下面是不同物种（人、原核生物、植物等）的生物信息学数据库。
人类基因组测序中心
英国的Sanger中心的人类基因组计划网页，不仅有它们负责测序的染色体数据，还有其他染色体数据的链接。
LawrenceBerkeleyNationalLaboratory
LawrenceLivermoreNationalLaboratory
JGI：由美国能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所。
UWGC华盛顿大学基因中心，是国际上最活跃的测序中心之一。
SHGC斯坦福大学人类基因中心，主要做高分辨率辐射杂交图谱，以及人类第四号染色体BAC克隆的测序。
DOGS基因组尺寸数据库
EuGenes真核生物基因综合知识库，目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线虫、酵母、和斑马鱼的数据。
原核生物基因组
细菌基因组计划的进展情况，可从以下网站查询：
日本DDBJ设立的GenomeInformationBrokerformicrobialgenomes
MAGPIE测序计划清单
EMGLib增补微生物基因组库
大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列：可由GenBank的子目录/genomes/获取，或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心，即Blattner实验室的网页读取。
ECDC大肠杆菌菌株K12的基因序列库，包括基因、读框、调控区、启动子、终止子、tRNA和rRNA等。
EcoGene和EcoWeb大肠杆菌K12菌株基因组数据库，包括基因、蛋白质、基因间蛋白质组信息。
RegulonDB大肠杆菌转录调控和操作子数据库
NRSub非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库，包括完全基因组、MM子使用表、基因图谱和基因家族。
HIDB流感嗜血菌完全基因组的原始数据库
HIDC流感署血菌基因序列库
CyanoBase蓝细菌数据库，实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库。蓝细菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。
MJDB詹氏甲烷球菌基因组数据库
MycDB分枝杆菌数据库
PGI疫霉属基因预研究计划的数据库
原生生物和线虫基因组
欧洲生物信息研究所EBI的原生生物网站
AceDB线虫综合数据库
关于线虫发育特别是化学感觉神经的研究
真菌基因组
SGS酿酒酵母基因组数据库
LISTA、LISTA-HOP、LISTA-HON
酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性的数据库
MYGD酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库
YIDB酵母内含子数据库
MNCDB由德国MIPS所维护的粗糙链孢霉基因组数据库
真菌基因组资源网址
FGSC真菌遗传学信息中心
昆虫基因组
斯坦福大学的果蝇基因组中心
FlyBase果蝇胚胎发育过程中基因相互作用的数据库
哈佛大学的果蝇网页
MsqDB蚊子基因数据库
鱼类数据库
美国国家卫生署1997年建立的斑马鱼网页
ZFIN斑马鱼基因组、发育突变和野生种系数据库
Fugu河豚的数据库
RainMap彩虹鳟鱼基因图谱数据库
啮齿动物基因组（有关家鼠的数据库）
M.Musculus基因组库
ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)
MGI家鼠基因组信息库
Cre转基因家鼠系的数据库
RatMap大鼠基因图谱数据库
家畜和家禽
ChickGBASE鸡基因图谱计划，搜集全世界鸡基因图谱信息。
Swimemap猪基因图谱计划，染色体图谱和标记。
PiGBASE猪基因图谱信息库
SheepBase已发表的绵羊基因位点数据库
Goatmap山羊基因图谱数据库
HorseMap马基因图谱数据库
Bovmap法国的牛基因图谱数据库
BovBase英国的牛基因图谱数据库
BovGBASE美国农业部的家畜基因组图谱计划中的牛基因数据库
Buffmap水牛基因图谱数据库
DogMap狗基因图谱数据库
CatMap猫基因图谱数据库
农作物
UKCropNet英国农作物植物生物信息网络
INE水稻基因数据库
NCGR我国水稻基因组计划针对水稻的籼稻亚种
TIGR/rice美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库，包括基因组注释库、重复序列库，以及基因索引。
RiceGenes美国康奈尔大学的水稻基因组数据库
GrainGenes美国农业部和国家农业图书馆的植物基因组计划支持的麦、燕麦和甘蔗遗传数据库
riceweb关于世界范围的水稻生产和市场等情况
WHEAT小麦基因图谱数据库
KOMUGI日本小麦网~是由6所大学和研究所联合维护。
MaizeDB玉米基因组数据库
ZmDB玉米基因组数据库
ILDIS国际豆科植物数据库和信息服务
豆类基因图谱
MGI、NCGR和SamuelRobertsNoble基金会联合开展的豆科苜蓿属植物Medicagotruncatula的基因组研究
cottonGen棉花的基因组、遗传和育种数据库
cottonGen取代了cottonDB和cottonmarket数据库，cottonGen数据库更容易把棉花数据进行共享、挖掘、可视化和检索。cottonGen包含注释的全基因组序列、来自表达序列标签EST的单基因、性状基因座等资源。
TreeGenes树木遗传图谱数据库
拟南芥基因组
TAIR拟南芥信息资源
国际上最权威的拟南芥基因组数据库和拟南芥基因组注释系统。具有丰富的数据资源和最新的注释信息。拟南芥转录因子数据库DATF的每个条目都有TAIR链接，可直接查看最新更新信息。
ArabidopsisPeptideAtlas
解决有关拟南芥的核心问题蛋白质组学，例如蛋白质剪接形式和翻译后修饰(PTM)的重要性，或只是为了获得有关特定蛋白质的可靠信息。PeptideAtlas基于通过ProteomeXchange收集并通过统一处理和元数据注释管道重新分析的已发布质谱(MS)数据。