微生物肥料是以微生物的生命活动导致农作物得到特定的肥料效应而使作物生长茁壮或产量增加的一类制品。与化学肥料、有机肥料一样，是农业生产中施用的肥料产品的一部分。微生物肥料也叫菌肥，其中含有活的微生物，这些微生物的活动能给农作物提供一定量的养分，促进作物生长，还可以减轻农作物的病害，提高化学肥料的利用率，最终提高产量，减少化肥、农药对农产品及土壤的污染。
微生物肥料的作用
制造和协助农作物吸收营养。增强植物的抗病能力。生物菌肥中的有益菌群能分泌植物促生物质和抗生素，增强植物抗病能力，提高对土传病的生物控制作用，提高抗重茬病、抗枯萎病、黄萎病、根腐病、根结线虫病等病害的能力。固氮菌将空气中的氮转化为氨，磷钾菌把固定的磷和钾转化为可溶性的磷钾肥。于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果显著。
增进土壤肥力。大量微生物菌群能活化土壤，增加土壤肥力、促进土壤形成良好的团粒结构，增加土壤的通透性，促进根系发达，茎秆粗壮，叶片肥厚、夜色浓绿，且提高保肥、保墒能力。
生根、壮根、养根。对根系有修补再生功能，使植株生长健壮、旺盛，为增产增收创造良好的基础。
提高农产品品质并能提早成熟、提前上市。生物菌肥可减少病虫害，降解土壤农药、化肥残留，减少硝酸盐的积累。增加农产品蛋白质、糖分、维生素等含量，大幅度提高作物品质，使蔬菜瓜果色鲜味美、品质优，使农产品成为无公害的绿色产品。
如何选购微生物肥料
要查看产品登记证。查看所购产品是否通过农业部登记，其登记证应为：农业农村部微生物肥（****）准字（****）号。而未经农业农村部批准的应慎重使用（个人观点）。
在同等条件下，选择信誉度好，生产规模大的厂家产品。因为大企业内部管理和质量监控严格，生产设备先进，产品质量有保证。
施用微生物肥料的注意事项
要早施。微生物肥料施入土壤后，在适宜条件下要迅速、大量繁殖，它们就象成千上万个小“肥料厂”一样源源不断地向作物提供营养。
施用时离作物的根系越近越好，这样有利于作物吸收营养。而且真正的微生物肥料不烧根、不烧苗。
微生物肥料可拌种、底施、追施。拌种时应在室内或阴凉处进行，以防阳光直射（因为太阳光中的紫外线可杀死微生物肥料中的有效菌）。底施、追施要及时覆土或浇水。
微生物肥料不能与（过碱性肥料）草木灰、碳酸氢铵混合施用，与其他化学肥料混用要现混现用。
正确认识微生物肥料
长期以来，对于微生物肥料有无作用、有多大作用一直存在不同的看法。
一种是不了解微生物肥料的作用机理，见效慢认为微生物肥料没有什么作用；有人甚至认为土壤中有大量的土壤微生物，无须再施入。他们并不了解微生物肥料是将人工选育的优良菌株经发酵扩大，集中施于种子表面或其周围，形成群体优势而发挥作用的；另一种是把微生物肥料的作用无限扩大，甚至宣称施某种“微生物肥料”一次，即可不再施用化肥或其他肥料。
提出这样的看法或在报刊上做如此宣传的企业，一方面他们至今未从植物营养的角度拿出此种“微生物肥料”可以“取代化肥”的证据；另一方面，在田间试验上，也没有拿出令人信服的试验报告。因此，把微生物肥料的作用一概否定是不对的，也是不科学的。
相反，把微生物肥料神秘化，无限夸大其作用，也是错误的。既不利于微生物肥料的发展，还会败坏微生物肥料的声誉。