1、小规模纳税人3%的普票。普票不能作为增值税进项税抵扣，入账时，增值税额与货款一并计入初始入库成本。
2、简易计税3%增值税专票。以发票记载货款金额为基础，按9%税率进行抵扣。
3、一般纳税人13%的专票。按发票记载的增值税税额作为增值税进项税额扣除。
4、农产品收购发票。以收购价格作为基数，按9%税率作为进项税扣除。
5、农贸市场免税发票。农贸市场的免税发票，发票记载增值税税额为零，无法作为进项税进行扣除。
情形一：小规模纳税人开具普票（税率3%）
例1：甲企业是一般纳税人，以销售、加工农产品为主业，2023年8月从农产品经销商（小规模）处购买农产品，取得了一张3%的增值税普通发票，货款1万，增值税款0.03万。农产品已经入库，款项已经支付。甲公司分录如下：
借：原材料—XX产品10300
贷：银行存款10300
说明：实际农产品的账务处理中，开具普票对于收货方税款损失极大，基本不会有小规模纳税人开具普票，售卖农产品。
情形二：小规模纳税人开具增值税专用发票（税率3%）
计算进项税=价税合计（发票价格）÷（1+3%）×9%
法律依据：《财政部国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条规定，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
例2：甲企业是一般纳税人，以销售、加工农产品为主业，2023年8月从农产品经销商（小规模）处购买农产品，取得了一张3%的增值税专用发票，货款1万，增值税款0.03万。农产品已经入库，款项已经支付。甲公司账务处理如下：
1、计算本次购买进项税
进项税额=10300÷（1+3%）×9%=900元
2、会计分录
借：原材料—xx9400（1030-900）
应交税费-应交增值税-进项税额900
情形三：获得一般纳税人增值税专用发票
例3：甲企业是一般纳税人，2023年8月份从乙企业（一般纳税人）购买非免税农产品，货款10万，增值税款1.3万。农产品已经入库，款项已经支付。甲公司账务处理如下：
借：原材料100000
应交税费-应交增值税-进项税额13000
贷：银行存款113000
情形四：开具农产品收购发票
例4：甲企业是一般纳税人，2023年8月2号份从自然人购买农产品，支付货款10万，当日去当地税务机关开具农产品收购发票。农产品已经入库，款项已经支付。甲公司账务处理如下：
1、计算进项税
进项税=收购价×9%=10万×9=9000
借：原材料91000
应交税费-应交增值税-进项税额9000
贷：银行存款100000
情形五：农贸市场开具的免税发票
例5:乙餐饮企业，为一般纳税人。8月份从农贸市场处进货货款10万，农贸市场对其开具免增值税发票，乙餐饮企业该笔业务的账务处理。
借：原材料10万
贷：银行存款10万
说明：免税增值税发票，由于没有增值税，只能作为企业所得税的税前扣除凭证，对增值税税费减少无作用。
直接销售与不构成货物实体的增值税计算
1、直接销售农产品
直接销售农产品的进项税扣除，按照销量来，通过差额法来计算可抵扣额度。计算公式如下：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×扣除率
例6：甲企业以销售农产品为主业，销售农产品适用9%税率。7月份收购农产品8吨，共价款10万，销售农产品4吨，价款15万。7月初无库存，产品损耗率20%。计算甲企业7月份应交增值税额。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=4÷（1-20%）×（100000÷8）×9%=5625
当期销项税额=15×9%=13500
当期应交增值税=当期销项税—当期允许抵扣农产品增值税进项税额=13500-5625=7,875
2、农产品不构成货物实体的加工企业
