1、省级农业主管部门受理辖区肥料生产企业肥料登记申请，对企业生产条件进行考核，提出初审意见。
3、农业部肥料登记评审委员会秘书处根据有关规定对申请资料进行技术审查并组织开展产品质量检测和安全性评价试验。产品质量检测或安全性评价试验结果不符合要求的，申请人自收到农业部肥料登记评审委员会秘书处书面通知之日起15日内，可提出一次复检申请。
4、农业部肥料登记评审委员会进行评审。
5、农业部种植业管理司根据有关规定及技术审查和评审意见提出审批方案，按程序报签后办理批件。
申请肥料正式登记证办理程序：
2、农业部肥料登记评审委员会根据有关规定对申请资料进行技术评审。
3、农业部种植业管理司根据有关规定及评审意见提出审批方案，报经种植业管理司司长（受部长委托）审批后办理批件。
划重点
在新修订的《肥料登记管理办法》下，办理流程与过去一个较大的不同是，现在向农业部行政审批办公大厅肥料窗口递交材料中包括了肥料样品，申请资料齐全符合法定形式且肥料样品符合要求的才予以受理。
二、肥料续展登记
1、农业部行政审批办公大厅肥料窗口审查申请人递交的申请材料,材料齐全符合法定形式的予以受理。
2、农业部肥料登记评审委员会秘书处根据有关规定进行技术审查。
3、技术审查发现安全性、有效性出现隐患或者风险的，提交农业部肥料登记评审委员会评审。
4、农业部种植业管理司根据肥料登记评审委员会秘书处技术审查意见或者肥料登记评审委员会评审意见提出审批方案，按程序报签后办理批件。
三、肥料变更登记
肥料登记常见问题
1.审核结果如何查询？审核通过之后什么时候发证？
2.如何在网上查询有效肥料登记证件？
答：中华人民共和国农业部官网——>种植业司——>有效肥料登记发布。
3.如何了解登记肥料审批标准及网上注册流程？
答：农业部官网下载中华人民共和国农业部公告第2287号和第2291号。
4.企业生产地址变更如何办理？
答：生产地址变更不属于变更登记，企业可主动告知省级农业行政主管部门，农业行政主管部门予以考察，按照首次考核程序执行。
5.肥料登记证已过有效期，是否可以继续办理？
答：肥料登记证有效期满没有提出续展申请的，视为撤销登记。登记证有效期满后提出续展登记申请的，应重新办理登记。
6.肥料登记证在有限期内能否申请变更技术指标？
答：经登记的肥料产品，在登记证有效期内改变使用范围、商品名称、企业名称的，应申请变更登记；改变成分、剂型的，应重新申请登记。
常见错误示例
如果办理不成功，有可能是这些原因导致的：
1.肥料登记未提交省级农业行政主管部门初审意见表原件；未提交肥料生产企业考核表原件。
2.营业执照已过有效期；营业执照的经营范围未涵盖申证产品的生产和销售。
3.小区试验数据统计学分析不符合登记要求；小区试验处理设计不符合登记要求；小区试验供试肥料技术指标与产品登记技术指标不符。
4.国外及港、澳、台地区企业生产销售证明文件未明确包含申证产品；外文资料未进行全文翻译（包括印章）；国外及港、澳、台地区企业提交的公司注册证明、生产和销售许可等文件未经过中国驻国外及港、澳、台地区企业所在国使领馆认证（原件）。国外及港、澳、台地区企业提交的公司注册证明、肥料登记证等文件的翻译件未经过第三方机构公证。
5.标签上未明示产品通用名称、执行标准、产品形态（粉剂/水剂/颗粒）、有毒有害限量指标、适宜作物、技术指标、单一（大量、中量、微量）元素的具体种类及含量、有效期。
6.肥料产品登记申请单一个流水号申请多个产品登记。
7.申请微生物肥料产品登记所填写的微生物指标应具体到有效菌种名称，并附有对应的拉丁文。