公告出台后，有关申报表及附列资料的填报说明，对这个问题进行了明确，有利于纠正实务执行中的偏差。根据公告，目前农产品扣税凭证主要分为以下几类：
1、增值税专用发票
——小规模纳税人开具的增值税专用发票。指的是流通环节的小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而委托税务机关代开的专用发票（目前小规模纳税人自开专票还未推及至农产品销售行业，为贯彻农产品进项加计政策，应有推及之需要）。
根据公告，流通环节的小规模纳税人销售农产品的，必须开具专用发票，购买方才能计算抵扣进项税额。
2、海关进口增值税专用缴款书
适用于从境外进口农产品，海关按11%代征增值税的情形。
向农业生产者收购免税农产品，由购买者开具的收购发票，实务中，是通过税控系统开具的注明“收购”字样的增值税普通发票。
4、农产品销售发票
二、关于小规模纳税人开具专票的申报表填列问题
公告较之以前一个大的变化是，流通环节的小规模纳税人销售农产品的，必须开具专用发票，购买方才能计算抵扣进项税额。但如何在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）填列，存在疑惑。
根据《增值税纳税申报表附列资料（二）》填报说明（一），“认证相符的增值税专用发票”不包含从小规模纳税人处购进农产品时取得的专用发票，但购进农产品未分别核算用于生产销售17%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额情况除外。这是否意味着，“未分别核算的”，小规模纳税人开具的专票就需要在“认证相符的增值税专用发票”栏填列？
而根据《增值税纳税申报表附列资料（二）》填报说明（三），“‘农产品收购发票或者销售发票’：反映纳税人本期购进农业生产者自产农产品取得（开具）的农产品销售发票或收购发票及从小规模纳税人处购进农产品时取得增值税专用发票情况。”，根据这一说明，小规模纳税人开具的专票都在“农产品收购发票或者销售发票”栏填列，计算可抵扣税款。
笔者认为，根据公告，取得小规模纳税人开具的专票的，其可计算抵扣的进项税额为：增值税专用发票上注明的金额×11%（如，开具的专票价税合计103元，价款金额100元，税额3元，购买方计算可抵扣进项税额为100*11%=11元）。不论是否符合加计进项的条件，按金额*11%，是其基本抵扣权。
基于此，对于小规模纳税人开具的专票若填列在“认证相符的增值税专用发票”栏，就会使得“认证的进项税额”与实际抵扣的进项税额不一致，“一窗式”比对产生问题，导致申报繁琐。因而，对于小规模纳税人开具的专票应认证后选择“不抵扣”，并统一填列在“农产品收购发票或者销售发票”栏计算可抵扣税额。
三、关于“维持扣除力度不变”
（一）什么是“扣除力度不变”？
修订的增值税申报表，增加了“加计扣除农产品进项税额”，这一栏的计算填列说明，体现了“扣除力度不变”的口径。
二是加计扣除的标准。根据公告解读，加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按11%税率（扣除率）抵扣税额÷11%×（简并税率前的扣除率-11%）。
通过分析，可以发现，按账面原材料成本*2%，在取得的农产品扣税凭证是11%的增值税专用发票、海关进口缴款书时，是能维持扣除力度不变的。但取得的是3%的专票、收购发票和农产品销售发票，则扣除力度大大降低。
如，农业生产单位销售免税农产品10000元，开具销售发票。原可抵扣进项税额10000*13%=1300元。新政策下：
购进时可抵扣进项税额10000*11%=1100元，会计处理为：
借：原材料—X农产品8900元
而根据当期生产领用农产品已按11%税率（扣除率）抵扣税额×（简并税率前的扣除率-11%），应是1100/11%*2%=10000*2%，总体与原10000*13%的扣除力度一致。
取得3%的专票、收购发票道理同上。
我想这就涉及对“用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品进项税额”进行单独核算的问题。
（二）如何单独核算？
财税〔2017〕37号规定，要享受“扣除力度不变”，纳税人“应当分别核算用于生产销售或委托受托加工17%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额”，也即对“用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品进项税额”要进行单独核算。
但如何单独核算呢？财税〔2017〕37号和19号公告都未有具体规定，我想单独核算最终是要满足“准确确定当期生产领用农产品已按11%税率（扣除率）抵扣税额”之需要。
因此，单独核算至少应达到以下要求：
2、要列入上述科目核算，必须同时符合以下条件：一是购入时确定用途为“用于生产销售或委托受托加工17%税率货物”，二是取得合法的农产品扣税凭证（增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或者销售发票）。
以上述核算为基础，我们试着按常用的加权平均法来计算以下“当期生产领用农产品已按11%税率（扣除率）抵扣税额”：
当期生产领用已抵扣税额=当期生产领用数量/（期初库存数量+本期购进数量）×（期初库存已抵扣税额+本期购进已抵扣税额）
期末库存已抵扣税额=期初库存已抵扣税额+本期购进已抵扣税额-当期生产领用已抵扣税额