在有机种植中，种子的选择至关重要。国内目前尚无专门的有机种植种子生产基地与供应商，因此在购种时应向具有种子经营权的单位购买，并查询种子的产地，防止转基因种子，或疫病区种子流入。较安全的方法，尽量就地取种，从当地老百姓手中收购传统的自留种，设专门育种区自繁自给。烦所选购的种子、自繁自留种子必须符合GB16715.2～GB16715.5或DB31/211标准的要求。
在自繁种子的过程中，应避免种质之间的杂交，而影响种子品种的纯度。因此繁种区与种植区必须相隔500米以上，并建立缓冲隔离带。有机种子的内在质量与抗逆抗异性一直是种植者忽略的问题，它直接影响到品种的产量与质量。在自繁培育中，我们可以采用极端手段，人为创造抗逆环境，提高品种抗逆抗异能力，从中选出杰出代表进行培育留种。
二、农药的选择和使用标准
有机蔬菜基地使用的生物农药及生长调节剂等必需向具有检验登记证、生产许可证和质量标准“三证”的公司购买。不向无营业执照、无农资生产或经营许可证的企业购买未经登记注册的产品。严格按照《农药合理使用准则》的要求，科学合理选择使用农药。原则上有机种植尽量采用自制性动、植、矿物源农药。为做到有的放矢，可先试验再推开。下面介绍部分自制植物源杀虫农药，及自制灭菌性微生物农药。
1、茶枯液防治水稻白叶枯病。每亩用2.5-3公斤茶籽饼加水5-7.5公斤浸泡24-36小时，取过滤液加水50-70公斤，可防治水稻白叶枯病。
2、枫杨液防治地老虎、蝼蛄等地下害虫。枫杨叶0.5公斤捣烂，加水50公斤，取滤液，防治蚜虫，叶蝉、飞虱、地下害虫等。或采集80-100公斤枫杨鲜叶，捣烂后给菜地或苗圃深施，能防治地老虎、蝼蛄等地下害虫。
3、柏树、臭椿树叶防治高粱蚜、麦蚜、菜青虫。可取0.5公斤柏树叶或臭椿树叶，加水1.5公斤，浸泡一天，然后加热煮沸30～40分钟，过滤弃渣得原液。原液存放3天方可使用，使用时每公斤原液兑水80～100公斤，杀虫效果在85%左右。
4、草木灰可防治蚜虫。取1份草木灰，在5份清水中浸泡24小时，过滤后取滤液喷雾，可杀死虫90%以上。
5、卷心菜两边种香菜或洋葱可防治病虫害（伴种）。
6、杏仁捣碎加五倍水可治蚜虫。
7、蓖麻叶防虫。一是将干蓖麻叶碾成细粉，按一定比例拌入土杂肥撒施到地里，可防治蛴螬、蝼蛄和地老虎等地下害虫的危害。二是按1公斤蓖麻叶粉加水16-20公斤浸泡，用水壶灌注，可防治葱、韭菜、大蒜、萝卜、白菜的地蛆、菜青虫、食叶甲等。三是将蓖麻叶干粉制成浸出液，撒到厕所、粪坑等处，对于死蚊子幼虫及蝇蛆均有明显效果。
8、桑叶合剂防治红蜘蛛。鲜桑叶1公斤，加水5公斤煮沸1小时，过滤即成。加4倍量水喷雾，可防治红蜘蛛。
9、马尾松液防治稻叶蝉、稻飞虱。用5公斤马尾松针加开水5公斤，密闭浸泡2小时过滤喷洒，可防治稻叶蝉、稻飞虱（松针加30倍水浸液，可抑制马铃薯发芽）。
10、臭椿叶浸出液防虫。臭椿鲜叶1公斤，加水3公斤，浸泡2天后的浸出液，可直接喷雾防治蔬菜蚜虫、菜青虫等害虫；或将此液加5倍的水，喷雾防治小麦锈病。
11、烟草粉防治品蚜虫、叶、蟑、潜叶蛾、茶毛虫。将烟草磨成细粉，每千克加入3-6公斤草木灰或高陵土混合均匀，在清晨露水未干前喷散，可防治品蚜虫、叶、蟑、潜叶蛾、茶毛虫。
12、艾蒿鲜草液防治棉蚜、红蜘蛛、菜青虫等害虫。将其切碎加10倍水煮半小时，冷却后喷洒，可防治棉蚜、红蜘蛛、菜青虫等害虫。
13、皂荚、蒜、醋兑水除萝卜虫害。
14、银杏叶治红蜘蛛。25公斤银杏叶加同等重量的水浸泡5-6天，再加2倍的清水即可喷施。
15、香椿叶、水、辣椒按1：2：1的比例密闭浸泡发酵五至七天，滤液，按液1，白醋0.5，水5的比例兑制喷施，防治蚜虫、菜青虫、红蜘蛛、跳甲。
