根据大豆-玉米带状复合种植系统的肥料施用必须坚持“减量、协同、高效、环保”的总方针。减量体现在减少氮肥用量、保证磷钾肥用量，减少大豆用氮量、保证玉米用氮量；协同则要求肥料施用过程中将玉米、大豆统筹考虑，相对单作不单独增加施肥作业环节和工作量，实现一体化施肥；高效与环保要求肥料产品及施肥工具必须确保高效利用，降低氮、磷损失。在此指导下，根据大豆-玉米带状复合种植的作物需肥特点及共生特性，施肥时遵守“一施两用、前施后用、生（物肥）化（肥）结合”的原则。
一施两用：在满足主要作物玉米需肥时兼顾大豆氮、磷、钾需要，实现一次施肥，玉米、大豆共同享用。
前施后用：为减少施肥次数，有条件的地方尽量选用缓释肥或控释肥，实现底（种）追合一，前施后用。
生（物肥）化（肥）结合：大豆-玉米带状复合种植的优势之一就是利用根瘤固氮。大豆结瘤过程中需要一定数量的“起爆氮”，但土壤氮素过高又会抑制结瘤。因此，施肥时既要根据玉米需氮量施足化肥，又要根据当地土壤根瘤菌存活情况对大豆进行根瘤菌接种，或施用生物（菌）肥，以增强大豆的结瘤固氮能力。
一、施肥量
为充分发挥大豆的固氮能力，提高作物的肥料利用率，大豆-玉米带状复合种植亩施氮量比单作玉米、单作大豆的总施氮量可降低4公斤，须保证玉米单株施氮量与单作相同。
大豆-玉米带状间作区的玉米选用高氮缓控释肥，每亩施用50～65公斤（折合纯氮14～18公斤/亩，如NP2O5K2O=2886），大豆选用低氮缓控释肥，每亩施用15～20公斤（折合纯氮2.0～3.0公斤/亩，如NP2O5K2O=141514）。播种单体下肥量应达到表4-1的要求。
大豆-玉米带状套作区播种玉米时每亩施20～25公斤玉米专用复合肥（NP2O5K2O=2886）；玉米大喇叭口期结合机播大豆，距离玉米行20～25厘米处每亩追施复合肥40～50公斤（折合纯氮6～7公斤/亩，如NP2O5K2O=141514），实现玉米大豆肥料共用。
二、施肥方法
带状复合种植下的玉米、大豆氮磷钾施肥需统筹考虑，不按传统单作施肥习惯，且需结合播种施肥机一次性完成播种施肥作业，根据各生态区气候土壤与生产特性差异，可采用以下几种施肥方式：
黄淮海、西北及西南大豆-玉米带状间作地区可采用一次性施肥方式，在播种时以种肥形式全部施入，肥料以玉米、大豆专用缓释肥或复合肥为主，如玉米专用复合肥或控释肥（如NP2O5K2O=2886），每亩50-70公斤；大豆专用复合肥（如NP2O5K2O=141514），每亩15-20公斤。利用2BYSF-5（6）型玉米大豆间作播种施肥机一次性完成播种施肥作业，玉米施肥器位于玉米带两侧15-20厘米开沟、大豆施肥器则在大豆带内行间开沟，各施肥单体下肥量参照表1-1。
表1-1玉米种肥施肥单体下肥量及计算方法速查表单位：公斤/10米
复合肥含氮百分%
全田平均行距（cm)
100
105
110
115
120
125
130
135
140
20
0.90
0.94
0.99
1.03
1.08
1.12
1.17
1.21
1.26
21
0.85
0.98
1.07
1.11
1.15
1.20
22
0.81
0.89
0.93
0.97
1.01
1.05
1.09
1.13
23
0.78
0.82
0.86
24
0.75
0.79
25
0.72
0.76
0.83
26
0.69
27
0.66
0.73
0.92
28
0.64
0.68
0.71
0.74
0.77
0.84
0.87
29
0.61
0.65
0.80
30
0.60
0.63
西南西北带状间作区可根据当地整地习惯选择不同施肥方式，一是底肥+种肥，适合需要整地的春玉米间春大豆模式，底肥采用全田撒施低氮复合肥（如NP2O5K2O=141514），用氮量以大豆需氮量为上限（每亩不超过4公斤纯氮）；播种时，利用施肥播种机对玉米添加种肥，玉米种肥以缓释肥为主，施肥量参照当地单作玉米单株用肥量，大豆不添加种肥。另一种是种肥+追肥，适合不整地的夏玉米带状间作夏大豆，播种时，利用玉米大豆带状间作施肥播种机分别施肥，大豆施用低氮量复合肥，玉米按当地单作玉米总需氮量的一半（每亩6～9公斤纯氮）施加玉米专用复合肥；待玉米大喇叭口期时，追施尿素或玉米专用复合肥（每亩6～9公斤纯氮）。计算方法：亩用肥量（公斤/亩）=每亩施纯氮量×100/复合肥含氮百分率；每个播种单体10米下肥量（公斤/10米）＝【亩用肥量×10米×平均行距（厘米）/100（换算成米）】/667平方米；按每亩种肥12公斤纯氮计，每增加（减少）1公斤纯氮，每10米下肥量增加（减少）75克。
西南大豆-玉米带状套作区，采用种肥与追肥两段式施肥方式，即玉米播种时每亩施25公斤玉米专用复合肥（NP2O5K2O=2886），利用玉米播种施肥机同步完成施肥播种作业；玉米大喇叭口期将玉米追肥和大豆底肥结合施用，每亩施纯氮7～9公斤、五氧化二磷3～5公斤、氯化钾3～5公斤，肥料选用氮磷钾含量与此配比相当的颗粒复合肥，如NP2O5K2O=141514，每亩施用45公斤，在玉米带外侧15～25厘米处开沟施入，或利用2BYSF-3型大豆施肥播种机同步完成施肥播种作业。
针对西北、东北等大豆-玉米带状间作不能施加缓释肥的地区，采用底肥、种肥与追肥三段式施肥方式。
底肥以低氮量复合肥与有机肥结合，每亩纯氮不超过4公斤，磷钾肥用量可根据当地单作玉米、大豆施用量确定，可采用带状复合种植专用底肥：NP2O5K2O=141514，每亩撒施25公斤（折合纯氮3.5公斤/亩）；有机肥可利用当地较多的牲畜粪尿，每亩300～400公斤，结合整地深翻土中，有条件的地方可添加生物有机肥，每亩25～50公斤。
种肥仅针对玉米施用，每亩施氮量10～14公斤，选用带状间作玉米专用种肥：NP2O5K2O=2886，每亩40～50公斤，利用玉米大豆带状间作施肥播种机同步完成播种施肥作业。
追肥，通常在基肥与种肥不足时施用，可在玉米大喇叭口期对长势较弱的地块利用简易式追肥器在玉米两侧（15～25厘米）追施尿素10～15公斤（具体用氮量可根据总需氮量和已施氮量计算），切忌在灌溉地区将肥料混入灌溉水中对田块进行漫灌，否则造成大豆因吸入大量氮肥而疯长，花荚大量脱落，植株严重倒伏，产量严重下降。