一般大田作物选用氮磷钾复合肥,小麦高产田应选用氮磷钾三元复合肥；小麦、水稻、谷子等密植作物,适宜用粉状复合肥；稀植中耕作物如玉米应选用颗粒状复合肥；蔬菜尤其是果菜和根菜类及果树等经济作物需要较多,应选用含钾较高、低氮的氮磷钾复合肥。
某些复合肥虽然根据作物的需肥特点、土壤的供肥特性确定了适宜的养分配比，但也很难完全符合不同肥力水平土壤上作物实际生长的要求，因此有必要根据作物的实际生长情况、再配合使用一些单质肥。如在缺氮土壤上对需氮较多的叶菜类需使用一些氮肥，在缺钾土壤上对需钾较多的西瓜后期要使用一些钾肥。
复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度。多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分善和农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%至30%之间，中浓度在30%至40%之间，高浓度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济、的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济作物上，品、渣少、利用率高。
为提高复合肥的肥效,不同施用方法应选不同剂型复合肥。作基肥施用时必须选用颗粒状复合肥,而且颗粒的硬度愈高愈好,肥效长。选用复合肥中氮素由铵态氮配成的复合肥,有利提高氮素的利用率。如作追肥施用则应选用粉状复合肥,而且要注意复合肥磷素中的水溶性磷含量应大于40%,氮素则由铵态氮和硝态氮两种类型氮组成的复合肥为宜。一般基施腐植酸类复合肥的效果优于追施效果。
复合肥的养分总量一般比较高，营养元素种类较多，一次施用复合肥，至少同时可供应作物两种以上的主要营养元素。例如磷酸铵不含任何无用的副成分，其阴、阳离子均为作物吸收的主要营养元素。这种肥料养分分布比较均一，在造成颗粒后与粉状或结晶状的单元肥料相比，结构紧密，养分释放均匀，肥效稳而长。由于副成分少，对土壤不利影响小。
复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氨表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差。所以复合肥的施用应尽可能避免地表撒施，应深施覆土。