微生物肥料是指含有活性微生物的特定制品，将它应用到农业生产中，能够获得特定的肥料供应。它和微量元素肥料有本质的区别，前者是活的生命，后者是矿质元素。
微生物肥料可以分为三大类：
一类是通过微生物的生命活动增加植物营养元素的供应量，从而改善植物的营养状况。微生物肥料在土壤中和有害微生物相互拮抗，还能产生抗病、防病，乃至治虫的作用，用量多在每亩2千克左右。这一类有代表性的产品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸盐菌（钾菌）。
另一类是微生物的代谢物质，如氨基酸、黄植酸等，将它和矿质微量元素加以配合，制成液态或固态产品，可以起到刺激作物生长和抗御病虫害的作用。每亩用量在100克左右。
再一类是借助微生物腐解有机质，例如发酵或酵素菌可以加速农家肥或秸秆的腐烂，达到增加土壤腐殖质的目的。这一类多加入等量的化学肥料，以保证作物对营养的需求，市场上叫多元有机肥。
微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、底肥、追肥，沟施或穴施均可，但以拌种最为简便、经济、有效。拌种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状，若是液体菌剂，则加清水稀释，然后与种子充分搅拌，晾干后播种，并立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同时用作底肥。
微生物肥料是生物活性肥料，因此有特定的施用要求。
（1）避免开袋后长期不用：开袋后长期不用，其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其施用效果。
（2）避免在高温干旱条件下施用：在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。应选择阴天或晴天的傍晚施用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料因受阳光直射或水分不足而难以发挥作用。
（3）避免与未腐熟的农家肥混用：这类肥料与未腐熟的有机肥堆沤或混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的作用。同时也要注意避免与过酸、过碱的肥料混合使用。
微生物肥料作为一种新型肥料，以其独特的生物活性，在促进土壤改良、提高作物产量和品质方面展现出巨大潜力。