目前大部分地区使用投入产出法核定农产品增值税进项税额，成本法在逐步被淘汰。纳税人购进农产品根据主要用途不同可分为以下三类，核定方法如下：
（一）用于生产或委托加工货物，且构成产品实体
1、投入产出法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
注：农产品是指列入《农业产品征税范围注释》（财税字〔1995〕52号）的初级农业产品，扣除率为销售货物的适用税率，下同。目的是为了体现增值税对增值额征税的特点，使得最终产品销项计算税率和它的原料的进项计算税率相一致。
案例一：某公司2019年5月1日—5月31日销售10000吨巴士杀菌羊乳，其主营业务成本为6000万元，农产品耗用率为70%，原乳单耗数量为1.06，原乳平均购买单价为4000元/吨。使用投入产出法计算核定的进项税额。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）=10000吨×1.06×0.4×9%/（1＋9%）=385.45万元。
【提示】如果此例换成生产出的产品是酸奶等13%税率的货物，则公式中的扣除率为13%。
案例二：M公司开具农产品收购凭证购进原乳1000万元，采用核定扣除办法。
借：原材料—原乳1000万元
贷：银行存款1000万元
假设2019年4月核定抵扣进项税额50万元：
借：应交税费—应交增值税（进项税额）50万元
贷：原材料—原乳50万元或主营业务成本50万元
依据：财税〔2012〕38号、财政部税务总局海关总署公告2019年第39号
2、成本法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
案例三：某酒厂（一般纳税人）外购粮食生产销售白酒，采用成本法核定增值税进项税额。经税务机关核定的粮食耗用率为80%。2019年6月，企业主营业务成本为150万元。假设不考虑其他副产品。
解：当期允许抵扣粮食增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）=150*0.8*0.13/1.13=13.81万元
依据：财税〔2017〕37号第二条第三项、财税〔2012〕38号
3、参照法
试点纳税人购进农产品生产销售上述产品以外的其他产品，可采取“参照法”，在投产当期增值税纳税申报时向主管国税机关提出申请，参照所属行业或者生产结构相近的其他纳税人的平均水平，确定农产品单耗数量，由主管国税机关据实核定，并报省税务局备案。
（二）购进农产品直接销售
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×9%/（1＋9％），
损耗率＝损耗数量/购进数量
案例四：甲食品企业为增值税一般纳税人，属于农产品增值税进项税额核定扣除试点范围企业。2019年8月期初库存农产品200吨，期初平均买价0.21万元/吨；当月从农民手中购入农产品400吨，每吨含税价格0.24万元，入库前发生挑选整理费用1万元；因企业生产能力下降，当月直接销售外购农产品260吨，取得不含税销售额140万元。已知农产品损耗率为3%，则甲企业当月应纳增值税额为（）万元。
本月加权平均单价=（200*0.21+400*0.24）/600=0.23万元/吨，注意平均购买单价不包括买价之外单独支付的运费和入库前的挑选整理费用。计算可以抵扣的进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价=260/（1-3%）*0.23*9%/（1+9%）=5.09；应纳税额=140*9%-5.09=7.51万元。
1、购进时：
借：原材料960000
贷：应付账款960000
2、直接销售时：
借：应收账款1526000
贷：其他业务收入1400000
应交税费—应交增值税（销项税额）12600
借：其他业务成本565591.60
应交税费—应交增值税（进项税额）50903
贷：原材料616494.60
（三）购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×（10%或9%）/（1+10%或9%)
注：购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的，扣除率为10%；用于生产销售或委托加工初级农产品的，扣除率为9%。
案例五：某粮食加工厂2019年5月购进原木50000元作为燃料，用于生产胶合板,6月生产年糕销售耗用燃料20000元。
购进时：
借：原材料50000
贷：银行存款50000
生产领用时：
借：主营业务成本20000
贷：原材料20000
核定扣除进项税额=20000/（1+10%）×10%=1818.18元。
借：应交税费—应交增值税（进项税额）1818.18
贷：主营业务成本1818.18
小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过10万元（以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过30万元，下同）的，免征增值税。
小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额超过10万元，但扣除本期发生的销售不动产的销售额后未超过10万元的，其销售货物、劳务、服务、无形资产取得的销售额免征增值税。
依据：《财政部税务总局关于实施小微企业普惠性税收减免政策的通知》（财税〔2019〕13号）、《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税政策有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第4号），执行期限为2019年1月1日至2021年12月31日。
四、收购发票
（一）领用
纳税人向农业生产者个人购买自产农产品，可以向主管税务机关申请领用收购发票。主管税务机关根据纳税人的经营项目和经营规模，对其领用发票的种类、数量、版面金额以及领用方式按规定予以确认。
纳税人购买农产品开具收购发票，按照收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算抵扣进项税额。试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的纳税人，则根据《财政部国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》(财税〔2012〕38号)的规定申报抵扣进项税额。
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