近年来，破坏环境资源犯罪案件数量不断增长，由于破坏环境资源犯罪作为法定犯与自然犯有诸多差异，导致司法实践中办理破坏环境资源犯罪案件在认定犯罪的理念、尺度等方面时有分歧。最高检要求以“三个善于”做实高质效办好每一个案件，笔者认为，可以通过深化理解“三对关系”，进一步为办理破坏环境资源犯罪案件提质增效。
第一，罪量要素与社会危害性。根据刑法第13条规定，社会危害性和应受刑罚处罚性是犯罪的两个最重要特征，但“情节显著轻微危害不大”不认为是犯罪。可见，社会危害程度是区分罪与非罪的重要标准之一。实践中，确定行为的社会危害达到何种程度的因素被学者称为罪量要素。比如，《最高人民法院、最高人民检察院关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》第1条列举了11种情形确定污染环境是否达到“严重污染环境”程度的罪量要素。
主流观点认为，刑法法益是指刑法保护的人的生活利益。打击破坏环境资源犯罪，维护环境资源保护管理秩序，最终目的是要更好地保护环境资源。关于破坏环境资源犯罪的保护法益，生态学的人类中心法益论认为，水、空气、土壤、动物、植物等生态环境元素为人类提供基本生活基础，故其成为刑法保护的法益。《德国环境法典》基本上持这一观点，其第1条（1）规定，本法典旨在保护环境和人类，以及人类的健康和福祉。显然，在环境和人类之间，人类才是重心所在。我国刑法打击污染环境犯罪，就是为了保持水资源、空气洁净，避免人类健康受损，满足人类基本生活、生产条件。非法捕捞水产品罪、非法狩猎罪、非法采矿罪等罪名，也都直接或间接地着眼于人类整体的生存和长远发展。简言之，维护环境资源管理秩序是手段，保护人类整体利益才是目的。因此，惩治破坏环境资源犯罪所保护的法益在更深层次上与刑法法益的本质是契合的。
所以说，办理破坏环境资源犯罪案件，要注意兼顾浅层法益和深层法益侵害性的审查，对以行为入罪的破坏环境资源犯罪案件，要特别注意将深层法益作为重要考量因素。
第三，形式犯与实质犯。刑法通说认为，犯罪行为必须造成构成要件所规定的一定法益的侵害或者危害结果的发生的是实质犯，而没有法益侵害或危害结果发生，仅仅在形式上违反行政法规的犯罪被称为形式犯。