16、苦瓜叶、水按5：4的比例浸泡，浸泡前把苦瓜叶搓烂后投入水中，浸泡五至八小时后滤液，再加清凉油一盒，或风油精一瓶，配成原液。每斤原液兑水8至10斤，可防治菜青虫、红蜘蛛。
17、香樟叶、水按1：3的比例浸泡，浸泡前把香樟叶搓烂后投入水中，密闭浸泡12小时，滤液，每斤原液加樟脑丸1粒制成原液，每斤原液兑水15斤，加适量肥皂粉喷洒，可防治所有双翅目害虫。
18、银杏叶晒干，粉碎，播种地茎类作物时拌入有机肥中撒施于田间，可有效防治地下害虫。
19、将侧柏晒干磨成粉，播种时撒在沟内，可防治蛴螬，防治效果绝佳。
20、楝叶晒干磨成粉，使用时拌入有机肥中撒施，或随种播下，每亩用量8斤左右，能有效防治、杀灭蛴螬、金针虫。
21、桔树叶10斤捣碎，加水10斤浸泡5小时，滤液，每斤原液兑水1斤，杀蚜率100%。
22、將贯众根、茎磨成粉末，用弥雾机于傍晚喷施。戓贯众粉1斤加水十斤配成水悬液喷洒，扑杀蚜虫。其20倍水浸液，对土豆晚疫病菌孢子发芽有极显著的抑制效果。
23、鱼腥草1斤，加水3斤捣烂，滤得原液1.25斤，每斤原液加水6斤，防治蚜虫效果100%。鱼腥草1斤，加水3斤，浸24小时，用滤液汁喷洒，对蚜虫、红蜘蛛、小菜蛾有特效。
24、用商陆1斤，水8斤，煮滤成原液5斤，每斤原液加水6斤，可防治蚜虫、红蜘蛛、玉米螟。
25、白头翁1斤，加水10斤，浸泡1天，或煮沸半小时，滤液，可防治地老虎、蚜虫及其它软体害虫。
26、毛茛1斤，加水10斤，煮沸半小时或浸泡1天，可防治玉米螟、稻卷叶螟、菜青虫、蚜虫。27、泽漆1斤，水8斤，春、夏、秋沤制3至4天，滤液可防治叶锈病、土豆晚疫病，对各种叶霉病也有一定效果，并可防治红蜘蛛、蚜虫、螟虫。
另附有机农业认证中有条件情形下允许使用的药物：
（有机认证中可以使用的农药）
类别名称和组分使用条件
天然除虫菊素（除虫菊科植物提取液）杀虫剂
苦参碱及氧化苦参碱（苦参等提取物）杀虫剂
鱼藤酮类（如：毛鱼藤）杀虫剂
蛇床子素（蛇床子提取物）杀虫、杀菌剂
小檗碱（黄连、黄柏等提取物）杀菌剂
大黄素甲醚（大黄、虎杖等提取物）杀菌剂
植物油（如：薄荷油、松树油、香菜油）杀虫剂、杀螨剂、杀真菌剂、发芽抑制剂
寡聚糖（甲壳素）杀菌剂、植物生长调节剂
天然诱集和杀线虫剂（如：万寿菊、孔雀草、芥子油）杀线虫剂
天然酸（如：食醋、木醋和竹醋）杀菌剂
菇类蛋白多糖（蘑菇提取物）杀菌剂
水解蛋白质引诱剂，只在批准使用的条件下，并与本附录的适当产品结合使用。
牛奶杀菌剂
蜂蜡用于嫁接和修剪
蜂胶杀菌剂
明胶杀虫剂
卵磷脂杀真菌剂
具有趋避作用的植物提取物（大蒜、薄荷、辣椒、花椒、薰衣草、柴胡、艾草的提取物）趋避剂
昆虫天敌（如：赤眼蜂、瓢虫、草蛉等）控制虫害
石硫合剂杀真菌剂、杀虫剂、杀螨剂
波尔多液杀真菌剂，每年每公顷铜的最大使用量不超过6kg
氢氧化钙（石灰水）杀真菌剂、杀虫剂
硫磺杀真菌剂、杀螨剂、趋避剂
高锰酸钾杀真菌剂、杀细菌剂；仅用于果树和葡萄
碳酸氢钾杀真菌剂
石蜡油杀虫剂、杀螨剂
轻矿物油杀虫剂、杀真菌剂；仅用于果树、葡萄和热带作物（如：香蕉）
氯化钙用于治疗缺钙症
硅藻土杀虫剂
粘土（如：斑脱土、珍珠岩、蛭石、沸石等）杀虫剂
硅酸盐（硅酸钠、石英）趋避剂
硫酸铁（3价铁离子）杀软体动物剂
细菌及细菌提取物（如：苏云金芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、蜡质芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、荧光假单胞杆菌等）杀虫、杀菌剂、除草剂
病毒及病毒提取物（如：核型多角体病毒、颗粒体病毒等）杀虫剂
Ⅳ．其他氢氧化钙杀真菌剂
二氧化碳杀虫剂，用于贮存设施
乙醇杀菌剂
海盐和盐水杀菌剂，仅用于种子处理，尤其是稻谷种子
明矾杀菌剂
软皂（钾肥皂）杀虫剂
