一方面，农药登记制度的施行，保证了我国农药（包括卫生杀虫剂）产品的安全性、有效性，在有力保障国内农林业生产安全、农产品质量安全、生态环境安全，以及人民群众生产生活环境洁净卫生、身心健康的同时，还大量出口到国际市场，实现创汇，解决就业。
一、部分农药产品名称不规范问题
《农药登记管理办法》第七条规定，农药名称应当使用农药的中文通用名称或者简化中文通用名称，植物源农药名称可以用植物名称加提取物表示；直接使用的卫生用农药的名称用功能描述词语加剂型表示。农药的中文通用名称应符合现行强制性国家标准《农药中文通用名称》（GB4839-2009）要求。
《农药登记资料要求》附件11《农药名称命名原则》进一步规定，原药（母药）名称用″有效成分中文通用名称或简化通用名称″表示，单制剂名称用″有效成分中文通用名称″表示，混配制剂名称用″有效成分中文通用名称或简化通用名称″表示；中文通用名称多于3个字的，在混配制剂中可以使用简化通用名称；混配制剂名称原则上不多于9个字，超过9个字的应使用简化通用名称，不超过9个字的，不使用简化通用名称；每个有效成分只能有一个简化通用名。
但目前仍然有多个产品名称不符合上述要求。如登记证号分别为PD20230079、PD20220284、PD20211545的″虫螨·噻虫嗪″，产品名称均应变更为″虫螨腈·噻虫嗪″；登记证号分别为PD20220117、PD20211742、PD20200003的″联苯·噻虫胺″，产品名称均应变更为″联苯菊酯·噻虫胺″等。
又如登记证号分别为PD20184106、PD20181302、PD20180875的″苦参碱″，产品名称均建议逐渐变更为″苦参提取物″；登记证号分别为PD20200930、PD20200175、PD20184308的″除虫菊素″，产品名称均建议逐渐变更为″除虫菊提取物″等。
再如登记证号分别为PD20151283、PD20141607的″2，4-滴二甲胺盐″，登记证号分别为PD20151492、PD20096393的″2，4-滴丁酯″，登记证号为PD20131117的″2，4-滴异辛酯″，产品名称分别应变更为″2，4-滴二甲胺盐″″2，4-滴丁酯″″2，4-滴异辛酯″等。
还有，登记证号为PD20210404的″2甲4氯酯·溴苯腈″产品，系由2甲4氯异辛酯和辛酰溴苯腈2种有效成分组成，不含有溴苯腈，其产品名称应修改为″2甲·辛酰溴″或″2甲4氯酯·辛酰溴″。
另外，目前还在使用″芸苔素内酯″名称的产品，均应根据其所含有效成分具体种类，分别变更为″24-表芸苔素内酯″″28-高芸苔素内酯″″28-表高芸苔素内酯″等规范名称。对既含有钠盐又含有钾盐的4个″复硝酚钠″产品（登记证号分别为PD20095800、PD20095269、PD20094961、PD20090528）的名称，建议有关部门重新研究确定。
二、部分农药产品毒性级别标注错误或者存在争议问题
农药对人和畜禽等高等动物的毒害作用称为毒性。农药产品的毒性分级决定着其使用范围，以及生产、销售和使用者对其的注意程度，从而影响其安全性。《农药管理条例》《农药标签和说明书管理办法》《农药登记资料要求》对农药产品毒性分级及其标识办法均作出了硬性规定。但目前仍然有多个产品登记的毒性级别不符合要求。
如喹硫磷，我国先后批准过4个原药产品登记，其中3个产品（登记证号分别为PD20095927、LS99004、LS20030728）登记的毒性级别为″中等毒″，1个产品（临时登记证号为LS20061515，转为正式登记证号为PD20100104）登记的毒性级别为″高毒″，目前只有1个（PD20095927）处于有效状态，但仍有2个喹硫磷制剂产品（登记证号分别为PD20097982、PD20084280）登记的毒性级别为″中等毒（原药高毒）″，1个产品（登记证号为PD20093983）登记的毒性级别为″低毒（原药高毒）″。
