农业企业生物资产的会计核算，首先要确认生物资产，生物资产要同时满足几个条件，才能予以确认，即：企业因过去的交易或者事项而拥有或者控制该资产;该资产所包含的经济利益或服务潜能很可能流入企业;该资产的成本能够可靠地计量。其次，按照生物资产取得时的成本进行初始计量。
(一)外购的生物资产
例如，2017年2月，农业企业从市场上一次性购买100头黄牛、100头小尾寒羊、300头生猪，单价分别为1000元、350元、250元，此外发生运输费4500元、保险费3000元、装卸费3000元，共计220500元，全部通过银行转账支付。
计算成本首先要确定每个物种应分摊的运输费、保险费、装卸费，计算如下(单位为元、头)：
(1)分摊比例：确定应分摊的运输费、保险费和装卸费分摊比例=(4500+3000+3000)÷210000=5%
那么：100头黄牛应分摊100×1000×5%=5000
100头羊应分摊100×350×5%=1750
300头猪应分摊300×250×5%=3750
(2)确定各物种入账价值：
100头黄牛入账价值=100×1000+5000=105000
100头羊的入账价值=100×350+1750=36750
300头猪的入账价值=300×250+3750=78750
(3)企业会计核算分录：
借：消耗性生物资产
—牛苗105000
—羊苗36750
—猪苗78750
贷：银行存款220500
(二)自行繁殖、营造的生物资产
企业自行营造的生物资产，同样要按照不同的种类核算，其成本确定的一般原则是按照自行繁殖或营造过程中发生的必要支出确定，既包括直接材料、直接人工、其他直接费，也包括应分摊的间接费用。
自行繁殖的育肥畜的成本，包括出售前发生的饲料费、人工费和应分摊的间接费用等必要支出，确定其取得的成本后，分别借记“消耗性生物资产”、“生产性生物资产”或“公益性生物资产”科目，贷记“银行存款”等科目。
例如：2017年4月，企业饲养的种猪产下120只猪苗，该批猪苗的农产品成本100元，截至当年7月，该批猪苗出售前，共支出饲料100000元，支付人工费12000元，应分摊的养殖场折旧12000元。
首先计算待出售猪苗的成本(单位元)
=120×100+100000+12000+12000=136000
企业会计核算分录：
—育肥猪136000
贷：农产品—猪12000
原材料—饲料100000
应付职工薪酬12000
累计折旧12000
(三)生物资产的后续计量
在我国，处于不同生长阶段的各类生物资产尚缺乏成熟的市场，公允价值有时难以取得，因此，生物资产准则规定一般应当采用历史成本对生物资产进行后续计量，但有确凿证据表明其公允价值能够持续可靠取得的除外。
消耗性生物资产在达到预定生产经营目的后，需要对其进行管护、饲养等，此时的消耗性生物资产能够带来现实的经济利益，因此发生的后续支出应当予以费用化，计入当期损益，借记：“管理费用”科目，贷记：“银行存款”等科目。
生产性生物资产的后续计量主要包括生产性生物资产折旧的计提以及后续支出的计量。成熟的生产性生物资产进入正常生产期，可以多年连续稳定产出农产品、提供劳务或出租，因此，应当按期计提折旧，以与其给企业带来的经济利益流入相配比，企业应当按期对达到预定生产经营目的的生产性生物资产计提折旧，并根据受益对象分别计入将收获的农产品成本、劳务成本、出租费用等，按期计提折旧时，借记“生产成本”、“管理费用”等科目，贷记“生产性生物资产累计折旧”科目。