微生物菌剂对应的标准是《农用微生物菌剂GB20287-2006》，包括农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂两大类产品。农用微生物菌剂的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿/g(mL)≥2.0（颗粒≥1.0）；其中复合菌剂，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g(mL)；以单一的胶质芽胞杆菌（Bacillusmucilaginosus）制成的粉剂产品中有效活菌数不少于1.2亿/g。农用微生物菌剂有杂菌率的要求，液体≤10%，粉剂≤20%，颗粒≤30%。粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%。有机物料腐熟剂的主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿/g(mL)≥0.5，（液体≥1.0）；纤维素酶活（以农作物秸秆类为腐熟对象测定纤维素酶活），U/g（mL）≥30U，蛋白酶活（以畜禽粪便类为腐熟对象测定蛋白酶活），U/g（mL）≥15U。农用微生物菌剂和有机物料腐熟剂的保质期均为6个月（液体剂型的为≥3个月）。
复合微生物肥料对应的标准是《复合微生物肥料NY/T798—2004》。复合微生物肥料是指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。其主要技术指标是：有效活菌数(cfu)，亿/g(mL)≥0.2（液体≥0.5）；含两种以上微生物的复合微生物肥料，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g(mL)。总养分（N+P2O5+K2O），%≥6.0%（液体≥4.0）。这里还有一条，总养分应该不超过25%。虽然标准里没有明确规定，但是管理部门目前是按照这个标准执行。下一版的标准修订后应该会出现相应的数据。复合微生物肥料同样也有杂菌率的要求，液体≤15%，粉剂和颗粒≤30%。粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%。复合微生物肥料的保质期为6个月（液体剂型的为≥3个月）。
综上所述可以看到，官方发布的标准里没有你提到的“微生物有机肥”这一类产品，我理解你的产品归属于《生物有机肥NY884-2012》应该比较合适。《农用微生物菌剂》的菌含量、杂菌率等质量要求是最高的，但是没有有机质的要求。如果你的产品是“生物有机肥”，而一定要执行“农用微生物菌剂”的国家标准，等于是将产品的技术参数提高了10倍；同时，你的原料必须经过高温灭菌才能保证杂菌率达标（一般的有机质中杂菌含量都超标）。
这些都会大幅度增加你的成本。因此，建议执行《生物有机肥NY884-2012》不建议执行《农用微生物菌剂GB20287-2006》。