20世纪80年代以来直到现在，是红山文化发现与研究的第三阶段。此间是红山化研究被正式纳入中华文明起源这一重大研究课题的时期。
1980年秋，发现了那斯台遗址，次年春季，调查了该遗址，确认这是一处东西长约1500m，南北宽约1000m，总面积约为150万平方左右的红山文化大型聚落遗址，通过采集和清理获得一批包括百余件玉器、石雕人形坐像、石质容器、彩陶和各类石器在内的重要标本。
那日斯台红山文化遗址位于巴彦汉苏木那日斯台村。1969年春天，在一次大雨过后的早晨，巴林右旗那日斯台村的布和朝鲁在出去放牛的时候，不经意间，在一个坡地上捡着了一个玉器。为这个发现所激动的他，连忙赶回家去拿了一把二齿钩，再跑回发现玉器的坡地上挖了起来。不大的工夫，他就挖出了不少玉器。布和朝鲁的父亲丹巴，是那日斯台村的党支部书记，他把布和朝鲁挖到的玉器装在一个特制的布袋里，锁进了家里的大木箱子。一天，一个文物贩子趁着丹巴书记到北京看病的时候，来到那斯台，找到了布和朝鲁，想出大价钱购买他挖到的那些玉器。但是，文物贩子没有如愿。1979年，巴林右旗文化馆馆长韩仁信和文物组工作人员青格勒到丹巴家里，动员丹巴把玉蚕、玉鸮和几十个玉珠等玉器捐献出来，这些玉器现在被精心收藏在巴林右旗博物馆，成为研究红山文化的珍贵文物。
（那斯台出土，玉猪龙高6.74宽5.2中心孔径2.8-3.3颈部孔径0.8厘米）
（那斯台出土，玉珠最大直径1.89最小直径1.27厘米。）
（那斯台出土，玉鸮高6.1宽6厚1.8厘米。）
（那斯台出土，玉鸮高4.4宽4.6厚1.7厘米。）
（那斯台出土，玉箍形器高12.5最大腹径7.63壁厚0.62厘米。）
（那斯台出土，玉斧长13.4宽4.8-6厘米。）
（那斯台出土，玉蚕长7.98厚2.6孔径1.68-2.58厘米）
（那斯台出土，三联玉璧长11.9宽3.8厘米）
（那斯台出土，勾云形玉器长18.2宽10.58厚0.64-0.7厘米。）
1981年，郭大顺先生得知牛河梁出土红山文化斜口筒形玉器，随即赶赴出土地点调查，发现这里是一处单纯的红山文化遗址，并在出土斜口筒形玉器的现场清理了一座以玉环随葬的红山文化石棺墓，为后来牛河梁遗址的正式发现奠定了基础。
郭大顺
1982年，中国社会科学院考古研究所内蒙古工作队与敖汉旗文化馆联合发掘了兴隆洼遗址和赵宝沟遗址，发现并识别出了两种早于红山文化的考古学文化，即“兴隆洼文化”和“赵宝沟文化”。在兴隆洼遗址发现了以F133为代表的红山文化早期遗存和红山文化房址打破兴隆洼文化房址的地层，从地层关系上确定了兴隆洼文化早于红山文化。
1983年，“燕山南北地区考古座谈会”在朝阳市举行，苏秉琦先生在会上提出要提出对喀左、凌源、建平三县交界地区的遗址、遗迹进一步展开调查与发掘以探明其全貌，揭示出以燕山南北长城地带为重心的北方地区在我国文明史上的地位或作用的工作思路。会后不久的1983-1985年间，相继在建平、凌源交界处发现并发掘了红山文化晚期具有礼仪性的巨型建筑群-女神庙和积石冢群遗址，在冢内墓葬中发掘出一批包括斜口筒形器、玉猪龙、勾云形玉饰在内的红山文化玉器。由此引发了“中华五千年文明曙光”这一学术命题的提出，并立即掀起了一场关于中华五千年文明起源的热烈讨论。
牛河梁遗址积石冢
牛河梁勾云佩
