长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。
这么看来，微生物肥料是个好东西，但是看走眼，被忽悠买错了，好东西也算不上好了，目前市场各类微生物肥料鱼目混珠，许多农民在选择产品时都面临困惑或被欺骗过，那你一定没有注意以下问题。
微生物肥：无农业部肥料登记证号要留意
当前，微生物肥料市场存在的主要问题是：部分无肥料登记证企业假冒已获证企业登记证号生产；或部分已获证企业随意将肥料登记证号转让给不具备微生物肥料生产能力的企业加工生产；或微生物肥料包装袋上使用省级农业部门颁发的登记证号；或随意更改包装标识，误导消费者，如：复合微生物肥料，氮磷钾总养分过少起不到应有的效果，过多则影响生物菌的存活，但有些包装上将氮磷钾总养分标示为40%以上，这种产品明显为假劣复合微生物肥料产品，应谨慎买。
微生物菌肥如何达到最好效果？
首先，对于微生物肥料自己来说，菌数是衡量一种菌肥是否达标的重要依据，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克(颗粒1亿/克)，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
除了菌肥自身的条件外就是外界因素了
第一点是温度，施用菌肥的最佳温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度或是高于45摄氏度，菌肥的施用效果都会比较差，对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。但是多孢菌的耐受温度达140度，在一定程度上拓宽了菌肥在温度上的局限性。
第二点时期，菌肥的最佳效果时期是作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天左右，在此期间施菌肥效果最佳。
第三点用量，一块儿过度施用化肥的土地对化肥是有依赖性的，不要一下子用菌肥完全代替了化肥，要循序渐进。
第四点混合，像杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰等是不能与菌肥混合施用的，它们会杀死生物菌，破坏肥效。