新机场的选址位于大屿山以北的一座人工岛上，面积为12.55平方公里，包括赤鱲角、榄洲及填海所得来的土地。建造工程于1992年正式启动（后来由于中英双方之分歧被迫延至1995年5月才动工兴建）。初期计划原定于1997年年中完成，时任香港总督彭定康曾经表示希望在香港主权移交后能够从新机场离开香港。不过新机场历经了6年建成，并且与新界西区的另一工程大榄隧道一并于1998年启用，于1998年7月2日由中共中央总书记兼国家主席江泽民主持开幕仪式，7月6日正式启用。连同其他相连基础建设，造价约为90亿美元，占《香港机场核心计划》中成本的40%。
为了赤鱲角岛上的文物，英皇御准香港赛马会拨款资助香港考古学会在岛上考古调查及发掘。行动于1990年展开，历时16个月。首要任务就在该岛上进行全面性调查，纪录旧坟墓和旧建筑物，并且找出原来的耕作模式。考古人员在深湾村、虎地湾及虾螺湾等多处考古遗址出土很多新石器时代中期至青铜器时代的陶器。在赤鱲角亚妈湾一座约于1833年建成的天后庙于1990年被拆件，迁至东涌黄龙坑重组。另外，岛上独有的卢文氏树蛙也在兴建机场前被送往南丫岛栖息。
新机场于1998年7月6日启用，启德机场同时关闭。不少设备及器材等在当晚午夜后随即从启德机场搬迁往新机场，停泊在启德机场的飞机亦需要飞往新机场。早上6时30分，机场完成迁移工程，新机场正式运作。首班抵达香港国际机场的航班为由美国纽约肯尼迪国际机场起飞，不停站飞越北极上空直达香港的国泰航空航班CX889，该航班被称为极道一号（PolarOne），于7月6日清晨顺利降落在机场南跑道上。
机场启用初期一度出现混乱，客运大楼发生电脑故障，以致航班资料无法显示，行李输送系统亦出现了错误，客运大楼亦多次发生过供电及供水停顿等问题；机场快线亦出现过班次延误及未能够成功靠站的问题；货运服务更一度临近中断，超级一号货站的交收系统停顿，大量货物积压在货站。香港政府及后需要重新开启原启德机场的二号空运货运站，有商人更直接将货物调度到邻近机场交收。新机场的混乱其后逐步解决，并且逐渐被公众所接受。香港政府委任了胡国兴法官及郑维健博士成立独立的新机场调查委员会，彻查事件，而立法会及申诉专员公署亦先后就事件进行调查及发表报告。
透过《香港国际机场发展蓝图2020》宣布航天城计划的第一期，，工程于2008年落成。
2011年，香港国际机场开始更换客运大楼的传统照明设施为81,000个发光二极管装置，估计每年可节省约1,250万度电力及减少逾7,000公吨碳排放量；及提升设于停机位的固定地面供电系统及预调空气系统，可以期望减少85%的飞机碳排放量，有助纾缓温室效应。
香港国际机场多次获得“全球最佳机场”的殊荣以及多个建筑设计奖项，其中英国独立航空调查机构Skytrax于12年内8度评定香港国际机场为全球最佳机场，给予香港国际机场“五星级机场”的最高级别评等。
香港国际机场占地达1,255公顷，机场管理局对机场岛上的设施作出了完善的规划，对各项客运、货运、商业及地勤支援等设施，在机场岛上划分了专用的地带，以方便于集中管理。目前，机场管理局按照各项机场设施的类型，在机场岛划分为以下的区域：
为了令驾驶人士更方便前往机场不同非禁区范围，路政署在2014年把除航天城外其他非禁区范围旧有带颜色标签的路牌统一为现有路牌，与香港大部分路牌一致。
香港国际机场拥有两座客运大楼，总平方面积达730,000平方米。
