（1)生物有机肥营养元素齐全;化肥营养元素只有一种或几种。
（2)生物有机肥能够改良土壤;化肥经常使用会造成土壤板结。
（3)生物有机肥能提高产品品质;化肥施用过多导致产品品质低劣。
（4)生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力;化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
（5)生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率;化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
2与精制有机肥相比:
精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。
（1)生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗;精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
（2)生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生;精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
（3)生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生;精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。
（4)生物有机肥养分含量高;精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
（5)生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭;精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
3与农家肥区别：
（1)生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上;农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
（2)生物有机肥无臭;农家肥有恶臭。
（3)生物有机肥施用方便，均匀;农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4与生物菌肥区别：
（1)生物有机肥价格便宜，每吨在800元左右;生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
（2)生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放;生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
（3)生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活;而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
有机肥功效
有机肥俗称农家肥，是指含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质的缓效肥料。有机肥中不仅含有植物必需的大量元素、微量元素，还含有丰富的有机养分，有机肥是最全面的肥料。有机肥在农业生产中的作用主要表现在以下几个方面：
1、改良土壤、培肥地力。有机肥料施入土壤后，有机质能有效地改善土壤理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤的保肥供肥能力和缓冲能力，为作物的生长创造良好的土壤条件。
2、增加产量、提高品质。有机肥料含有丰富的有机物和各种营养元素，为农作物提供营养。有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质。
3、提高肥料的利用率。有机肥含有养分多但相对含量低，释放缓慢，而化肥单位养分含量高，成分少，释放快。两者合理配合施用，相互补充，有机质分解产生的有机酸还能促进土壤和化肥中矿质养分的溶解。有机肥与化肥相互促进，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。