自2012年7月1日起，按照财政部、国家税务总局决定，吴忠市国税局在以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油3个行业的增值税一般纳税人中，开展了农产品增值税进项税额核定扣除试点。2014年10月，又将以购进棉花为主的纺织加工行业增值税一般纳税人纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围。至此，这些行业的增值税一般纳税人不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额，改为按照主管税务机关核定的扣除标准计算抵扣进项税额。
一、农产品增值税进项税额核定扣除试点现状及初步成效
（一）规范了企业开票行为
实行农产品增值税进项税额核定扣除，纳税人取得的农产品扣税凭证多为农业合作社、养殖企业等开具的增值税普通发票，企业自行开具收购发票的情况明显减少，其开票的随意性得到有效遏制，且有效地规范了原始凭证和财务核算，从而提高进项税额计算过程中各项数据指标的准确性，使计算农产品进项税额的依据更加公平合理。
（二）促进企业了依法纳税
实行农产品增值税进项税额核定扣除，改变了实行核定扣除之前纳税人凭票抵扣时，无论有没有销售收入只要取得农产品收购发票就可以计算抵扣进项税额，造成企业往往大量开具收购发票，造成留抵较多的状况。仅2016年吴忠市试点行业纳税人取得的农产品扣税凭证按照13%税率测算的进项税额，较核定扣除时计算的进项税额明显减少，降幅达123%，促进提高了纳税人的税收遵从度。
（三）降低了企业税收负担
实行农产品增值税进项税额核定扣除，较之凭票抵扣方法按照农产品采购金额含税依13%计算进项税额，经换算要多抵扣农产品采购含税总金额的1.53%，从而降低了增值税税负。据测算，吴忠市实际发生核定扣除业务的纳税人，仅2015年7月至2016年12月期间按核定扣除方法较凭票抵扣方法多抵扣增值税进项税额3508万元，占当期实际抵扣全部农产品进项税额的5.7%，有效减轻了试点纳税人的增值税负担。
二、实行增值税进项税额核定扣除需要改进的问题
（一）仍存在通过抬高买价虚增抵扣的可能性
（二）实行统一核定扣除标准对部分企业有失公允
在实施的农产品核定扣除办法中，规定了农产品核定扣除采用投入产出法，并实行全区统一的核定扣除标准。而在实际中，首先由于企业间生产工艺的不同，造成各个企业投入产出比也不尽相同。其次，原材料的品质也决定了投入产出率，以葡萄酒为例，不同年份、不同地区、不同品种、不同气候出产的酿酒葡萄都可以影响到葡萄酒的产出率，这样核定的单耗数量不变，对企业有失公允。
（三）进项税额的计算过程繁琐且不易操作
三、进一步完善核定扣除政策及征管措施的建议
（一）加强辅导和培训，提高税收遵从和政策执行力
（二）加强发票管理，尤其加大收购环节发票管理力度
进项税额的核定涉及农产品的购进单价、购进数量等指标，而现阶段这些数据还是要通过购进农产品发票来反应。因此，税务部门必须高度重视对发票的管理以及扣除标准的审核，要重点审核购进农业产品的品种、产地是否合理，收购农业产品的数量、交易金额与企业经营规模是否相符，收购发票的开票量是否异常等，防止纳税人通过虚增购进材料单价，虚增购货成本等手段达到提高核定扣除标准，最终多计进项税额的情况发生。
（三）加强实地核查，遏制收购企业虚提农产品价格
针对核定扣除行业原材料收购对象多为个体农业生产者、购进环节难以通过规范的工商业链条开展监管的特点，税务人员要加强与企业的联系，收集企业的生产经营状况，对企业的购销动态进行及时有效跟踪。尤其在农产品收购期间，要深入企业，掌握企业收购农产品的品种、出售人、收购价格、日收购数量、运输方式、入库、货款结算、收购凭证开具等方面的具体信息，核实其交易数量、金额和对象的真实性。通过对收购发票的严格审核，有效遏制农产品虚提价格的现象。
（四）加强核定扣除后续管理，防范企业虚开虚抵
实行核定扣除，虽然在一定程度上压缩了涉农行业自开自抵进项税的虚开空间，但是没有从根本上解决这些行业虚开虚抵的问题。因此，税务部门要消除“一核百了”的错误认识，不能一经核定而忽视后续管理。因为在进项方面，虽然核定了产品的投入产出率，但影响进项税额抵扣的还有原料数量和原料价格因素;在销项方面，核定扣除采取“以销控进”的办法，如果销售数量不真实，那么据此核定的进项真实性也就无从谈起。因此，对实行了核定扣除办法的企业，一方面要掌握其原料的市场价格基本情况，另一方面还要通过其产能、用电量、包装物耗材、工资等有效指标分析监控其产量、销量情况，切实跟进后续管理，堵塞税收漏洞。