二号客运大楼是香港国际机场第二座客运大楼，于2007年2月初开始投入服务，同年6月1日举行正式开幕典礼。二号客运大楼占地140,000平方米，耗资28亿港元兴建。除了航空功能外，二号客运大楼接驳至海天客运码头；同时，二号客运大楼设有大型旅游车总站，汇聚通往中国大陆、香港酒店及旅行团的客车服务。二号客运大楼与多项新落成的设施将会合并构成香港国际机场北面的商业发展计划建筑物——航天城。
二号客运大楼在3楼（地面层)的两端及中间均设有出入口分别连接地面运输中心及一号客运大楼抵港层。二号客运大楼的登机柜位设于第5层，共有3个登记区（N、P、Q），合共22间航空公司在此办理登机手续。乘客于二号客运大楼登机柜位的另一端进入3楼办理登机手续及通过香港海关后，便可前往第一层乘搭旅客捷运系统，前往一号客运大楼东大堂登机，唯前往33-80号闸口的乘客需在东大堂转乘另一捷运路线。
翔天廊是位于香港国际机场二号客运大楼6楼的综合消闲娱乐中心，是航天城内的两座大型商场之一，于2007年初启用。翔天廊设有多道行人天桥及行人通道相连，香港国际机场一号客运大楼之间设有港铁机场快线机场站。翔天廊的商铺面积达35,000平方米，其中逾90%面积为非禁区，包括110间商铺及23间食肆设有IMAX戏院及航空探知馆等娱乐设施。
北卫星客运廊坐落于香港国际机场一号客运大楼以北，楼高两层，面积达20,000平方米，2009年12月中开始投入服务。北卫星客运廊设有10个供窄体飞机停放的廊前停机位（闸口501至510），候机区设有10间商铺及2间食肆。客运廊于营运初期，每年可以接待逾500万人次的旅客。
中场客运廊位于香港国际机场中场范围之内，楼高5层，面积达78,000平方，于2015年12月28日开始投入服务。第一中场客运廊将会分为南北两翼，南翼设有10道登机桥及1个遥距停机位登机闸口，北翼则设有9道登机桥；共19个廊前停机位（闸口201至220）及1个遥距停机位登车处。候机区设有商铺、食肆及航空公司贵宾室。客运廊于营运初期，每年可以接待1,000万人次的客运量。
香港国际机场旅客捷运系统是香港首个无人驾驶的旅客捷运系统及胶轮路轨系统，设于香港国际机场客运大楼地库（第一层），共设两条路线，分别接载乘客往返一号客运大楼的东大堂与西大堂以及连接一号客运大楼与二号客运大楼，提供单向由二号客运大楼往一号客运大楼东大堂的捷运服务。2010年，海天客运码头永久化工程正式完成，连接一号及二号客运大楼的捷运系统亦同时伸延至海天客运码头，令到抵达香港的旅客可以于一号客运大楼东大堂乘坐捷运前往海天客运码头，转乘渡轮抵达珠三角沿岸城市。2015年，为配合中场客运廊计划，连接一号客运大楼的东大堂与西大堂的捷运系统亦同时伸延至中场客运廊为终点站。另加设一条单向由中场客运廊往一号客运大楼西大堂(离境)的捷运系统，以避免游客错误前往中场客运廊。
香港商用航空中心位于香港国际机场南方，为拥有及提供独立的设施及提供的专门使用航运中心，为私人旅客和贵宾全面的服务，包括休息室、独立房间连同淋浴设备、商用会议设施、地勤和行李运输服务、加油服务、香港出入境事务、保安服务及提供管理飞行计划等设备。香港商用航运中心亦提供专门使用的空间和登机闸予使用的私人飞机。香港商用航运中心的主要使用者为私人包机和贵宾接持。
香港国际机场拥有完善的货运设施，每年能够处理300万吨的货物，最终达至处理每年900万公吨的目标。而这些货运设施均以专营权或特许经营牌照方式批授予第三方服务商经营。现时机场设有两层的货运服务。
香港国际机场的东北部分被规划为商业区，机场管理局将该区命名为航天城。航天城设有以机场为中心的综合商业设施，为旅客提供消闲娱乐、展览、酒店等一站式商业服务。
