三元九运源于洛书，即以洛书九数论九运。
中国古代历制以六十年为一甲子，三个甲子为一正元共一百八十年，三个甲子分上元、中元和下元，又以每二十年为一运。共分九运。上元一二三运，中元四五六运，下元七八九运。当元为旺，未来为相，过去为退。
(1)、上元一运：1864——1883甲子甲戍二十年，贪狼木星主气。
(2)、二运：1884——1903甲申甲午二十年，巨门土星主气。
(3)、三运：1904——1923甲辰甲寅二十年，禄存土星主气。
(4)、中元四运：1924——1943甲子甲戌二十年，文曲水星主气。
(5)、五运：1944——1963甲申甲午二十年，廉贞星主气。
(6)、六运：1964——1983甲辰甲寅二十年，武曲金星主气。
(7)、下元七运：1984——2003甲子甲戌二十年，破军金星主气。
(8)、八运：2004——2023甲申甲午二十年，左辅星主气。
(9)、九运：2024——2043甲辰、甲寅、二十年，右弼星主气。
2、二元八运
玄空大卦的卦运、卦气之旺衰则只论上下元。
即一、二、三、四运为上元，六、七、八、九运为下元。其中五运的上十年为上元，下十年归属下元。
六十四卦卦运表
3、父母三般卦
父母卦、江西卦、江东卦合称父母三般卦。
(1)、一运卦
玄空大卦，以乾、兑、离、震、巽、坎、艮、坤之八纯卦，为诸卦之父母，所有的六十四卦，均由三画的八卦而变来。因此八纯卦为一运卦。
(2)、九运卦
把八纯卦，按夫妇的两两配合，即形成了九运卦。如上卦乾加下卦坤，即形成了天地否，上卦坤加下卦乾，即形成了地天泰，这样相交的成果即得否、咸、未济、恒、益、既济、损、泰等八个卦。九运卦的八个卦，都是内外卦成夫妇正配，雌雄交度的，所以能为万物之母。
玄空大卦罗盘圈层图示
(3)、江西卦与江东卦
由一运卦的卦爻所变产生的卦，为江东卦。由九运卦的卦爻所变产生的卦，为江西卦。
把卦运与杨公九星结合，即得一运贪狼，二运巨门，三运禄存，四运文曲，五运廉贞，六运武曲，七运破军，八运左辅，九运右弼。
江东卦的变化，均由一运卦而来。每一个九运卦，上卦不变。初爻变，为左辅八运卦;二爻变为破军七运卦，三爻变为武曲六运卦。如否卦，初爻变为天风姤，为八运卦。二爻变为天火同人，为七运卦。三爻变为天泽履，为六运卦。
江西卦的变化，则由九运卦变化而来。一运卦仍然是上卦不变，初爻变则为二运卦，为巨门。二爻变，则为三运卦，为禄存。三爻变则为四运卦，为文曲。如乾卦，初爻变为天雷无妄，为二运卦。二爻变为天水讼，为三运卦。三爻变为天山遁，为四运卦。
六十四卦圆图外卦排列
3、玄空大卦配运诀
贪狼不变一运来，九运全变弼应该，
二运巨门上中变，八运辅星初爻裁，
三运禄存上下变，七运破军变中胎，
四运中下文曲处，六运武曲上爻抬，
此是玄空卦运诀，合乎零正发丁财。
此诀可以称之为:观爻位配运法。即观察对应爻位之阴阳异同，而迅速配上卦运。
玄空大卦星运表
4、配运诀白话注解
(1)、贪狼不变一运求
上卦与下卦对应之爻，阴阳不变(同)者，为一运卦。有：
乾、兑、离、震、
巽、坎、艮、坤。
以乾卦为例说明，初爻与四爻对应，二爻与五爻为对应爻，三爻与上爻为对应爻，乾卦对应之爻，阴阳均相同(初爻为阳，四爻亦阳)所以乾卦为一运卦。其余诸卦同理。
(2)、九运全变弼应该
上卦与下卦对应之爻，爻爻均阴阳不同(全变)为九运卦。有：
否、咸、未济、恒、
益、旣济、损、泰。
(3)、二运巨门上中变
上卦与下卦上爻、中爻阴阳不同者为二运卦。有：
无妄、革、睽、大壮、
观、蹇、蒙、升。
(4)、八运辅星初爻裁
上卦与下卦初爻阴阳不同者，为八运卦。有：
姤、困、旅、豫、
小畜、节、贲、复
(5)、三运禄存上下变
上卦与下卦上爻、下爻阴阳不同者。为三运卦。有：
讼、大过、晋、小过、
中孚、需、颐、明夷
六十四卦圆图外卦五行
(6)、七运破军变中胎
上卦与下卦的中爻阴阳不同者，为七运卦。有：
同人、随、大有、归妹、
渐、比、蛊、师。
(7)、四运中下文曲处
上卦与下卦的中爻、下爻阴阳不同者，为四运卦。有：
遯、萃、鼎、解、
家人、屯、大畜、临。
(8)、六运武曲上爻抬
上卦的上爻与下卦的上爻阴阳不同者，为六运卦。有：
履、央、噬嗑、丰、
涣、井、剥、谦。
一运卦对应之爻阴阳相同，九运卦对应爻阴阳全不相同。一九运之卦为父母卦，其余为子息卦。