乙烯香蕉、猕猴桃、柿子催熟，菠萝调花，抑制马铃薯和洋葱萌发
石英砂杀真菌剂、杀蟥剂、驱避剂
昆虫性外激素仅用于诱捕器和散发皿内
磷酸氢二铵引诱剂，只限用于诱捕器中使用
V.诱捕器、屏障物理措施（如：色彩诱器、机械诱捕器）
三、有机农业农药使用准则及防治原理
植物与其病原物在环境因子的作用下，相互适应和相互斗争导致了病害的发生和发展。植物病害防治就是通过人为干预，改变植物、病原物与环境的相互关系，减少病原物数量，削弱其致病性，保持与提高植物的抗病性，优化生态环境，以达到控制病害的目的，从而减少植物因病害流行而蒙受的损害。
防治病害的途径很多，按照其作用原理，通常区分为回避、杜绝，铲除、保护、抵抗、和治疗、六个方面。每个防治原理又发展出许多防治方法和防治技术，分属于植物检疫、农业防治、抗病性利用、生物防治、物理防治和化学防治等不同领域。从主要流行学效应来看，各种病害防治途径和方法不外乎通过减少初始菌量(x0)、降低流行速度(r)或者同时作用于两者来阻滞病害流行。
植物病害防治途径及其流行学效应规文
A．回避（植物不与病原物接触）
1.选择不接触或少接触病原物的栽培地区、田块和时期
2.选择无病植物繁殖材料
3.采用防病栽培技术
B．杜绝（防治病原物传入未发生地区）
1.种子和无性繁殖材料的除害处理
2.培育无病种苗，实行种子健康检验和种子证书制度
3.植物检疫
4.排除传病昆虫介体
C．铲除（除掉已发生的病原体）
1.生物防治
2.轮作、降低土壤内病原物数量
3.拔除病株
4.铲除转主寄主和野生寄主
5.田园卫生措施
6.植物繁殖材料的热处理和药剂处理
7.土壤消毒
D．保护（保护植物免受病原物侵染）
1.保护性药剂防治
2.防治传病介体
3.采用农业防治措施，改良环境条件和植物营养条件
4.利用交互保护作用和诱发抗病性
E．抵抗（利用植物抗病性）
1.选育和利用具有小种专化抗病性的品种
2.选育和利用具有小种非专化抗性的品种
3.选育和利用兼具有两类抗病性的品种
4.利用化学免疫和栽培（生理）免疫
F．治疗（治疗罹病植物）
1.化学治疗
2.热力治疗
3.外科手术
植物病害的种类很多，发生和发展的规律不同，防治方法也因病害性质不同而异。有些病害只要用一种防治方法就可得到控制，但大多数病害都要有几种措施相配合，才能得到较好的效果。过分依赖单一防治措施可能导致灾难性的后果，长期使用单一的内吸性杀菌剂，因病原物抗药性的增强，常导致防治失败。大面积栽培抗病基因单一的小种专化抗病性品种，因毒性小种积累，造成品种抗病性“丧失”，病害重新大发生。早在20世纪70年代我国就提出了“预防为主，综合防治”的植保工作方针。在综合防治中，要以农业防治为基础，因时、因地制宜，合理运用化学防治、生物防治、物理防治等措施，兼治多种有害生物。后来多次对综合防治的概念作了诠释。1986年又将综合防治解释为：“综合防治是对一有害生物进行科学管理的体系。它从农业生态系总体出发，根据有害生物和环境之间的相互关系，充分发挥自然控制因子的作用，因地制宜地协调应用必要的措施，将有害生物控制在经济受害允许水平之下，以获得最佳的经济、生态和社会效益。”这一综合防治定义与国际上常用的“有害生物综合治理”“植物病害管内涵一致。
开展病害综合防治或综合治理首先应规定治理的范围，在研究病害流行规律和危害损失基础上提出主治和兼治的病害对象，确定治理策略和经济阈值，发展病害监测技术、预测办法和防治决策模型，研究并应用关键防治技术。为了不断改进和完善综合防治方案，不断提高治理水平，还要有适用的经济效益、生态效益和社会效益的评估指标体系和评价办法。在综合防治中，要以农业防治为基础，因时、因地制宜，合理运用化感防治、生物防治、物理防治等措施，兼治多种有害生物。后来多次对综合防治的概念作了诠释。