复合肥生产多使用测土配方测出土壤的养分情况，测土配方施肥是以土壤测试和肥料田间试验为基础，根据作物需肥规律、土壤供肥性能和肥料效应，在合理施用有机肥料的基础上，提出氮、磷、钾及中、微量元素等肥料的施用数量、施肥时期和施用方法。通俗地讲，就是在农业科技人员下科学施用配方肥。测土配方施肥技术的核心是调节和解决作物需肥与土壤供肥之间的矛盾。同时有针对性地补充作物所需的营养元素，作物缺什么元素就补充什么元素，需要多少补多少，实现各种养分平衡供应，满足作物的需要；达到提高肥料利用率和减少用量，提高作物产量，改善农产品品质，节省劳力，节支增收的目的。
某些复合肥虽然根据作物的需肥特点、土壤的供肥特性确定了适宜的养分配比，但也很难完全符合不同肥力水平土壤上作物实际生长的要求，因此有必要根据作物的实际生长情况、再配合使用一些单质肥。如在缺氮土壤上对需氮较多的叶菜类需使用一些氮肥，在缺钾土壤上对需钾较多的西瓜后期要使用一些钾肥。
虽然大多数复合肥都必须是多元的，但仍然不能完全取代有机肥，有条件的地方应尽量增加腐熟有机肥的施用量。复合肥与有机肥配合施用，可提高肥效和养分的利用率。有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源，减轻环境的污染。使用一些生物有机肥，不但可免去传统制作有机肥的繁琐过程，而且可为土壤提供大量的有益微生物活化土壤养分，减少连作障碍。
复合肥施用方法：
复合肥肥效长，宜做基肥。大量试验表明，不论是二元还是三元复合均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。控释复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等工艺，肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，养分淋失少，利用率高，适合于作基肥。一般亩用量为30至40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。
复合肥分解较慢，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物地需肥规律在追肥时及时补充氮肥，以满足作物营养需要。
复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氨表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差。所以复合肥的施用应尽可能避免地表撒施，应深施覆土。