又如烟碱，目前唯一登记的原药产品（登记证号为PD20100680）登记的毒性级别为″高毒″，但在制剂产品中，仅有1个（登记证号为PD20150041）登记的毒性级别为″低毒（原药高毒）″，其余的产品登记的毒性级别均为″中等毒″或″低毒″。
再如鱼藤酮，目前有效登记的2个原药产品（登记证号分别为PD20095935、PD20083523）登记的毒性级别均为″中等毒″，但仍有4个制剂产品（登记证号分别为PD20093596、PD20092307、PD20086352、PD20085108）登记的毒性级别为″中等毒（原药高毒）″，1个产品（登记证号为PD91105-2）登记的毒性级别为″低毒（原药高毒）″。
还有，目前有效登记的27个甲氨基阿维菌素苯甲酸盐原药毒性级别均为″中等毒″或″低毒″，但仍有4个制剂产品（登记证号分别为PD20180193、PD20102076、PD20102012、PD20100790）登记的毒性级别为″低毒（原药高毒）″。
另外，登记证号为PD20084235的100克/升联苯菊酯乳油产品，其登记的毒性级别为″中等毒（原药高毒）″，但我国历年来批准登记的联苯菊酯原药毒性级别均为″中等毒″或″低毒″，没有″高毒″产品。登记证号为PD20082318的95%高效氯氟氰菊酯原药产品，登记的毒性级别为″高毒″，建议重新测定核实。
还有，8个溴敌隆原药产品中，5个为″剧毒″，3个为″高毒″；但32个溴敌隆饵剂（毒饵、饵粒）产品中，却有2个为″中等毒（原药高毒）″，26个为″低毒（原药高毒）″或″低毒（原药剧毒）″，1个为″低毒″，3个为″微毒（原药高毒）″，让人不免产生歧义，特别是″微毒（原药高毒）″的3个产品，毒性分级是否准确。而标注为″低毒″的那个产品，毒性级别肯定是错误的，应该修改为″低毒（原药高毒）″或″低毒（原药剧毒）″。
三、部分农药产品剂型名称不规范问题
2017年11月1日，原国家质量监督检验检疫总局、国家标准化管理委员会在第29号公告中发布国家标准《农药剂型名称及代码》（GB/T19378-2017），并于2018年5月1日起正式实施。该标准以安全、环保、科学、规范为宗旨，以FAO/WHO农药剂型分类为蓝本，本着按形态和性能分类、系统排序，易于区分、不混淆和适用性强的原则，淘汰落后和无商品流通剂型，取消功能性和包装类剂型，对多种剂型进行了优化、整合。
如将原油、原液、原粉等统称为原药，将母液、母粉、原药溶液、苯油、预混液、浓缩液、浓剂及微生物等农药的高孢粉、原药等统称为母药，将大粒剂、细粒剂、微粒剂和微囊粒剂合并到颗粒剂，将可分散片剂修改为水分散片剂，将泡腾粒剂、泡腾片剂分别合并到水分散粒剂和水分散片剂，把水剂合并到可溶液剂，将悬浮种衣剂合并到种子处理悬浮剂，将烟片、烟棒、烟雾剂合并到烟剂，将饵粉、饵粒、饵块、饵片、胶饵、饵膏等合并为饵剂等。但目前仍然有多个产品剂型名称不符合该标准要求。
如目前在登记有效状态的水剂产品仍然有2800多个，悬浮种衣剂产品610多个，原粉产品1个，母液产品34个，母粉产品8个，大粒剂产品24个，细粒剂产品11个，微粒剂产品14个，烟片产品16个，烟雾剂产品10个，泡腾片剂产品17个，泡腾粒剂产品21个，泡腾颗粒剂8个等，均应及时变更为相应规范的剂型名称。登记证号为PD20094629的金龟子绿僵菌原药、登记证号为PD20140421的多粘类芽孢杆菌原药，以及8个苏云金杆菌原药产品，剂型名称均应变更为母药。