香港机场范围内设有两间五星级酒店，其中富豪机场酒店于1999年落成，设有1,104间客房，全港最大无柱式的宴会厅及其他会议、餐厅及康乐设施等。酒店与一号客运大楼之间有一条行人通道连接。而第二间酒店——香港天际万豪酒店于2008年投入服务，坐落于亚洲国际博览馆附近，比邻海天客运码头。
机场行政大楼（HKIATower）位于二号客运大楼东北面，为香港机场管理局的总部，于2007年2月26日正式开幕，是一座7层高的玻璃幕墙楼宇，总楼面面积为19,000平方米。大楼天台辟为机场展望台，与航空探知馆连接。
机场世贸中心（AirportWorldTradeCenter）位于二号客运大楼东南边，楼高8层，为一甲级商业大楼，除了设有供出租的写字楼外，同时设有商务中心及会议中心等设施。大楼七楼亦附设一高级会员会所-机场世贸中心会所，为旅客提供餐饮及会议场地。
航天城高尔夫球场（SkycityNineEaglesGolfCourse）位于北商业区的中央部分，东临海天客运码头，西接二号客运大楼。球场为一九洞高尔夫球场，供旅客及机场使用者享用。球场同时设有一会所，内设餐厅提供餐饮及宴会服务。
亚洲国际博览馆于2005年12月落成，面积约有70,000平方米，设有十个单层无柱式展馆，包括一个适合举办大型表演的多用途场馆，另设有不同的商店及食肆。
香港国际机场有南、北两条跑道，均长3,800米，阔60米，可以容纳新一代的大型飞机升降。至于仪器降落系统精确进场类别，跑道07R/25L/07L属第II类，25R则第IIIA类，可供飞行员在能见度（RVR）只有200米的情况下着陆。两条跑道的最终容量为每小时超过60架次起降，而现时繁忙时段的跑道流量则高达每小时65架次。主要来说，香港国际机场的北跑道（07L/25R），是给客机降落；南跑道（07R/25L）则是给客机起飞和货机起降。
机场南跑道于1998年7月6日与机场同日启用，首班抵达航班为纽约肯尼迪国际机场起飞的国泰航空CX889；北跑道则于1999年5月26日正式启用，首班抵达航班为港龙航空由上海起飞的KA807。
香港国际机场的飞行区设有多条滑行道及滑行支路供飞机来往跑道及各停机坪，实际情况如下：
香港机场的停机坪位于现时两条跑道的中间位置及南跑道的南面，共分为客运停机坪、货运停机坪、长期停机坪、维修停机坪及商用航空停机坪五个部分。其中连接登机桥的客运停机坪编号刻意安排与登机闸口号码一致，方便进行航班调动。详细的停机坪资讯如下：
此外，在机场岛南方的政府飞行服务队总部，则设有政府飞行服务队专用停机坪、停机库及直升机场。
香港国际机场的保安事务由香港警务处机场警区及香港机场管理局和香港政府合作营运的机场保安有限公司负责，当中机场警区设有机场特警组，为香港的特种警察部队之一，其任务包括了确保航空安全及反恐。消防事务由香港消防处机场消防队负责，救护事务由救护总区负责。由于机场消防队的布局、装备以及水准，达致香港国际机场符合“十级机场”国际标准，即消防车辆可以于2分钟之内抵达跑道上任何范围，或者于3分钟之内抵达其他的飞机活动区。
香港出入境事务独立于中国的关税区，来往中国大陆及中国台湾的旅客需要办理于入境事务处入境手续以及通过香港海关检查，所以任何停泊香港的航班均会作国际航班处理。因此，机场的所有设施均明确地分为禁区与公众区域。除了转乘其他航班前往珠三角以外地区/客轮前往珠三角地区的旅客外，所有离港/抵港旅客均需持有有效旅游证件才能通过出入境检查。
香港国际机场的登机桥管理由香港机场地勤服务有限公司、怡中航空服务及新翔集团有限公司提供。他们处理空运货物、空邮邮件、行李及登机桥、登机梯的操作。机场拥有先进的行李处理系统（BHS）：其主要部分位于客运大楼的地库一楼（L2/第二层），西端大堂拥有独立的自动运输设备去确保转机行李的运输。
