农产品抵扣一直以来，很多人都有点懵，纠其根源，一方面是因为很多企业平时接触的比较少，另一方面是因为农产品的抵扣政策确实有其特殊性。
特殊性在那里呢？这里我们还先不说核定扣除的特殊情况。
就一般情况下，我们购进、进口商品取得专票、海关专用缴款书抵扣进项税，销售方销售这些商品肯定是按规缴纳了增值税的。正常情况下，销售方缴纳多少增值税，我们就能抵扣多少。
如果他们享受免税政策，没交增值税，当然是没法给开具专票的，所以购买方这种情况没法抵扣，但是农产品不一样，购进农业生产者自产农产品的免税发票却是可以抵扣的。
如果销售方是小规模开具了专用发票，缴纳了3%增值税，正常购买方也只能抵扣3%，但是农产品却不同，你可以按专票金额的9%来抵扣。
而且这些还不算，购进农产品用于生产加工13%的货物，还可以加计抵扣。
所以，不经常使用，又有这么多特殊的政策，懵个圈就是很正常的事情了。
1、从生产者手里直接购进
2、从流通环节，也就是从二道贩子手里购进
3、从国外进口
从生产者手里直接购进
理论上应该和我们从其他产品生产者手里购进一个道理，那就是你给我开专票，我抵扣就完事了。但是农产品特殊啊。
《增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。既然有免税政策，销售方当然就没法给你开专票，如果换其他商品，你这肯定没法抵扣的。但是农产品却不同。
你可以计算抵扣，这个时候你的抵扣凭证有两种，一种是农产品销售发票，一种是农产品收购发票。
农产品销售发票
适用范围：农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票
凭证样式：目前农产品销售发票的载体就是增值税普通发票，试点地区有全电发票（自产农产品销售）
开具方式：通过增值税发票管理新系统、电子发票服务平台(全电发票）
抵扣方式：
1、计算抵扣（非试点地区）
2、试点地区通过电子发票服务平台税务数字账户对符合规定的农产品增值税扣税凭证进行用途确认，并计算用于抵扣的进项税额和领用部分加计的进项税额。
申报表填写栏次：附表二，第6栏、8a栏
财政部税务总局海关总署公告2019年第39号规定纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
取得（开具）农产品销售发票，购进当期，按法定扣除率9%申报时候填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”栏。“税额”栏＝农产品销售发票或者收购发票上注明的农产品买价×9%
领用当期，1%加计扣除的部分需要填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第8a栏“加计扣除农产品进项税额”“税额”栏，如下图。
农产品收购发票
适用范围：农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人(不包括从事农产品收购的个体经营者)收购自产免税农业产品时，由付款方向收款方开具的发票。
凭证样式：
收购发票是增值税普通发票的，特点是发票左上角会打上“收购”两个字。
全电发票试点开具地区，全电发票（有农产品收购标识）
开具方式：通过增值税发票管理新系统开具、电子发票服务平台(全电发票）
抵扣方式：计算抵扣
取得（开具）农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额
买价×9%就是进项税额
当然，纳税人购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
申报时候填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”栏。
加计扣除部分需要填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第8a栏“加计扣除农产品进项税额”“税额”栏，如下图。
从流通环节购进农产品
这个比如说你在市场购买的，你在超市购买的，这些都是在流通环节，也就是批发零售环节购进的。
这种理论上也是很简单的，那就是别人给你开专票，那你就抵扣，不给你开专票你就没法抵扣，就这么简单。
那这个环节，有没有像购进自产农产品的政策呢？也就是销售方销售特殊的比如蔬菜、鲜活肉蛋享受了免税，购买方能抵扣吗？
对不起这也是不能的。
这里你要记住，你要抵扣就取得专票。
开具方式：通过增值税发票管理新系统开具，具体如下图。
全电发票通过电子发票服务平台开具。
抵扣方式：勾选确认抵扣
申报表填写栏次:附表二，第2、35栏
认证期限:无期限
特殊情况
这里有个特殊的，那就从小规模纳税人手里取得其自开或者代开的3%专票，你可以按照票面金额的9%进行抵扣，而不是以发票票面的税额抵扣。
从小规模纳税人手里购买农产品，取得其代开的3%的专用发票，需计算抵扣进项税。
财税〔2017〕37号文规定，一般纳税人从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。
财政部税务总局海关总署公告2019年第39号规定，从2019年4月1日起纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
所以，从小规模纳税人手里购买农产品，取得其代开的3%专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
如果是从小规模纳税人购买，它销售农产品给您代开了征收率为3%的专票含税价103块，即，金额为103÷（1+3%）=100元，税额为100×3%=3元。
您取得这张专票以后，不是按照票面注明的税额3元抵扣，而是按照票面金额100元乘以9%计算抵扣，即税额为9元。
如果你按照3元抵扣，同样支付103，你的成本就增加了，就吃亏了。
申报表填写
把9填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”栏.
3%的专票做不抵扣勾选处理。
特殊：全电发票试点开具地区纳税人，使用税务数字账户的，需要对3%专票做勾选抵扣。
填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第35栏“本期认证相符的增值税专用发票”栏和第2栏“本期认证相符且本期申报抵扣”栏。如下：
借：成本94
借：应交税费-应交增值税（进项税额）9
贷：银行存款103
领用时候还可以加计扣除1%。
进口的农产品
进口农产品抵扣就很简单，取得海关缴款书，按照缴款书上的税额抵扣就完事了。
海关进口增值税专用缴款书
适用范围：增值税一般纳税人（以下简称纳税人）真实进口货物，从海关取得海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）