另外，一些使用方法只有拌种或浸种的非种子处理剂产品，如登记证号为PD20130140的38%甲霜·福美双可湿性粉剂、登记证号为PD20121987的70%噁霉灵可湿性粉剂，登记证号为PD20121100的50%咪锰·多菌灵水分散粒剂、登记证号为PD20183394的1亿孢子/克木霉菌水分散粒剂，登记证号分别为PD20170823、PD20102057、PD20101593、PD20101350、PD20101285的80%乙蒜素乳油，登记证号为PD20220412的32%戊唑醇·乙蒜素微乳剂、登记证号为PD20142144的25%咪鲜胺微乳剂，登记证号分别为PD20130263、PD20121374、PD112-89的400克/升萎锈·福美双悬浮剂等，应适时变更为对应的种子处理剂（种子处理干粉剂、种子处理可分散粉剂、种子处理液剂、种子处理乳剂、种子处理悬浮剂等）剂型。
四、部分农药产品登记作物范围过于宽泛不精准问题
我国自实行农药登记制度以来，由于受客观条件所制约，最初有一部分农药品种是按照作物类别而不是具体作物品种进行登记的，而且这种情况一直延续到2000年代，直到2010年后才逐渐减少。
如目前登记作物为″十字花科蔬菜″的有丙溴磷、倍硫磷、辛硫磷、马拉硫磷、敌敌畏、茚虫威、高效氯氟氰菊酯、氯氰菊酯、高效氯氰菊酯、阿维菌素、吡虫啉、啶虫脒、虫酰肼、甲氨基阿维菌素苯甲酸盐等1200多个产品，登记作物为″果树″的有辛硫磷、马拉硫磷、氰戊菊酯、多菌灵、硫磺等160多个产品，登记作物为″蔬菜″的有辛硫磷、马拉硫磷、氰戊菊酯、氰戊·杀螟松、苏云金杆菌、代森锌、甲基硫菌灵、三乙膦酸铝等100多个产品，登记作物为″瓜类″的有甲基硫菌灵、百菌清、嘧啶核苷类抗菌素等40多个产品，登记作物为″豆类″的有甲萘威、马拉硫磷、百菌清、萘乙酸等10多个产品。
这种情况长期存在，可能会带来3种隐患：
一是容易造成农产品中农药残留超标（未在每种作物上都严格开展残留试验）；
二是可能造成农作物药害（如丙溴磷、倍硫磷、马拉硫磷等有机磷品种对十字花科蔬菜）；
三是对一些后来的农药生产企业产生不公平竞争（每增加一种登记作物都可能会有一定的登记费用）。
五、部分农药产品推荐用药量未能及时变更或差距过大或不规范或缺失问题
首先，有害生物对农药产生抗药性是一个无法回避的问题。近年来，农业生产上因为有害生物产生抗药性，导致化学防治防治效果大打折扣，甚至绝收的事件屡见不鲜。如据有关省植保部门反映，由于吡蚜酮被作为防治褐飞虱主打药剂连续多年使用，使用量已从每亩次6克（按有效成分计算）提升到10克（按有效成分计算），田间防治效果则下降到80%左右。
而我国批准登记的吡蚜酮产品，推荐用药量仍然维持在当初的每亩次5~6克，多年没有改变。又如高效氯氰菊酯，目前我国各地棉蚜种群对其抗性倍数均大于10000倍，农民如果还使用当初规定的剂量，防治工作极有可能完全失败。这种情况下，农民如果严格按照产品标签（使用说明书）推荐的用药量使用，可能收不到应有的防治效果，会造成产量损失或者防治次数增加；如果自行增加用药量，则违反了《农产品质量安全法》《农药管理条例》《农作物病虫害防治条例》等法律法规，将面临着被有关部门处罚的风险，以及药害风险、农药残留超标风险。