民航处负责提供航空交通管制服务、为在香港注册的飞机签发证书、监管航空公司履行双边民用航空运输协定，以及管制在香港的一般民航活动。香港机场管理局根据民航处发出的机场牌照，管理和营运香港国际机场。
香港国际机场的航空交通管制大楼（ATCX）位于机场的中心范围，是整个航空交通管理的神经中枢。约370名航空交通管理员及支援人员24小时提供航空交通管制服务，以确保香港飞行情报区内的航班能有效率及安全地驶经。在航空控制搭中，航管员给予场内飞机提供24小时机场管制服务；而位于航空控制塔北方的是后备航空管制中心连控制塔、则是当航空交通管制大楼因意外无法运作时使用，也作为航管训练的设施。
为了顺从国际推行的计划，民航处计划引入卫星通讯、导航、监督及航空管制系统去提高飞行安全及效率，以及维持香港国际及地区航运中心的地位。由于此计划需时15年及其复杂性、需要广大的研究和试验才能正式使用新科技。现在，一些新服务如电子自动机场泊位资讯系统（D-ATIS）、航行飞机用电子气象资讯系统（D-VOLMET）和使用资料连线传送预备离陆许可，已由香港国际机场提供，以提升机师及航管员工作效率。
133.70
118.20（北跑道）
122.55*（南）
128.125
（*=24小时运作频率）
※重要席位均有监控国际紧急频率121.50
有关费用已包括在机票款项内，旅客有需要可凭长者咭或护照，到香港国际机场的指定柜台办理退税手续。
香港国际机场内有一座楼高4层的大型综合运输中心于一号及二号客运大楼之间，运输中心内有机场快线站台及公共运输交汇处（公交车总站、出租车站、酒店接送车上下客站），方便旅客往返港九新界各地。
旅客可乘搭是由港铁公司营运的机场快线，从香港国际机场前往位于香港岛中环的香港站只需24分钟。旅客可于出发前一天至航班起飞前约两小时，于香港站或九龙站办理登机手续，包括寄存行李及领取登机证（服务不函括所有航空公司）。
旅客亦可于机场站乘搭机场快线往返亚洲国际博览馆所于的博览馆站。
现时，机场的公交车服务可分为五类。分别为机场公交车、对外公交车、通宵公交车、机场及东涌区内公交车服务，以及居民公交车。
机场公交车编号以A字为首，由机场客运大楼开出经青屿干线直接前往市区，不经东涌及机场后勤区（A35线除外），路线使用车辆普遍较其他机场公交车线为佳，车资亦较高，除A35线外，A线亦是香港少数可以在售票处购票的公交车路线，乘客可以在机场地面运输中心的城巴和龙运公交车客务中心购票。
对外公交车编号以E字为首，除E21A、E21X、E22S、E31只来／往东涌（逸东邨）外，其余E线均提供连接机场及市区的服务，惟该等路线需途经东涌市区和机场后勤区，故车资比机场公交车为低。城巴及龙运公交车均提供多条对外公交车路线，连接机场及港九新界各区。
大屿山对外通宵公交车
龙运公交车、城巴同时提供连接机场、机场后勤区及东涌市的公交车服务，路线号码皆以S为首。
机场、东涌穿梭公交车路线列表
愉景湾交通和珀丽湾客运提供连接机场及愉景湾（经国泰城）和机场及珀丽湾（经国泰城）的居民公交车服务，上客处均位于二号客运大楼旅游车总站。居民公交车
香港出租车有三种类型，各使用不同的专用通道：
除此之外，针对游客可能被滥收车资的潜在问题，机场管理局于机场出租车站有安排服务员向乘客派发告示卡片，并且登记出租车车牌号码，方便乘客投诉不当行为及作为继续的跟进。
香港国际机场现共设有5座停车场，详情如下：
现时，香港机场提供跨境渡轮、跨境轿车及旅游车等海、陆两方面的交通服务，并建有海天客运码头及二号客运大楼跨境交通总站等设施，为珠三角沿岸城市的居民提供交通接驳。
