复合肥生产多使用测土配方测出土壤的养分情况，测土配方施肥是以土壤测试和肥料田间试验为基础，根据作物需肥规律、土壤供肥性能和肥料效应，在合理施用有机肥料的基础上，提出氮、磷、钾及中、微量元素等肥料的施用数量、施肥时期和施用方法。通俗地讲，就是在农业科技人员下科学施用配方肥。测土配方施肥技术的核心是调节和解决作物需肥与土壤供肥之间的矛盾。同时有针对性地补充作物所需的营养元素，作物缺什么元素就补充什么元素，需要多少补多少，实现各种养分平衡供应，满足作物的需要；达到提高肥料利用率和减少用量，提高作物产量，改善农产品品质，节省劳力，节支增收的目的。
复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度。多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分善和农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%至30%之间，中浓度在30%至40%之间，高浓度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济、的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济作物上，品、渣少、利用率高。
复合肥施用方法：
复合肥肥效长，宜做基肥。大量试验表明，不论是二元还是三元复合均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。控释复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等工艺，肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，养分淋失少，利用率高，适合于作基肥。一般亩用量为30至40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。
为提高复合肥的肥效,不同施用方法应选不同剂型复合肥。作基肥施用时必须选用颗粒状复合肥,而且颗粒的硬度愈高愈好,肥效长。选用复合肥中氮素由铵态氮配成的复合肥,有利提高氮素的利用率。如作追肥施用则应选用粉状复合肥,而且要注意复合肥磷素中的水溶性磷含量应大于40%,氮素则由铵态氮和硝态氮两种类型氮组成的复合肥为宜。一般基施腐植酸类复合肥的效果优于追施效果。
复合肥贮运和包装
由于复合肥中副成分少，有效成分含量一般比单元肥料高，所以能节省包装及贮存运输费用。例如，每贮运1吨磷酸铵，约等于贮运过及硫酸铵共4吨。
复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氨表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差。所以复合肥的施用应尽可能避免地表撒施，应深施覆土。