其次，还存在一些相同的农药产品（由不同企业登记，所含有效成分种类、含量、剂型均完全一致），在防治同一种病虫草害时，推荐用药量差距过大问题。如同为3%噻虫嗪颗粒剂，用于防治水稻稻飞虱时，登记证号分别为PD20182405、PD20181728、PD20171674的产品推荐用药量为600~1000克/亩·次（按有效成分计算为每亩次18~30克），而登记证号分别为PD20182498、PD20172517的产品推荐用药量为200~300克/亩·次（按有效成分计算为每亩次6~9克）。
又如同为250克/升嘧菌酯悬浮剂，用于防治水稻纹枯病时，登记证号为PD20142353的产品推荐用药量为106.7~133.3毫升/亩·次（按有效成分计算为每亩次26.675~33.325克），而登记证号为PD20131064的产品推荐用药量为20~40毫升/亩·次（按有效成分计算为每亩次5~10克）。
再则，还有一些液体类产品推荐用药量的计量单位不规范。如登记证号为PD20150566的10%吡虫啉乳油，用于防治小麦蚜虫时，推荐使用制剂量为″7.5~12.5克/亩″；登记证号为PD20080675的1.5%精高效氯氟氰菊酯微囊悬浮剂，用于防治甘蓝菜青虫时，推荐使用制剂量为″25~35克/亩″；登记证号为PD20130714的1.8%阿维菌素乳油，用于防治甘蓝小菜蛾，推荐使用制剂量为″33~50克/亩″；登记证号为PD20161602的35%噻虫嗪悬浮种衣剂，用于防治玉米蚜虫时，推荐种子包衣使用制剂量为″400~600克/100千克种子″等。类似这种情况，均应将″克/亩″″克/100千克种子″变更为″毫升/亩″″毫升/100千克种子″比较合适。
最后，还有一些产品则根本未推荐用药量（产品实物标签上可能有），如登记证号为PD20090015的25%三唑锡可湿性粉剂、登记证号为PD20080788的35%霜霉威水剂、登记证号为PD20096581的56%2甲4氯钠可溶粉剂、登记证号为PD20084185的75%苯磺隆水分散粒剂等。
六、部分农药产品分类错误或不规范问题
《农药标签和说明书管理办法》规定，农药包括杀虫剂、杀螨剂、杀软体动物剂、杀菌剂、杀虫/杀菌剂、杀线虫剂、除草剂、植物生长调节剂、杀鼠剂等类别，不同类别的农药，在标签上应当采用相应的文字和特征颜色标志带表示。但在目前的农药登记数据系统中，仍然存在很多不符合上述类别的产品。
如分类为″植物诱抗剂″的产品有38个，分类为″植物抗性诱导剂″的产品有5个，应根据防治对象或用途变更为″杀菌剂″″植物生长调节剂″或″杀菌剂/植物生长调节剂″;分类为″昆虫生长调节剂″的产品有23个，分类为″昆虫性信息素″的产品有14个，应变更为″杀虫剂″等。另外，还有一些产品分类明显错误。
七、部分专供出口农药产品登记证号未及时变更问题
中华人民共和国农业农村部公告第269号规定，仅限出口农药按农药登记、登记变更、登记延续申请和审批程序办理，其农药登记证编号代码为″EX+年份+序列号″，如EX20200001。
如原登记证号为PD20080366的42%百草枯母药产品，登记证号已变更为EX20220243；原登记证号为PD20130424的20%氟虫腈悬浮剂产品，登记证号已变更为EX20220195。
但目前还有相当一部分专供出口农药产品登记证号未及时完成变更。如现有的25个氯嘧磺隆产品中，只有12个登记证号已变更；35个百草枯产品中，只有5个登记证号已变更；35个甲磺隆产品中，只有4个登记证号已变更；28个2,4-滴丁酯产品中，只有1个登记证号已变更；4个杀扑磷原药产品，登记证号均尚未完成变更。
专供出口农药产品登记证号全部变更后，将非常有利于市场监管和消费者辨别（凡登记证号为PD、PDN、WP序列的农药产品，均可以在国内销售；凡登记证号为EX序列的农药产品，均不得在国内销售）。