根据《财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)规定，严格区分社内自产产品和成员产品、社外农业产品及生产资料的交易，设置健全规范的会计账簿，对成员和非成员的交易和结算区分使用合法的单据发票，保证收入和费用的真实性，准确地反映出应税项目和免税项目、应税收入和免税收入。
二、界定划分增值税管理下的两种模式：小规模纳税人和一般纳税人
农民专业合作社也是以盈利为目的，具有企业的一般特征，但又有自身的特殊性，以农产品及农业服务为主要业务。既然农民专业合作社有企业的一般特征，到底属于一般纳税人还是小规模纳税人，《增值税暂行条例》没有明确规定，合作社应根据实际经营情况划分类型，才能够完整、准确地进行涉税会计核算。下面举例说明一下两种类型的标准：
1.小规模纳税人：年应征增值税销售额(年应税销售额是指纳税人在连续不超过12个月或4个季度的经营期内累计应征增值税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额)≤500万元，适用3%征收率。购进货物不予抵扣进项税额，按照销售额乘以征收率征收。为方便纳税人，以季度为纳税期申报纳税。
小规模纳税人免征增值税政策：根据《财政部税务总局关于明确增值税小规模纳税人免征增值税政策的公告》(财政部税务总局公告2021年第11号)规定，2021年4月1日至2022年12月31日，对月销售额15万元以下(含本数)的增值税小规模纳税人，免征增值税。
小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过15万元(以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过45万元，下同)的，免征增值税。
小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额超过15万元，但扣除本期发生的销售不动产的销售额后未超过15万元的，其销售货物、劳务、服务、无形资产取得的销售额免征增值税。
适用增值税差额征税政策的小规模纳税人，以差额后的销售额确定是否可以享受上述规定的免征增值税政策。举例说明：
【例1】A小规模纳税人2019年1月销售货物4万元，提供服务3万元，销售不动产2万元。合计销售额为9(=4+3+2)万元，未超过15万元免税标准，因此，该纳税人销售货物、服务和不动产取得的销售额9万元，可享受小规模纳税人免税政策。
【例2】A小规模纳税人2019年1月销售货物4万元，提供服务3万元，销售不动产10万元。合计销售额为17(=4+3+10)万元，剔除销售不动产后的销售额为7(=4+3)万元，因此，该纳税人销售货物和服务相对应的销售额7万元可以享受小规模纳税人免税政策，销售不动产10万元应照章纳税。
2.一般纳税人：年应征增值税销售额≥500万元，适用13%、9%、6%三档税率。销售货物可以开具增值税发票，购进货物时，对方如果是农户，农户可以开具增值税普通发票，进行计算抵扣;非农户开具增值税专用发票，进行专票认证抵扣。按价款部分计入成本，税款部分计入“应交税金—应交增值税—进项税额”账户。按销项税额和进项税额的差额纳税，以月为纳税期申报纳税。
三、两种类型涉税会计实务核算
1.1月对外销售非成员的农产品，销售额超过15万元
借：银行存款(应收账款)
164800
贷：经营收入160000
应交税金—应交增值税
4800
2.2月销售额未超过15万元
41200
贷：经营收入40000
应交税费—应交增值税
(减免税额)1200
3.3月销售额未超过15万元
61800
贷：经营收入60000
(减免税额)1800
4.3月末，计算本季度销售收入是否达到免征增值税条件(不超过30万)，如果达到(本例是16万+4万+6万=26万)，将有关应交增值税转入其他收入，会计分录如下：
借：应交税费—应交增值税
—应交增值税(减免税额)
1200
1800
贷：其他收入7800
5.3月末，计算本季度销售收入是否达到免征增值税条件(假设第一个月销售收入21万，第二个月销售收入13万，第三个月销售收入15万，合计销售收入为21万+13万+15万=49万)，将缴纳增值税，会计分录如下：
借：应交税金—应交增值税
14700
贷：银行存款14700
(二)如果合作社经营规模属于一般纳税人，按照购进扣税法核算。对与社外发生的农业产品及生产资料等应税产品及商品的交易结算，应设置“应交税费”会计科目，下设“应交增值税”和“未交增值税”二级科目;在“应交增值税”科目下设置“销项税额、进项税额、进项税额转出、已交税金、减免税款、转出未交增值税、转出多交增值税”等科目。
1.购进物资材料
借：产品物资
—进项税额
贷：银行存款(应付账款)
2.向非成员销售农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机等
贷：经营收入
—销项税额
3.结转进项税额会计分录
借：应交税费
—应交增值税
—转出未交增值税
贷：应交税费
4.结转销项税额会计分录
注：如果转出未交增值税科目余额在借方，进项大于销项，代表留抵，不用再做账;如果转出未交增值税科目余额在贷方，销项大于进项，代表应该缴纳，应做转出未交增值税结转的会计分录。