我们先不去考虑有机农业是否更有益于地球，有机家畜是否活得更滋润，虽然两种论断都有很强的依据。我们也不去考虑其味道如何，因为这些主观而且易变。那些去购买有机食品的人多半是因为对身体健康有益，尤其是小朋友的父母。因此就产生了两个问题：有机食品会更多营养吗？它们更少污染物和病菌吗？
每种产品所带来的风险和好处不同（如同肉类不同于农产品），因此单独去分析每一个类别很重要。由于每一类食品都有藏匿病菌的潜力（例如农产品中的大肠杆菌和鸡类中的沙门氏菌），所以有一些针对特定食品的担忧，包括农产品的农药残留以及牛奶激素。
下面是一个关于有机食品和传统食品在营养和污染物水平的评价纲要，针对五类食物：牛奶，农产品，肉类，鸡蛋和鱼，从而帮助人们决定是买有机食品还是坚持传统食品。
牛奶
营养：与传统牛奶相比，有机牛奶中的omega-3（一种不饱和脂肪酸）含量更高，它能够预防心脏疾病以及可能降低抑郁、中风、癌症和其他疾病发生的风险。但由于含量太少所以不具有太大的意义。（11夸脱有机牛奶的营养相当于4盎司的大马哈鱼）牛奶中omega-3的含量取决于奶牛的饮食，高含量反映出其食用了更多的草。（人们已经研究了有机和传统牛奶之间一些其它的营养比较，但是并没有足够的实验来得出结论。）
美国农业部检测农药残余，已经发现这个量“非常低”。最主要的农药残余是DDE，一种农药DDT的残余成分。
DDT已经被禁多年，但是USDA（美国农业部）说它“耐降解且存在许多农田土地中，它也存在于所有美国人和大部分农产动物以及野生动物的体内。传统和有机作物的农民基本无法阻止DDE在牛奶中的残留。这些残余物将会逐渐变少到低于检测限制值需再过30到50年。”
有的时候巴氏消毒会失败，导致细菌污染物进入食物供应链，但是基本没有比较有机和传统牛奶引起疾病差异的报告。
激素：与有机奶牛不同，那些由传统方式喂养长大的奶牛会被注射重组牛生长激素（BGH）来增加牛奶产量。问题并不在激素本身——它不可能经过巴氏消毒或者人类的消化还能存活，即使它活下来，其作用机制也不适用于人类——这跟一种叫做类胰岛素生长因子的化合物（IGF－I）不同。
有机和传统奶牛的牛奶中都含有IGF－I，但是进行激素处理的奶牛含有更多的IGF－I。人类也产生IGF－I，近期一篇关于这方面的综述总结指出，喝牛奶的人一般都有较高水平的IGF－I。但是这也许不是由于牛奶中的IGF－I，因为进食肉类和蛋白质也能增加体内的IGF－I含量。问题不在于食物中含有IGF－I，而是人体对其它化合物作出反馈，从而提升了人体内激素含量。
一些研究认为IGF－I与癌症有关联。美国癌症协会发现“许多早期的研究发现血液IGF－I含量与前列腺、乳房、结肠和其它癌症的发展有关系，但是接下来的研究并没有证实或者推翻了这些报告。”该组织在2011年总结说“IGF－I对人类存在潜在危害还不确定。”一份2009年FDA的报告认为rBGH牛奶中的IGF－I含量是安全的。
rBGH的使用已经在一些父母中激起了关于给儿童喝牛奶的担忧，但是FDA的报告总结说“婴儿和儿童摄入的牛奶以及rBGH处理的乳制品都是安全的。
结果：有机牛奶具有很高的omega-3含量，但是可能不足以带来差异。对于有机和传统牛奶，其农药，污染物和激素风险没有显著差异。
农产品（蔬菜和水果）
营养：许多研究比较了有机和传统农产品中的维生素，矿物质，营养素和其它化合物，而2012年的一份综述认为研究都已涉及。一个例外是有机农产品中磷含量更高，但斯坦福大学科学家的研究认为这个发现“不具有临床显著性”。磷与钙一样，有助于强健骨骼和牙齿。
污染物：生长在地上的食物有两个问题:农药和致病菌。广为流传的看法是，有机农产品虽然不免除使用农药，但是具备使用较少的农药和较低的农药残留水平的优势。一项利用USDA（美国农业部）数据的研究发现，73%传统农产品样品至少有一种农药残余，而有机农产品中该数据只有23％，虽然这项研究已经超过十年了，但是关于这对人类消费是否有意义还没有统一认识。
埃莫里大学罗林斯分校公共健康学院的科研教授DanaBarr已经对美国环保局不再信任。她指出一个特殊的杀虫剂类别，有机磷农药，对于暴露于残留农药与可能产生的神经性疾病的关系，例如ADHD和儿童较低的IQ。她的证据包括一份2013她作为共同作者写的综述——因此她认为EPA标准没有充分考虑到这些。
但是，去年一个不同的科学家团队的研究却发现“研究并没有强烈证据表明任何特定的杀虫剂会偶然导致婴儿和儿童神经的不良发育。”2013年12月，疾病控制和预防中心认为高浓度的有机磷农药暴露与一些神经行为问题有联系。相比于普通的人群，这种情况在与有机磷农药经常性接触的农场社区中更加明显。
EPA期望在2016年对有机磷农药有一个新的评估。同时，该机构已经确定那些特定的食物——菜豆、西瓜、西红柿和马铃薯——可能比其他的农产品含有更高的杀虫剂残留。如果你怀孕了或者正在喂养小宝宝，可能需要考虑这些食物的有机产品。
结果：有机和传统的农产品之间没有显著的营养差异，虽然有机食品中有较低水平的杀虫剂残留。然而，对于这些残留物所引起的风险还没有达到普遍一致的认识。
肉类
营养：与牛奶相同，它的主要的问题也是omega-3。一些有机肉类和家禽肉比传统产品含有更多的omega-3。原因是因为饮食：相比于被喂养更多谷物的动物，吃草更多的动物总体来说含有较少的脂肪水平以及更高的omega-3。
虽然牛肉中omega-3的衡量各不相同，但是其数量很少而且远低于三文鱼中的含量。
污染：美国农业部随机对动物尸体进行检测，包括杀虫剂、污染物和兽医药物如抗生素。2011年，它检测了128种化学试剂，而且99％的测试畜体内都不含有这些化学试剂。检测发现一些残余量违规以及在法律限制内的少量残留（大多数为砷和抗生素）。虽然农业部并没有分别报告有机和传统肉类，但是总体而言污染物风险极其低。
结果：从健康角度上来看，有机肉类和传统肉类并没有什么不同。喂草牛肉相对喂谷物牛肉由于含有更高的omega-3水平而有轻微优势，但是总量可能太少不足以影响人类健康。
蛋类
营养：与奶类和肉类类似，蛋类的omega-3水平受到母鸡饮食的影响，且无论有机还是传统都会因为牧场或者饮食的补充而增加。蛋类富含omega-3已经广为人知了。
总结：有机和传统蛋类在对健康的影响方面并没有显著不同。
鱼类
农业部并没有颁布针对饲养有机鱼或者有机甲壳类动物的任何标准，但是一些海外机构已经颁布了。（因为没有任何手段控制野生鱼类的饮食，所以并不能应用“有机”）。加拿大标准禁止抗生素和激素，限制杀虫剂并且制定可喂养的标准。现在还没有足够多比较有机和传统鱼类的研究，所以无法得到任何关于他们健康益处的结论。