首先纠正一下，小作坊生产许可证，这种说法不准确。从事食品生产加工的合法凭证有二种：一是食品生产许可证，二是食品小作坊登记证，没有小作坊生产许可证的说法。
不管是领生产许可证的食品生产企业，还是领食品生产加工小作坊登记证的个体工商户，都可以生产预包装食品对外销售。这二个证都能解决生产合法性的问题，但是在实际经营方面还是有很大区别的。
食品生产许可证以前叫QS证，现在有人叫SC证（许可证的编号是以生产的拼音首字母SC开关）。要领到这个食品生产许可证，门槛还是比较高的。在厂房分隔上，要有原料库、成品库、包材库、办公室、检验室、更衣室、车间等，车间要根据不同产品的生产工艺再进行分隔。领证之后，市场监管部门对企业的监管要求也是比较高的。现场检查的要求不算，单各项制度、计划、记录等软件资料就要有60个左右。另外对其产品的标签要求也比较高，要有执行标准，要有营养成分表等，要遵守很多的条款规定。食品标签问题也是职业打假人最感兴趣的问题。
而申领小作坊登记证，要求就低得多。厂房分隔不需要那么细，领证后的监管不会那么严，标签的要求也不会那么高。
食品生产许可证的办理是依据国家的“食品安全法”和国家市场监管总局制订的“食品生产许可管理办法”，在全国办理的要求基本是一致的；而小作坊登记证的办理依据是各个省制订的食品生产加工小作坊条例，不少的规定有所不同。比如说，江苏省的小作坊条例规定，标签上要标明食品名称、生产日期、保质期、配料表、贮存条件、登记证编号以及小作坊的名称、地址和联系方式等九个内容。而条例并没有限制小作坊产品的销售范围，夸区销售并不违法。
正是因为上面说的那么多的区别，使得二者的销售有很大的不同。一般来说，正规的大卖场、大超市是不会采购、经销小作坊生产的食品，上档次的宾馆、饭店、机关学校食堂也不会采购小作坊生产的食品原料。很多的消费者为了吃得放心，在采购食品时，对小作坊食品也多少有点心存顾虑。
因此，在创业的初始阶段，可以考虑申领小作坊登记证。一旦具体条件，还是要尽量地去申办食品生产许可证。