海天客运码头现时由珠江船务企业（集团）有限公司及信德中旅国际物流投资有限公司组成的香港国际机场码头服务有限公司营运，由珠江客运提供前往中山、深圳蛇口、东莞虎门（太平）、珠海九洲及由喷射飞航提供前往澳门及深圳福永的境外客轮服务。而于蛇口港亦设有预办登机的服务柜台。
跨境公交车服务在2003年开始运作，连接各珠三角城市。机场认可的营运商包括香港中旅汽车服务、永东直通公交车、环岛大陆通、中港通及华通中港快线。
现时的旅游车总站设于二号客运大楼3楼，设有一个集中了所有营办商的旅游车票务及服务中心。往中国大陆客车由机场定时开出，前往皇岗、深圳湾口岸、深圳、广州、东莞、惠州、佛山、中山及福建厦门等目的地。
香港机场管理局自2001年起，每5年发表《香港国际机场发展蓝图》，该蓝图是1992年《新机场总纲计划》后的发展方针，以《机场大型发展策略总纲研究》为基础，预测了香港国际机场在2020年以后的需求，并且提出相应的发展规划及策略，发展及研究项目涵盖客运、货运、飞行区、附属设施等方面。
至今，机场管理局共发表了3份发展蓝图预计需求量而订立相应的发展策略，2000年发表《香港国际机场2020年规划大纲》；2005年再发表《香港国际机场2025年规划大纲》；而2011年发表的《香港国际机场2030规划大纲》则着力探讨兴建第三条跑道的计划。
2008年，机场管理局研究提升现有两条跑道的容量及兴建第三条跑道的可行性。首席执行官许汉忠指出，当局斥资了45亿港元提升机场运力，其中设有小型及窄体飞机停机位的北卫星客运廊已经落成启用，预计每年可以多加接待500万名旅客。当局亦重新配置一号客运大楼出境检查大堂，提升疏客速度；并且重新铺设南北两跑道及增设两条快速出口滑行道，又增加建设了10个货运停机位至34个。
中场范围发展计划为由机场管理局于2010年代所发表的计划，分成不同阶段进行；当中第一期的发展计划，是自香港国际机场落成后，场内最大规模的兴建项目。计划包括于一号客运大楼以西，即现有的两条跑道之间，占地410,000平方米的中场范围，兴建一座楼高5层的客运大楼（即中场客运廊），楼面面积达78,000平方米，包括客运廊、20个停机坪及1条跨场滑行道、香港国际机场捷运系统延伸及其他的配套设施。
2015年11月底，机管局向立法会交代兴建机场三跑道系统工程范围及成本估算，当中填海工程估算由2010年的368亿，增至2014年的562亿元。而二号客运大楼的改建费用由2010年估算的95亿，增至2014年的165亿，较4年前估算新设计仅需95亿元高逾七成。委员谢伟铨认同近年建筑成本上升，令工程造价增加，但促请机管局交代二号客运大楼造价飚升的原因。
因应中国大陆制造业的崛起，香港国际机场将成为珠三角的货物转运中心，透过使用机场本身的设施及货运码头；利用空运、海运及陆运的优势，把货物运往珠三角及世界各地。发展蓝图建议发展速递业，使香港成为速递货运枢纽、也成为国际及地区的货运枢纽。配合未来发展，以香港作为基地的国泰航空也正在继香港空运货站（Hactl）的超级一号货站和亚洲空运中心（AAT）后，投资57亿港元兴建专属空运货站。同时，亚洲空运中心的扩建工程己经于2007年投入运作，敦豪国际的二及三期扩建计亦也提前于2007年落成启用。为配合货运业的发展，未来将会机场将利用货运区的剩余土地，扩建机场空运中心及商贸港物流中心，而机场也在中场范围的西部预留空间增建货运停机坪。
