目前大部分地区使用投入产出法核定农产品增值税进项税额，成本法在逐步被淘汰。纳税人购进农产品根据主要用途不同可分为以下三类，核定方法如下：
（一）用于生产或委托加工货物，且构成产品实体
1、投入产出法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
注：农产品是指列入《农业产品征税范围注释》（财税字〔1995〕52号）的初级农业产品，扣除率为销售货物的适用税率，下同。目的是为了体现增值税对增值额征税的特点，使得最终产品销项计算税率和它的原料的进项计算税率相一致。
案例一：某公司2019年5月1日—5月31日销售10000吨巴士杀菌羊乳，其主营业务成本为6000万元，农产品耗用率为70%，原乳单耗数量为1.06，原乳平均购买单价为4000元/吨。使用投入产出法计算核定的进项税额。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）=10000吨×1.06×0.4×9%/（1＋9%）=385.45万元。
【提示】如果此例换成生产出的产品是酸奶等13%税率的货物，则公式中的扣除率为13%。
案例二：M公司开具农产品收购凭证购进原乳1000万元，采用核定扣除办法。
借：原材料—原乳1000万元
贷：银行存款1000万元
假设2019年4月核定抵扣进项税额50万元：
借：应交税费—应交增值税（进项税额）50万元
贷：原材料—原乳50万元或主营业务成本50万元
依据：财税〔2012〕38号、财政部税务总局海关总署公告2019年第39号
2、成本法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
案例三：某酒厂（一般纳税人）外购粮食生产销售白酒，采用成本法核定增值税进项税额。经税务机关核定的粮食耗用率为80%。2019年6月，企业主营业务成本为150万元。假设不考虑其他副产品。
解：当期允许抵扣粮食增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）=150*0.8*0.13/1.13=13.81万元
依据：财税〔2017〕37号第二条第三项、财税〔2012〕38号
3、参照法
试点纳税人购进农产品生产销售上述产品以外的其他产品，可采取“参照法”，在投产当期增值税纳税申报时向主管国税机关提出申请，参照所属行业或者生产结构相近的其他纳税人的平均水平，确定农产品单耗数量，由主管国税机关据实核定，并报省税务局备案。
（二）购进农产品直接销售
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×9%/（1＋9％），
损耗率＝损耗数量/购进数量
案例四：甲食品企业为增值税一般纳税人，属于农产品增值税进项税额核定扣除试点范围企业。2019年8月期初库存农产品200吨，期初平均买价0.21万元/吨；当月从农民手中购入农产品400吨，每吨含税价格0.24万元，入库前发生挑选整理费用1万元；因企业生产能力下降，当月直接销售外购农产品260吨，取得不含税销售额140万元。已知农产品损耗率为3%，则甲企业当月应纳增值税额为（）万元。
本月加权平均单价=（200*0.21+400*0.24）/600=0.23万元/吨，注意平均购买单价不包括买价之外单独支付的运费和入库前的挑选整理费用。计算可以抵扣的进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价=260/（1-3%）*0.23*9%/（1+9%）=5.09；应纳税额=140*9%-5.09=7.51万元。
1、购进时：
借：原材料960000
贷：应付账款960000
2、直接销售时：
借：应收账款1526000
贷：其他业务收入1400000
应交税费—应交增值税（销项税额）12600
借：其他业务成本565591.60
应交税费—应交增值税（进项税额）50903
贷：原材料616494.60
（三）购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×（10%或9%）/（1+10%或9%)
注：购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的，扣除率为10%；用于生产销售或委托加工初级农产品的，扣除率为9%。
案例五：某粮食加工
厂2019年5月购进原木50000元作为燃料，用于生产胶合板,6月生产年糕销售耗用燃料20000元。
购进时：
借：原材料50000
贷：银行存款50000
生产领用时：
借：主营业务成本20000
贷：原材料20000
核定扣除进项税额=20000/（1+10%）×10%=1818.18元。
借：应交税费—应交增值税（进项税额）1818.18
贷：主营业务成本1818.18
二、免征增值税政策
(一)农业生产者销售的自产农产品免征增值税
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十六条所列免税项目的第一项所称的“农业生产者销售的自产农业产品”，是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品。
