1、索取申请资料（包括申请表、调查表、必须材料清单等）；
2、填写并递交申请资料；
3、签署检查认证协议；
4、交纳申请和检查费用、颁证费用；
5、实地检查；
6、报告编写；
7、审核（报告与材料）；
8、颁发证书，同时领取国家有机认证标志；
9、办理销售证书。
根据国家有机产品标准规定，一年生作物的转换期一般不少于24个月，多年生作物的转换期一般不少于36个月，转换期内必须按照国家有机产品标准的要求进行管理。有机转换期内生产的产品不能使用有机产品标志。此条仅适用于动植物、微生物产品的生产。食品加工企业有机认证没有转换期。
一般而言，一个检查单元（如一个农场或一个加工厂产品单元）有机认证费用在1.3-1.8万元人民币左右（最小规模）。
1、中国质量认证中心
2、新世纪检验认证股份有限公司
3、方圆标志认证集团有限公司
4、广东中鉴认证有限责任公司
5、浙江公信认证有限公司
6、中食恒信（北京）质量认证中心有限公司
7、北京中安质环认证中心
8、黑龙江省农产品质量认证中心
9、中环联合（北京）认证中心有限公司
10、北京五洲恒通认证有限公司
11、北京中绿华夏有机食品认证中心
12、辽宁方园有机食品认证有限公司
13、辽宁辽环有机食品认证中心
14、北京五岳华夏管理技术中心
15、新疆生产建设兵团环境保护科学研究所
16、西北农林科技大学认证中心
17、南京国环有机产品认证中心(同时还可开展出口有机产品认证)
18、北京东方嘉禾认证有限责任公司
19、杭州中农质量认证中心
20、北京爱科赛尔认证中心有限公司（同时还可开展出口有机产品认证)
21、南京英目认证有限公司（仅限出口有机产品认证）
22、北京中合金诺认证中心有限公司
23、上海色瑞斯认证有限公司（仅限出口有机产品认证）
1)及时缴纳有机认证协议中规定的申请费和检查费、颁证费；
3)认证材料的准备。将质量跟踪文件（有机生产/加工质量手册、有机生产/加工操作规程）和质量跟踪记录（生产/加工记录）等材料分门别类地整理成册，以备检查。在接受认证机构检查前农场或加工厂应在内部先行进行自检，并完成内审报告；
5)现场的准备。对将受检查的现场和设施（农田、畜禽、水源、设备、建筑物、加工车间、仓库、运输工具等）进行检查，确保一切均处于受控状态。并要求在认证机构检查员（组）进行现场检查时必须有一线生产操作者在场，以便检查员能够与其进行充分交流，以获得客观、真实的信息、事实及证据；
有机食品是指来自有机农业生产体系，根据有机农业生产要求和相应标准生产加工，并且通过合法的有机食品认证机构认证的农副产品及其加工品。
有机食品是通过不施用人工合成的化学物质为手段，利用一系列可持续发展的农业技术，减少生产过程对环境和产品的污染，并在生产中建立一套人与自然和谐的生态系统，以促进生物多样性和资源的可持续利用。有机食品标志采用人手和叶片为创意元素。我们可以感觉到两种景象其一是一只手向上持着一片绿叶，寓意人类对自然和生命的渴望；其二是两只手一上一下握在一起，将绿叶拟人化为自然的手，寓意人类的生存离不开大自然的呵护，人与自然需要和谐美好的生存关系。有机食品概念的提出正是这种理念的实际应用。人类的食物从自然中获取，人类的活动应尊重自然的规律，这样才能创造一个良好的可持续的发展空间。
绿色食品是通过产前、产中、产后的全程技术标准和环境、产品一体化的跟踪监测，严格限制化学物质的使用，保障食品和环境的安全，促进可持续发展。并采用证明商标的管理方式，规范市场秩序。绿色食品标志是由中国绿色食品发展中心在国家工商行政管理局商标局正式注册的质量证明商标。用以标识安全、优质的绿色食品。绿色食品标志由三部分构成，即上方的太阳、下方的叶片和中心的蓓蕾。标志为正圆形，意为保护。整个图形描绘了一幅明媚阳光照耀下的和谐生机，告诉人们绿色食品正是出自纯净、良好生态环境的安全无污染食品，能给人们带来蓬勃的生命力。绿色食品标志还提醒人们要保护环境，通过改善人与环境的关系，创造自然界新的和谐。
绿色食品分A级绿色食品和AA级绿色食品二种。A级绿色食品，系指在生态环境质量符合规定标准的产地、生产过程中允许限量使用限定的化学合成物质，按特定的生产操作规程生产、加工、产品质量及包装经检测、检查符合特定标准，并经专门机构认定，许可使用A级绿色食品标志的产品。AA级绿色食品（等同有机食品），系指在生态环境质量符合规定标准的产地，生产过程中不使用任何有害化学合成物质，按特定的生产操作规程生产、加工、产品质量及包装经检测、检查符合特定标准，并经专门机构认定，许可使用AA级绿色食品标志的产品。
有机食品、绿色食品、无公害食品的不同点
发源地不同。有机食品和有机农业的发源地是欧洲，绿色食品起源于中国，无公害食品主要起源于中国，“无公害”一词从国外引入。
标识不同。有机食品在不同的国家、不同的认证机构其标识不相同。绿色食品标识是唯一的。无公害食品的标识在不同的认证机构有不同的标识。
认证机构不同。绿色食品的认证由中国绿色食品发展中心负责全国绿色食品的统一认证和最终认证审批，各省、市、区绿色食品办公室协助认证。有机食品的认证一是由国家环境保护总局有机食品发展中心进行综合认证；二是由中国农科院茶叶研究所有机茶研究与发展中心认证有机茶；三是一些国外有机食品的认证机构在中国开展有机食品的认证。无公害食品的认证机构较多，只有在国家工商行政管理局商标局正式注册标识商标，或颁布的省级法规，其认证才有法律效应。
认证方式不同。有机食品的认证实行检查员制度，绿色食品的认证以检测认证为主，无公害食品的认证以检查认证为主，检测认证为辅。
标准不同，分级不同。无公害食品、绿色食品和有机食品的标准各不相同，但总的可以分为三个档次，即无公害食品是基本档次，A级绿色食品是第二档次，AA级绿色食品和有机食品为最高档次。