谪居海外三年，是东坡一生笔墨生涯的最后时光，也是他学术造诣得以展示的“高光时刻”。在儋州古城（今中和镇）“食芋饮水，著书以为乐”（苏辙语）的苦日子里，他在垂暮之年完成了《书传》《易传》《论语说》三部学术著作，人称“海外三书”。
《书传》是苏东坡居儋期间独立完成的，因为缺少参考书籍，他得靠朋友从大陆寄来一船书以助翻检。《易传》与《论语说》是早年间谪居黄州时初成书稿，到海南才修订完成。三书之成，对东坡来说是一件大事、乐事、幸事。他高兴得情不自禁地告诉朋友：“某年六十五矣，体力毛发正与年相称。或得复与公相见，亦未可知。已前者皆梦，已后者独非梦乎？置之不足道也。所喜者，海南了得《易》《书》《论语传》数十卷，似有益于骨朽后人耳目也。”（《答李端叔书》）
《书传》
“以德为先，以民为本”
东坡《书传》到底说了些什么？一言以蔽之：治国理政必须“以德为先，以民为本”。本来流传了三千多年的治国宝典《尚书》也是以此为主题的，但一经汉唐以来历代经学家的多番传述，观点就不尽相同了。“以德为先”尚且略有相通之处，但“以民为本”，则基本上无人能与东坡持此坚定不移的观念了！比如《书传》中论到“皇极”一词，东坡认为这是“大中至正”的儒家学说。因此他释“皇”为大，释“极”为中，要求统治者必须树立“大中至正”的治民法则。而诸儒，特别是明清以来死抱封建僵尸的学者，都将“皇”释为“皇上”或“皇权”，于是本应为民众谋利益的“皇极”却变成了皇帝操弄权柄，压制民众的统治手段了。（见《洪范》“皇极”一节）
在《多方》一篇中，东坡的传文有：“丽，著也。奠民之居，王政之本。民不土著，虽尧舜不能使无乱。”东坡释“丽”为附着的意思，认为统治者必须认真解决土地问题，使民众能安居乐业，这才是“王政之本”。可是，尽管历代注家对“丽”字有多达十余种解释，却没有一种与他相同。
东坡《书传》在北宋末年不许印行，但此书一直以手抄本流传，直至明末始有正式刊本。
《易传》
朱熹排斥纪昀肯定
《易传》是苏东坡纯粹讨论儒家哲学思想的专著。《易》作为儒学中最重要的哲学经典，传承到北宋时期，迎来一个崭新的传习阶段。而这个时期，作为学界主流的思想是以程颢、程颐为代表的天理心性说。他们以一个超意识的“天”作为一切变化的主宰，阐述封建皇权及人世尊卑等级的“合理性”，明显带有主观唯心主义色彩。而苏轼却以现实中的事物变化作为思辨的主体，着重强调人的作用，强调变化的客观性，明显带有唯物主义色彩。因此与二程学派有一定的差别与矛盾。
《易传》一书，又曾名为《苏氏易传》。因为此书初稿出自苏洵之手，未完而染疾，临终前特嘱苏轼续完，而苏辙于《易》亦有心得，东坡的《易传》中，《蒙卦》一章即出自他的解说。
进入南宋后，朱熹作为二程的传人，极力排斥东坡《易传》，为此他特撰有《杂学辨》一书，着力排斥东坡的学说。清代纪昀在《四库全书总目提要》中介绍《易传》时说：“朱子作《杂学辨》，以轼是书为首。然朱子所驳，不过一十九条，其中辨文义者四条，又有一条谓‘苏说无病，然有未尽其说者’，则朱子所不取者仅十四条，未足以为是书病。”朱熹写了十九条驳论，但纪昀认为朱子的驳斥并不能贬低东坡《易传》的学术价值。试举其中一例——
《周易·乾卦》“大哉乾元！万物资始，乃统天”一句，苏东坡的解释是：“此论元也。元之为德，不可见也，所可见者，万物资始而已。元之德不可胜言也，惟是为能统之。”意思是，这句话解释的是“元”这个概念，“元”作为展示世间万物生长的气象，它是看不到的，我们所能看到的只是万物不断生长的气象。“元”作为万物生长的气象是说不尽的，因为这样，才能以“元”来统一表达“天生万物”这一概念。
朱熹对此却反驳说，万物生长的气象为什么看不到呢？只要留心观察于耳目之间，“未尝不可见也”，能懂得“天道”的人都可以知道，苏氏不了解这一点，就以“看不见”来说事，岂不让人产生疑惑？
东坡以“元”作为一种抽象的概念，而朱熹却把概念当成实物，并批评东坡是故意以“看不见”来歪曲经典。这说明朱熹号称的“格物致知”还远未达到抽象概念的思维程度。
《论语说》
钩沉辑佚，仍可窥斑见豹
《论语说》最初是东坡谪居黄州时所作，当时写成后曾手抄一份寄呈朝中大臣文彦博，但最后因所谓“党争”的政治局势影响，此书还是失传了。另据四川大学马德富先生的看法，《论语说》之所以失传，是因为明代科举考试中只许采用朱熹的《论语集注》为必读之书，且因东坡的《论语说》包含不少非议儒学道统、批评孟子等“离经叛道之语”，所以被“日益森严的正统儒学所摈弃了”，至今所见是后人辑录的残本。
尽管如此，从东坡自青少年时起，兄弟俩便以父亲苏洵为师的学术传承来看，也可知在《论语说》中必定有不少观点与众不同，别有新解。比如，他年轻时所作的《中庸》三论，便力证程朱学派对孔子学说的曲解。苏轼认为，《中庸》之论，是孔子所著未完的“遗书”，其要旨不是谈天理性命而是着眼于人的情志品性，通过内省自修的途径（道），诱导人的德性达到最完美的极境——至诚。
程朱学派却认为：“不偏之谓中，不易之谓庸。”（朱熹《中庸章句》）引孔子“过犹不及”为据，主张做人处事应以“适中”状态为最好。而东坡却就此批评道：“此昧者之论也。故世俗之学，以中庸为处可否之间，无过与不及之病而已，是近于乡愿也。”
什么是“乡愿”？即做事情貌似不偏不倚、对是非模棱两可的态度与行为方式。至今仍有学者认为孔子的“过犹不及”讲的是处在过与不及之间，也就是“中庸”，却忽略了东坡的“中庸论”说的是一种“至诚”的精神境界。
东坡的《论语说》虽然已经失传，但经后人精心钩沉辑佚，也可以“一孔窥全豹”，从有限的片断中了解全书的中心意思与价值取向。
苏东坡北归渡海赴廉州时，“船宿大海中，天水相接，疏星满天。起坐四顾太息，吾何数乘此险也？已济徐闻，复厄此险乎！过子在旁酣睡，呼不应。所撰《易》《书》《论语》皆以自随。世未有别本，抚之而叹曰：‘天未丧斯文，吾辈必济！’已而果然。”假如当夜果有风涛之险，“三书”俱失，则时至今日，世上再也见不到这“三书”的真相了！“天未丧斯文”，毕竟东坡不仅是中国且是世界第一等的伟大文人。