1986年至20世纪末，辽宁省文化考古研究所先后数次对牛河梁第一地点（女神庙）平台东坡筒形器遗存、第三地点积石冢、第二地点四号冢、第二地点一号冢、第五地点一号冢、第十、第十三、第十四地点进行了系统发掘。此间，辽宁省文物考古研究所还在阜新发现并发掘了查海遗址；中国社会科学院考古研究所内蒙古工作队发掘了敖汉西台红山文化中期由两条围沟围护的方形环壕聚落遗址；内蒙古文物考古研究所发掘了林西县白音长汗遗址。
进入２１世纪以来，随着各类科技考古手段的普遍应用，红山文化研究水平和研究成果都获得了新的提升。2001年，敖汉旗博物馆清理发掘了草帽山红山文化积石冢群遗址，发现包括祭坛、有冠石雕人像、方形玉璧、无底折肩罐形陶器在内的一批重要遗迹和遗物。
2002年，辽宁省文物考古研究所发掘了牛河梁第十六地点积石冢，在中心大墓M４内发现了用料考究、雕制精细的玉人和玉鸮。2003年，中国社会科学院考古研究所内蒙古第一工作队对兴隆沟第二地点红山文化晚期环壕聚落实施了发掘，发现了精美的彩陶和三人相拥而坐的女性造像。2012年又在该遗址的一座房址中，发掘出土一件红山文化整身陶质坐姿人形神像。
2009年，内蒙古文物考古研究所发掘了库伦旗四家子红山文化祭祀遗址，发现了红山文化三级方形祭坛。2009-2012年，考古工作者先后四次对赤峰市魏家窝铺遗址红山文化大型环壕聚落遗址进行了发掘，确认了房址、灶址、灰坑、壕沟等众多遗迹，出土了大量的陶器、石器、蚌器以及动物骨骼，同时还浮选出部分谷物颗粒遗存。
2012年，辽宁省文物考古研究所发掘了位于田家沟红山文化墓葬群，出土包括蛇形耳饰在内的一批精美玉器。
这一阶段，由于中华文明起源课题的正式提出和一系列前所未见的重大考古新发现，使得人们对于红山文化的总体认知水平出现了全面的提升。
关于红山文化的谱系、类型和发展序列，依然是本阶段进一步深入讨论的热点问题。
１９８５年１０月，苏秉琦先生认为辽西地区的兴隆洼文化、赵宝沟文化和红山文化属于同一区系的不同类型，因称“红山诸文化”。就红山文化而言，已经发掘的阜新胡头沟、喀左东山嘴以及建平、凌源交界的牛河梁等红山文化遗址与赤峰附近同类文化有着明显的差异，它们代表了红山文化的两支：一支以老哈河流城为中心，一支以大凌河流域为中心。
１９８６年，高美璇先生和李恭笃先生把赤峰境内以红山后、西水泉、四棱山三个遗址为代表的遗存概括为“红山后类型”，把朝阳境内以东山嘴、城子山、胡头沟三个遗址为代表的遗存概括为“城子山类型”，同时指出这两个地方类型分别代表着红山文化发展的早晚两个阶段。
１９８８年，李恭笃先生又曾提出四棱山、红山后、城子山和山神庙四个地方类型的说法。现在看来，所谓“山神庙类型”，应是早于红山文化的遗存，因此已经显得不合时宜。
２０１１年，索秀芬和李少兵先生根据地域分布，把红山文化概括为那斯台和牛河梁南北两个地方类型。
２０１２年，赵宾福先生则据陶器之间的共存关系和形态比较，把红山文化自早至晚重新划分为三个大的发展阶段。认为第一阶段年代与中原地区的半坡文化晚期和后冈一期文化相当，约为公元前４５００年至公元前４０００年；第二阶段年代与中原地区的庙底沟文化相当，约为公元前４０００年至公元前３５００年；第三阶段年代与河套地区的庙子沟文化相当，约为公元前３５００年至公元前３０００年。
随着中华文明探源工程系列研究成果的取得，中国早在距今５０００年前就已经进入初级国家文明阶段、红山文化代表了中华５０００年文明的观点，遂渐成共识。
红山文化是整个东北地区新石器时代晚期最重要的一种考古学文化。由于２０世纪８０年代辽宁省朝阳市喀左东山嘴祭坛和建平牛河梁坛庙冢的发现，学术界认识到，红山文化在见证中华五千年国家文明起源和形成过程中，具有举足轻重、不可替代的重要地位。