经国务院批准，财政部、海关总署和国家税务总局印发了《关于对化肥恢复征收增值税政策的通知》，规定自9月1日起，对纳税人销售和进口的化肥，统一按13%税率征收增值税，原有的增值税免税和先征后返政策相应停止执行。
兴业证券最新研究报告认为，恢复增值税中长期有利于化肥行业竞争格局优化。目前我国化肥行业产能过剩局面较为明显，增值税的征收将通过适度提高化肥企业成本,加速淘汰规模小、设备落后、盈利能力差的中小生产企业,同时对行业内部分企业利用原有增值税优惠政策,在原料采购和产品销售过程中实施不规范操作起到更强的约束监管,总体有利于提升化肥行业运行的规范度，进一步优化行业竞争格局。
专家认为，征收增值税对行业长期成本没有明显影响，但在复征起始节点前后，由于缓冲期不确定和企业调整速度快慢不同，对局部市场将产生影响。氮、磷、钾、复合肥中，增值税对钾肥的影响较大。
据《证券日报》记者了解，自1994年以来，国家对国内生产流通和进口的部分化肥品种一直实行免征或者先征后返增值税等优惠政策，在保障化肥供应、稳定农资价格、支持农业生产等方面发挥了积极作用。
“但随着形势的发展变化，上述政策的弊端日益显现。”财政部税政司有关负责人表示，由于化肥价格管制已经全面放开，供求关系已经由供不应求转为产能过剩，且随着营业税改征增值税改革试点的推进，化肥企业的进项税抵扣越来越充分，继续对化肥实行增值税优惠政策的必要性不大。
当前，化肥价格处于相对低位，市场供应充足、竞争充分，为化肥增值税优惠政策的调整提供了有利契机。同时，国家对有机肥仍然在生产流通全环节实行免征增值税政策，有利于鼓励有机肥的生产和使用，优化用肥结构，促进农业可持续发展。此外，由于国家设有农资综合补贴并动态调整等制度安排，即使化肥价格出现一些波动，调整化肥增值税优惠政策对正常的农业生产和农民增收不会产生大的影响。