四、主管税务机关应加强对增值税一般纳税人收购企业增值税的日常管理。
(一)一般纳税人收购企业每月除应按要求向主管税务机关报送有关增值税纳税申报资料外，还须报送以下资料：
1.[条款废止]收购发票抵扣联(按销售人分类装订);
2.[条款废止]当月用于支付收购款项的银行帐户的对帐单复印件;
3.《收购农业产品进销存明细表》(见附表二)。
(二)增值税一般纳税人收购企业向农业生产者个人收购农业产品，可凭自行开具的有抵扣联收购发票上注明的价款依适用扣除率计算抵扣进项税额;向农业生产者企业或单位购进农业产品须凭其开出的普通销售发票上注明的价款依适用扣除率计算抵扣进项税额。
(三)一般纳税人收购企业向小规模纳税人购进农业产品，应索取普通销售发票，并按普通发票上注明的价款依适用扣除率计算抵扣进项税额。
(四)主管税务机关对收购发票进行审核抵扣时，当期抵扣金额较大的，应要求一般纳税人收购企业附上过磅单、入库单和有销货人签收的付款凭证等，对货物交易的真实性有疑问的，须查证后方可抵扣进项税额。
(五)[条款修订]工业企业向农业生产者收购农业产品，其自行填开收购发票的进项税额的抵扣必须实行先付款后抵扣。
(六)主管税务机关每季度至少对收购企业按增值税纳税评估管理办法进行纳税评估一次，对其中纳税申报异常、农产品收购价格异常、产地异常、开票量异常、收购资金支付异常以及销售额变动率，税负率变动指标两个峰值异常的企业应及时提出质询。企业无法作出合理解释且销售人(收款人)不能出示证明的，主管税务机关有权重新核定其收购价格和数量，并暂停其凭收购发票抵扣进项税额，或移送稽查部门进行检查。
(七)对商贸企业一般纳税人收购农业产品实行按毛利率监控增值税的管理措施。在每年初商贸企业首次申请领购使用有抵扣联收购发票前，主管税务机关应根据商贸收购企业一般纳税人上年度(新办企业按最近3个月)购销农业产品的毛利率(销售总额一销售成本)，并参考本地区同行业的平均毛利率，按照《年度商业收购企业监控毛利率核定表》(见附表三)，测算该企业的监控毛利率，报县(区)级(含)以上税务机关审定，作为该企业当年增值税日常管理的监控指标。凡商贸收购企业纳税期的实际经营毛利率低于该指标的，在主管税务机关一时难以完全核实的情况下，可暂按年初核定的监控毛利率计算当期实际抵扣的进项税额。具体计算公式为：
企业当期实际抵扣的进项税额=当期销售额*(1-监控毛利率)*扣除率
监控毛利率由县(区)级(含)以上税务机关根据各个企业的实际情况分别确定，且在当年保持不变。
对商贸收购企业一般纳税人实行按毛利率监控措施，企业的收购发票仍作为其合法支付凭证，在具体财务核算上，允许企业依规定按收购金额计提农业产品进项税额，并将计提的进项税额暂列入“待摊费用农业产品待抵扣税金”科目。
(八)对工业企业收购农业产品加工销售后，主管税务机关应认真分析其产品的投入产出比，收购货物成本占总成本的比例、月产量和销售量等指标，防止其虚开收购发票，虚大收购金额。主管税务机关可根据有关行业标准，计算出正常范围内的产品成品率.在审核其进项税额抵扣资料时，重点审核上述指标是否在正常范围内，对超范围部分一律不予抵扣。
五、收购企业到异地收购农业产品增值税的管理比照固定业户临时外出经营的有关税收规定处理.一般纳税人收购企业使用经当地税务机关批准的收购发票(省内异地收购的使用《广东省收购统一发票》)，经主管税务机关审核后可作为抵扣凭证。
1.来按税务机关要求填报有关资料或申报不实的。
2.未按规定使用、保管、开具收购发票。
3.未按规定将购进农业产品的进项税额与其他经营业务分开准确核算。
4.未按本规定要求开具收购发票或超经营范围开具收购发票。
5.虚开收购发票或虚大库存。
6.未按规定索取有关进项凭证，而自行开具收购发票抵扣进项税额。