农产品收购发票与销售发票票面都是农业生产者销售自产农产品，区别在于收购发票是买方开具，发票左上角打印“收购”两字。
（二）不得抵扣进项税额的凭证
1、批发、零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票
（1）免征蔬菜（财税〔2011〕137号）
（2）部分免税鲜活肉蛋产品（财税〔2012〕75号）
二、各类抵扣凭证进项税额计算
(一）农产品收购发票或者销售发票
1、一般情况
取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
例1.某企业向农民收购自产牛尾用于生产牛毛（9%税率），开具农产品收购发票，金额98784元，则总的可以抵扣的进项税额为98784×9%=8890.56元。
2、可加计扣除时
纳税人购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例2.某企业向农业合作社收购牛尾生产洗净毛（13%税率），取得农产品销售发票，金额98784元，则总的可以抵扣的进项税额为98784×10%=9878.40元。本月全部领用。
（1）采购时：
借：原材料—牛尾89893.44
应交税费—应交增值税（进项税额）8890.56
贷：应付帐款98784
（2）领用时加计扣除：
公式：加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按票面税率（扣除率）抵扣税额÷票面税率（扣除率）×1%。=8890.56÷9%×1%=987.84
应交税费—应交增值税（进项税额）987.84
贷：原材料89893.44
3、未分别核算时
纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
(二）增值税专用发票海关进口增值税专用缴款书
（1）一般情况
取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；
例3.某企业2019年5月向一般纳税人收购牛尾用于生产牛毛（9%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，税率9%，增值税额90，价税合计1090元，则可以抵扣的进项税额90元。当月全部领用。
采购时：
借：原材料—牛尾1000
应交税费—应交增值税（进项税额）90
贷：应付帐款1090
领用时：
贷：原材料—牛尾1000
（2）可加计扣除时
例4.某企业向一般纳税人收购牛尾用于生产洗净毛（13%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，税率9%，税额90元，价税合计1090元，则可以抵扣的进项税额100元。当月领用一半原材料。
领用时：加计扣除农产品进项税额=90×1/2÷9%×1%=5元
借：生产成本495
应交税费—应交增值税（进项税额）5
贷：原材料500
2、从小规模纳税人处购入
（1）一般情形
从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
例5.某企业2019年6月向小规模纳税人收购牛尾用于生产牛毛（9%税率），取得其向税务机关代开的增值税专用发票，票面金额1000，征收率3%，税额30，价税合计1030元，则总可以抵扣的进项税额90元。当月领用一半原材料。
借：原材料—牛尾940
贷：应付帐款1030
借：生产成本470
贷：原材料470
例6.某企业向小规模纳税人收购牛尾用于生产洗净毛（13%税率），取得其向税务机关代开的增值税专用发票，票面金额1000，征收率3%，税额30，价税合计1030元，则总的可以抵扣的进项税额100元。当月领用一半原材料。
借：生产成本465
纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
（三）加计抵减政策
生活服务业纳税人同时兼营农产品深加工，可以同时适用农产品加计扣除以及加计抵减政策。
按照《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）的规定，提供生活服务的销售额占全部销售额的比重超过50%的纳税人，可以适用加计抵减政策。该纳税人如果同时兼营农产品深加工业务，其购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，可按照10%扣除率计算进项税额，并可同时适用加计抵减政策。
解析：由于农产品用于深加工，进项税额允许按照10%扣除率计算抵扣1000元。其他允许抵扣的进项税额2000元。甲公司可以计算加计抵减的进项税额基数是3000元，允许加计抵减应纳税额300元。
某一般纳税人2019年6月，从一般纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票1份，票面金额10000元，税额900元；从小规模纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票1份注明金额10000元，税额300元；从农民处收购免税农产品20000元，开具农产品收购发票1份，后领用10000元农产品用于生产13%税率的货物，已按照规定分别核算。假设增值税专用发票已通过增值税发票选择确认平台选择用于抵扣的增值税专用发票。
（一）解析
1、从一般纳税人处取得专用发票，以增值税专用发票上注明的增值税额900元为进项税额；
2、从小规模纳税人取得专用发票，以增值税专用发票上注明的金额10000元和9%的扣除率计算进项税额为900元；
3、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品，用于生产销售13%税率货物，按照10%的扣除率计算进项税额（其中1%于实际领用时加计扣除）20000×9%+10000×1%=1900元。
可抵扣进项税额=10000×9%+10000×9%+20000×9%+10000×1%=3700元。
（二）增值税申报表填写
(一）第1栏“（一）认证相符的增值税专用发票”是2，3栏的合计数，第2栏“本期认证相符且本期申报抵扣”,份数填写1份，税额填写900元，
（二）第4栏“（二）其他扣税凭证”，是5，6，7，8a,8b栏的合计数。
（三）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”，注意从小规模纳税人处购进农产品时取得增值税专用发票情况也填写在本栏，但购进农产品未分别核算用于生产销售13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额情况除外。“税额”栏＝农产品销售发票或者收购发票上注明的农产品买价×9%+从小规模纳税人处购进农产品取得增值税专用发票上注明的金额×9%，填写2700元，份数填写2份。执行农产品增值税进项税额核定扣除办法的，填写当期允许抵扣的农产品增值税进项税额，不填写“份数”“金额”。
（四）第8a栏“加计扣除农产品进项税额”：填写纳税人将购进的农产品用于生产销售或委托受托加工13%税率货物时加计扣除的农产品进项税额。该栏不填写“份数”“金额”。税额栏填写100元。
（五）第12栏“当期申报抵扣进项税额合计”填写合计抵扣进项