微生物肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这一点是与化学肥料和植物调节剂的最大区别，这也就出现了微生物肥料速效性不如化学肥料与植物调节剂的现象。
2、种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥
农用微生物菌剂是指目标微生物(有益菌)经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。
微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，复合微生物肥料是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品；
菌剂、菌肥最大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
3、认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好
复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。
菌衡量标准为“有效活菌数(CFU)”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。
影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，国家标准规定农用微生物菌剂产品杂菌率分别为：
液体≤10.0%，粉剂≤20.0%，颗粒≤30.0%；
复合微生物肥料产品杂菌率标准为：
液体≤15.0%，粉剂≤30.0%，颗粒≤30.0%：
市场上少数不合格产品中会含有致病菌，本意是用有益菌修复土壤，使用了不合格品种，反而会引起致病菌繁殖，导致病害发生。
4、认为使用一次就可以，一次使用作用可持续多年
部分微生物施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、高温闷棚等都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
5、不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题
现阶段在农业部获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。
不同品种具有的功能不同，微生物肥料的作用会体现在六个方面：
提供或活化养分功能；
产生促进作物生长活性物质能力；
促进有机物料腐熟功能；
改善农产品品质功能；
增强作物抗逆性功能；
改良和修复土壤功能。
要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。
6、微生物肥料可以替代化肥
土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促进化学肥力和物理肥力的提高。
使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少部分化肥的投入。
二、微生物肥施用上的误区：
不仅在对微生物肥料认识上存在误区，在使用过程中也同样存在误区，而在使用时没有避开这样的误区就会造成微生物肥料没有效果。
使用中存在的误区有以下几方面：
1、菌肥撒施在地的表面。
我们都知道，紫外线（波长240-280nm）对微生物菌有较强的杀灭作用或者有较强的杀菌作用，一般紫外线几秒钟就可达到杀菌效果，所以尽量避免在太阳光很强烈的时候施用菌肥，我们要在每天的早晨或者傍晚，或者是阴天的时候去施用。
菌肥含有活性菌，施用时必须埋于土壤中（除了液体的），不能撒施于地表，在地表的菌肥可能受阳光照射影响效果，遇到大风天气，粉剂菌肥还会飘散浪费，菌都不易存活，一般深施10-20厘米。
2、在高温干旱、零下温度的条件下施用菌肥。
因为在高温干旱条件下使用微生物肥料，微生物菌的生存和繁殖会受到影响，不能发挥良好的作用，有可能还会把菌给杀死。
而一般菌肥所能承受的低温也就是5度，如果我们在冬天施用菌肥的话，一定要先测量好最低温度是多少，如果温度零下，菌肥中的菌很有可能会被杀死。
我们在施用菌肥的时候，一般要保持地温在5-35℃内施用，低于5℃菌种不能发酵繁殖，高于35℃菌种可能会被烧死，土壤湿度最好是60%左右。
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3、菌肥与未腐熟的农家肥混用。
我们很多种植户在给作物施用底肥的时候，会把菌肥和农家肥一起施用，觉得这样的话，对作物的效果更好，但是，如果我们不小心施用了未腐熟的农家肥，那菌肥就会被未腐熟的农家肥杀死。
因为未腐熟的农家肥在继续腐熟的过程中会释放出高温，高温会杀死微生物，如果菌肥中含有不耐高温的菌种，那这部分菌种就会失活，效果大打折扣。
4、菌肥与农药，化肥同时施用。
有时候，我们种植的作物会出现根系发育不良等现象，我们可能会施用菌肥，也可能会施用化肥等帮助作物正常生长。
但是，我们一定要记住，为了防止活菌被杀死，菌肥是万万不能和杀菌剂、高浓度肥料溶液混用，另外，菌种繁殖需要中性或者弱酸性的环境，所以也不能和强碱性的草木灰混用。
因为这些药、肥很容易杀死微生物菌。
在施用时，如果我们施用的菌肥与防病虫、除草相矛盾时，最好等到药剂持效期后再用菌肥。如果我们用菌肥来拌种，切忌不要和已经拌好杀菌剂的种子混合使用。
5、菌肥施用在肥力不高的土壤上。
现在，土壤问题越来越严重，而菌肥也慢慢地得到了不少种植户的认可，但是，不少人进入了另一个误区，以为菌肥是万能的，使用了菌肥就不用使用其他肥了，但这是不对的。
微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行，如果土壤中没有有机质，那施用了微生物肥也是白搭，因为菌根本就不会存活。
所以，我们单单施用菌肥是不可以的，要先施入有机肥来增加土壤中的有机质，再配合菌肥施用，这样，土壤的肥力才能够得到提高，作物才能够正常生长。
6、菌肥施用在过酸或过碱的土壤上。
土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖，有可能微生物肥中的菌都会被杀死，其实，土壤酸碱值在6.5-7.5之间时最适合生物菌的繁殖，只要让土壤酸碱值达到6.5-7.5，就能保证生物菌大量繁殖，不过，我们还要参考作物适宜的酸碱度去种植。
有时候，我们买的菌肥多了，当我们把袋子都拆开，但是却用不完，就随便的把袋子绑着，没有把袋子绑严实。
所以，当我们打开一袋菌肥用不完的时候，一定要把袋子绑严实了！
8、重视使用，轻视使用量。
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质，通常把有机质称为生物菌的载体。
也就是说有机质是生物菌赖以生存的食物。
所以一定记得补充土壤有机质确保菌肥功效！
使用微生物肥料产品能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多、数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度；增施有机肥，提高土壤物理肥力；增加微生物菌的数量等。
参考文献：
《农户对于微生物肥料存在的误区》中国生物有机肥交易网
《常见的微生物肥料认识误区》辽宁省大洼区农业技术推广中心