的方法也很简单，只要掌握住平年与闰年，平年求下一年元旦日干支时，在元旦干支的基数上加5，便可求出下一年的干支；闰年求下一年元旦日干支时，要在元旦干支的基数上加6，就是下一年元旦的干支。如求1985年元旦干支，须在1984年(闰年)元旦干支的基数上加6，其元旦干支是“甲午”，甲基数是1，再加6等于7，7是“庚”的代数，年干支的基数是7，加上6等于13，再减去12，余数为1，1乃“子”的代数，可知1985年元旦干支是“庚子”。
(二)月干支推算法
卯、三月辰、四月巳、五月午、六月未、七月申、八月酉、九月戌、十月亥，年年如此。所以推算每个月的干支，当从“年上起月"，从正月建寅始。
比如甲年或己年的正月都起于丙寅，顺次推为二月丁卯、三月戊辰、四月己巳、五月庚午、六月辛未、七月壬申、八月癸西等；乙年或庚年的正月都起月支是固定的，每年按农历十一月都是子月、十二月丑、正月寅、二月于戊寅，顺次推为二月己卯，三月庚辰等。可见，月干是由年干决定的。牢记以下歌诀(“五虎建元”)可迅速算出：
甲己之年起丙寅，乙庚之岁戊寅行，
丙辛便从庚寅始，丁壬壬寅亦顺寻，
戊癸甲寅正月起，五门得合是原因。
(三)日干支推算法
历不同，它除了每四年有一次闻二月外，每年的大小月都是固定不变的。大推算日干支用阳历，因农历大小月和闻月不固定，推算日干较复杂。用甲己之年起丙寅，乙庚之岁戊寅行，丙辛便从庚寅始，丁壬壬寅亦顺寻，戊癸甲寅正月起，五门得合是原因。
月31天，小月30天，唯二月28天(闰年多一天)。故用阳历推算日干较方便。歌诀如下：
甲己还生甲，乙庚丙作初；
丙辛生戊子，丁壬庚子头；
戊癸生壬子，周而复始求。
如：求1985年1月5日的干支是什么首先将年干支的基数加上日数，
1985年元旦天干的基数是7，通过加减的方式得的总数为11，11为天干“甲”
的代数，便知1月5日天干为甲。1985年元旦地支代数是1，再加5日、1
月地支减1，得出总数是5，地支辰的代数是5，便知1月5日地支是辰。所
以，1985年1月5日的干支是甲辰。
(四)时干支推算法
每日十二个时辰的地支是不变的，五日六十个时辰后重返甲子。时干的
变化由日干决定，即日上起时(以子时为基础)。临床上只有明确每日临时
的干支，才可知道即时开穴，当记住以下歌诀(“五子建元")：
歌诀中每句前两个天干代表当日的日干，第三个天干是指该日子时的时
干。即：逢甲日己日子时的时干都是“甲子"；逢乙日庚日子时的时于都是
“丙子”；丙日辛日的子时都是“戊子"；丁日壬日的子时都是“庚子”；戊日
癸日的子时都是“壬子"。余下各时均按顺序配合。所以，十个日干的第一
个时辰知道了，然后按照顺序推算，即可得出。
推算日干用阳历，元旦日干作为基，一四五月各减一，三月减二支加十，二六七月不加减，八月加一九加二，冬腊两月各加三，十月加二要牢记，闰年三月后加一，得数去整取零余。