《香港国际机场发展蓝图2025》提出香港国际机场必须与中国内地机场，尤指珠三角其余四大机场合作，因此机场管理局表示支持兴建铁路连接香港国际机场与广东省的网络。另外，机场管理局也会与杭州萧山国际机场、上海虹桥机场及珠海机场加强合作，扩大香港国际机场与内地的连系；同时与珠三角的地方政府合作，增加每小时处理航班数量；而且会继续鼓励以香港为基地的航空公司扩展航线网络。
与此同时，港珠澳大桥的香港口岸则位处机场东北部海域，按照路政署的设计，口岸将仿效海天客运码头的设计，设有中转设施供珠三角旅客在无需办理香港出入境手续的情况下，直接乘搭接驳车辆至海天客运码头；或乘搭计划中的机场捷运系统（无人驾驶列车）直达客运廊，转乘渡轮前往深圳或飞机至世界各地。
同时，路政署正在港珠澳大桥兴建期间，同步进行屯门至赤鱲角连接路的建筑工程，连接路将连接东涌新市镇东部、香港口岸（机场）及屯门新市镇三地，成为继青马大桥后机场的另一条对外连接道路。
为了满足中期航空客货运需求，并且配合民航处逐步提升每小时飞机升降量，机场管理局宣布了斥资22亿港元扩建位于机场岛西端的停机坪，占地43万平方米，包括兴建16座停机位，供客、货及商营飞机混合使用，工程将会分两阶段，预期于2014年底竣工。新货运站亦预计于2013年年初竣工。
机场的兴建与使用亦造成北大屿山的急速发展，威胁到该处原有的野生自然生态。
2012年5月，机场管理局宣布希望将香港国机机场打造成为世界第一的环保机场。为了令到香港国际机场成为全球最环保的机场，机场管理局施展了5招节省用电方法，包括进行制冷系统提升工程、增加温度及光度感应器、引入环境保护发光二极管照明系统，以及在数年前引进电动车等，至同年9月增加至37部，成为香港最大型的电动车车队。
一及二号客运大楼的耗电量中最高的项目是空气调节系统，占了总耗电量的52％。亦有旅客向机场管理局反映个别位置比较热或者比较冷，故此机场管理局于2010年5月开始，为到一及二号客运大楼进行制冷系统提升工程，期望能够减少冷气每年所耗用的逾2亿度电。工程为期1年7个月，耗资近2,000万港元，工程主要是将二号客运大楼的制冷系统中的一台中型冷水机移动至一号客运大楼的制冷系统（调动冷水机工程为机场管理局自创），以及将一及二号客运大楼的制冷系统与邻近的写字楼和机铁站打通，使到每年可以节省500万度电，相等于逾1,100个4人家庭1年的耗电量。
机场管理局透过增加温度及光线感应器的数目，加强有效率地控制室内的温度和照明系统，希望能够在有需要的地方加强冷风之余，亦能够尽量采用自然光。
于2010年，机场管理局耗资1,000万港元，将两个客运大楼及地面运输中心合共1.6万个，占总数约12%的电灯胆换成发光二极管，于2013年度以前将幅度增至60%，届时每年可以节省1,400万度电，相当于7,600公吨的碳排放。至2014年年底前，将会完成更换逾10万个照明装置为发光二极管。
2012年5月，机场管理局承诺致力将香港国际机场建造成为全世界最为保护环境的飞机场，主席张建东表示，于2014年将会禁止飞机在停泊期间使用辅助动力装置，届时所有飞机将会使用固定的地面供电系统和预调空气系统。
2013年年中开始，机场禁区区内所有新增的车辆都必须是电动车；于2017年年底前，机场禁区内将会全面使用电动房车。机场管理局将会斥资4,000万港元，分阶段安装及设备更多的充电站。
机场管理局于2012年年内将废水处理能力增加至每日6,000立方米，相等于7,000个4人家庭的每日平均用水净化再用。此外，亦会加强飞行区域内的废物处理站的废物循环再造分类工作，并且与机场岛上所有租户合作，目标是于10年内，在合乎卫生的情况下，将机场内所有废物循环再造，进行分类及回收。
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