对上述单位和个人销售的外购的农业产品，以及单位和个人外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。
（二）对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税
自2012年1月1日起，对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税。
免税蔬菜范围：挑选、清洗、切分、晾晒、包装、脱水、冷藏、冷冻。
各种蔬菜罐头不属于免税蔬菜的范围。
蔬菜罐头是指蔬菜经处理、装罐、密封、杀菌或无菌包装而制成的食品。
纳税人既销售蔬菜又销售其他增值税应税货物的，应分别核算蔬菜和其他增值税应税货物的销售额；未分别核算的，不得享受蔬菜增值税免税政策。
（三）部分鲜活肉蛋产品流通环节免征增值税政策
自2012年10月1日起，对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品流通环节免征增值税。
鲜活肉产品是指猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅及其整块或者分割的鲜肉、冷藏或者冷冻肉，内脏、头、尾、骨、蹄、翅、爪等组织。
鲜活蛋产品是指鸡蛋、鸭蛋、鹅蛋，包括鲜蛋、冷藏蛋以及对其进行破壳分离的蛋液、蛋黄和蛋壳。
从事农产品批发、零售的纳税人，既销售上述部分鲜活肉蛋产品又销售其他增值税应税货物的，应分别核算上述鲜活肉蛋产品和其他增值税应税货物的销售额；未分别核算的，不得享受部分鲜活肉蛋产品增值税免税政策。
（四）农民专业合作社免征增值税政策
自2008年7月1日起,对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、农药、农机免征增值税。
（五）普惠优惠
小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过10万元（以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过30万元，下同）的，免征增值税。
小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额超过10万元，但扣除本期发生的销售不动产的销售额后未超过10万元的，其销售货物、劳务、服务、无形资产取得的销售额免征增值税。
依据：《财政部税务总局关于实施小微企业普惠性税收减免政策的通知》（财税〔2019〕13号）、《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税政策有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第4号），执行期限为2019年1月1日至2021年12月31日。
三、农产品税率调整
（一）适用税率和征收率的调整
适用税率：
2017年7月1日前，13%
2017年7月1日-2018年4月30日，11%
2018年5月1日-2019年3月31日，10%
2019年4月1日后，9%
征收率：3%
（二）农产品扣除率
适用范围：
10%扣除率仅限于纳税人生产或者委托加工13%税率货物所购进的农产品。
适用核定扣除政策的纳税人购进的农产品，扣除率为销售货物的适用税率。
四、收购发票
（一）领用
纳税人向农业生产者个人购买自产农产品，可以向主管税务机关申请领用收购发票。主管税务机关根据纳税人的经营项目和经营规模，对其领用发票的种类、数量、版面金额以及领用方式按规定予以确认。
农业生产者个人，是指从事种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的其他个人。
（二）申请流程
（三）注意事项
对于收购发票连续三个月实际使用数量低于或高于确认领购数量的纳税人，主管税务机关可根据调查后实际情况对其领购使用数量进行重新确认。
（四）发票开具
1.纳税人向农业生产者个人购买自产农产品，开具收购发票；纳税人向农业生产者个人以外的单位和个人购买农产品，应当向对方索取增值税专用发票或普通发票，不得开具收购发票。
2.纳税人通过增值税发票管理新系统，使用增值税普通发票开具收购发票，系统在发票左上角自动打印“收购”字样。
4.收购发票仅限在本市范围内开具。到本市以外收购农产品的，可向销售方索取普通发票，或向主管税务机关申请开具《外出经营活动税收管理证明》后，向收购地税务机关申请领用收购发票。
（五）进项税额抵扣
纳税人购买农产品开具收购发票，按照收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算抵扣进项税额。试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的纳税人，则根据《财政部国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》(财税〔2012〕38号)的规定申报抵扣进项税额。