农产品加工后，生产出的商品，农产品并不构成新产品的实体。其农产品需要按消耗量来确认可抵扣增值税金额，计算公式：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1+扣除率）
农业及农产品税收优惠政策
农产品出口业务的六个税务风险点
（一）虚开进项农产品发票
我们此处所说的农产品增值税发票，既包括农产品收购发票，也包括农产品增值税专用发票。在前述案例中，两种发票均有涉及。
对于生产型出口企业，引发虚开风险的主要情形是农户身份无法对应，收购发票被认定虚开；对于外贸型出口企业，其自身从供货企业取得的农产品增值税专用发票涉嫌虚开，或者供货企业涉嫌虚开了农产品收购发票，都会使其陷入虚开的风险当中。
（二）出口价格偏高涉嫌骗税
实际上，出口农产品种类繁多，价格也千差万别，即便是同一种类的产品，在原材料、质量、规格等不一样的情况下，价格自然也不一样，因此出口价格是否偏高，需要充分的证据证明；另外，高报出口价格与骗取出口退税之间并不存在必然关系，出口退税的依据为企业实际承担的进项税额，如果出现高报出口价格的情况但案件并无虚开发票情形，则不能说明行为人在客观上实施了骗税行为，也不能表明行为人具有骗税的主观故意。
（三）货物品名申报错误涉嫌骗税
实践中，低值高报除表现为高报价格外，还可能表现为错误申报货物品名，适用更高的退税率，这同样会引发骗取出口退税的风险。原因在于，不同品名的货物出口退税率有高有低，甚至会出现申报此品名退税，申报彼品名就不退税的情况。例如，如果香菇申报品名为“鲜或冷的香菇”，退税率为0，而如果申报品名为“蒸煮的冷冻的香菇”，退税率则为5%。
在实践中，如果出口企业申报货物品名最终被海关认定为归类错误时，不同案件的处理结果会因发生原因的不同而有所不同：有的以“归类差错”，作补税处理；有的以“申报不实”，予以行政处罚；有的则会被认定为骗税，以骗税追究行政、刑事责任。
（四）隐瞒内销收入涉嫌偷税
在农产品领域，生产型出口企业往往既从事出口业务，也从事境内销售业务。对于这样的出口企业，其申报出口货物应退税款的正确计算，依赖于严格划分外销业务和内销业务，特别是正确匹配内外销货物的进项税额。
如果出口企业存在农产品的内销，但却隐匿内销收入，并通过借货、买单（将他人出口的无须退税或不能退税的农产品伪装成自营出口农产品）等行为，将隐瞒内销收入的货物所对应的进项税额转嫁给出口货物，则可以多取得出口退税款，达到骗取国家出口退税的目的。此时，出口企业不仅会因假报出口骗取退税款面临骗税的行政、刑事法律风险，还会因隐瞒内销收入的行为，面临定性偷税甚至构成逃税罪的税务风险。
（五）单证备案违规无法退税
出口退税备案单证是出口企业在出口业务流程的关键环节形成的凭证，是企业向税务机关证明其业务真实性、还原货物流的重要资料。备案单证在向税务机关申报出口退税时不需要提供，但必须按规定留存企业备查。税务机关在日常检查、调查评估、函调时会进行调阅，出口企业未按规定留存备案单证、备案单证不齐、虚假的，虽然不会影响当下退税款的取得，但是会给企业日后的经营埋下隐患。
（六）收汇不及时被追缴退税款
包括农产品在内的出口业务，都不可避免会面临货款拖欠、价格变动、货物损毁等问题。如果外贸企业因这些问题无法及时收汇，则会导致资金风险和税务风险同时产生。
根据国家税务总局公告2013年第30号的规定，一般的出口企业（符合无异常、信誉好等条件）对于申报退税的出口货物，可不提供出口收汇凭证，即可向税务机关申报退税，但是，须在申报期截止之日内收汇。如果因特殊情形（包括国外商品市场行情变动、货物质量问题、自然灾害或战争等不可抗力、进口商破产解散）导致不能足额收汇或不能按时收汇的，在提供有关证明材料并经主管税务机关审核确认后，可视同收汇处理。
如果外贸企业未能按时足额收汇，也不能提供材料证明存在以上特殊情形，外贸企业将无法适用退税政策，已取得的退税款也将被追缴。