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本文作者：秦燕
2019年4月1日起，增值税税率进一步调整，农产品适用税率调整为9%。纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率同步调整为9%。考虑到农产品深加工行业的特殊性，《财政部税务总局海关总署关于增值税改革有关政策的公告》（财政部、国家税务总局、海关总署公告2019年第39号，以下简称39号公告）规定，纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即对农产品深加工给予1%的加计扣除。
加计扣除涉及三个文件
农产品进项税额加计扣除，最早出现于2017年，涉及三个文件，经历两次调整。《财政部、国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定，自2017年7月1日起，简并增值税税率结构，取消13%的增值税税率。纳税人销售或者进口农产品（含粮食）税率调整为11%。同时规定，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变，保持13%的扣除率，即按当时农产品适用的11%税率加上2%的加计扣除率。自2018年5月1日起，《财政部、国家税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）将原适用11%扣除率的购进农产品，扣除率调整为10%。对纳税人购进用于生产销售或委托加工16%税率货物的农产品，给予2%的加计扣除，即按照12%的扣除率计算进项税额。自2019年4月1日起，39号公告将农产品税率进一步调整为9%，同时将加计扣除率调整为1%。
加计扣除的适用范围
农产品进项税额加计扣除，是专属于农产品深加工行业的特殊规定，即10%扣除率仅限于纳税人生产或者委托加工13%税率货物所购进的农产品。实务中需把握以下三点。
（一）纳入核定扣除的农产品不适用加计扣除政策。以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油等纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围的增值税一般纳税人，仍按《财政部、国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）、《财政部、国家税务总局关于扩大农产品增值税进项税额核定扣除试点行业范围的通知》（财税〔2013〕57号）执行。适用核定扣除政策的纳税人购进的农产品，扣除率为销售货物的适用税率。
（二）加计扣除政策仅针对纳税人购入农业生产者自产自销、适用免征增值税政策的农产品。纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。
（三）准确区分用于深加工及其他业务的农产品。纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，不得计算加计扣除，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
抵扣凭证及进项税额确定
农产品加计扣除是基于其进项税额计算而得。农产品进项税额依据扣除凭证不同，其进项税额的确定也有所不同，主要包括以下三种类型。
（一）取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
（二）取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。需要注意的是，不论收购或销售发票，必须是农业生产者销售自产农产品适用免税政策开具的普通发票。取得批发零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票，不得计算抵扣进项税额。
（三）从按简易计税方法依3%征收率缴纳增值税的小规模纳税人处取得的增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。这里强调取得的必须是专票，如果取得小规模纳税人开具的增值税普通发票，不得计算抵扣进项税额。
加计时点及纳税申报
农产品加计扣除属于进项税额的一部分，与纳税人本期申报抵扣的其他进项税额同在增值税纳税申报表主表第12栏反映，但其申报时点及在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（以下简称《附列资料（二）》）的填报，却有其特别规定。与2017年简并增值税税率结构“四并三”改革时一样，纳税人在购进农产品时，应按照农产品抵扣的一般规定，依9%的税率计算抵扣进项税额。根据进项税额抵扣凭证的不同，分别《附列资料（二）》的第2、3、5、6栏次。在领用农产品环节，如果农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，则再加计1%进项税额。比如，5月份购进一批农产品，购进时按照9%计算抵扣进项税额；6月份生产领用时，确定用于生产13%税率货物，则在6月份再加计1%进项税额。
《附列资料（二）》填报时需注意以下三个问题：
（一）纳税人将购进的农产品用于生产销售或委托受托加工13%税率货物时加计扣除的农产品进项税额，填报在第8a栏“加计扣除农产品进项税额”。该栏只需按规定计算填列“税额”，与执行核定扣除办法的农产品增值税进项税额填报方法相同，均不填写“份数”“金额”。
（二）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”填报的内容包括两部分。一是纳税人本期购进农业生产者自产农产品取得（开具）的农产品收购发票或者销售发票，“税额”栏按“农产品销售发票或者收购发票上注明的农产品买价×9%”计算填报。二是从小规模纳税人处购进农产品时取得的增值税专用发票，税额按“增值税专用发票上注明的金额×9%”计算填列。但如果从小规模纳税人处购进农产品未分别核算用于生产销售13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，按3%的征收率在第1至3栏中填报。
（三）第3栏“前期认证相符且本期申报抵扣”主要由辅导期纳税人填报。非辅导期纳税人必须在认证通过，或在增值税发票选择确认平台选择确认的次月申报期内，申报抵扣进项税额，填报在第2栏“其中：本期认证相符且本期申报抵扣”。此外，本栏还可填报纳税人本期申报抵扣的收费公路通行费增值税电子普通发票。
应用举例
某食品有限公司是增值税一般纳税人，加工生产各类水果罐头，适用增值税税率为13%。2019年5月，从一般纳税人处购入黄桃100吨，含税单价8720元/吨，取得增值税专用发票，发票上注明税款为72000元，并于发票取得当月通过增值税发票选择确认平台勾选认证。从农户处收购桔子50吨，单价3000元/吨，按规定开具农产品收购发票。从小规模纳税人处购入菠萝80吨，含税单价4120元/吨，取得税务机关代开的增值税专用发票，全部用于生产水果罐头。6月份生产领用80吨黄桃、50吨桔子和70吨菠萝。为便于讨论，假设无其他业务发生。
原材料购入时，按规定确认原材料价值及对应的进项税额。5月购入黄桃的进项税额为72000元，购入菠萝的进项税额28800元（4120×80÷（1+3%）×9%），填入《附列资料（二）》第2栏；收购桔子的进项税额为13500元（3000×50×9%），填入《附列资料（二）》第6栏。具体会计处理如下：
借：原材料——黄桃
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
借：原材料——桔子
贷：现金
借：原材料——菠萝
生产领用时，按规定计算农产品进项税额加计扣除。6月生产领用80吨黄桃，可加计扣除6400元（800000×80÷100×1%）；50吨桔子可加计扣除1500元（150000×1%）；70吨菠萝可加计扣除2800元（329600÷（1+3%）×70÷80×1%）。6月份该公司农产品进项税额可加计扣除10700元（6400+1500+2800），填入《附列资料（二）》第8a栏。具体会计处理如下：