无需处理的农产品发票
如您取得以下发票，请直接进入【抵扣类勾选】模块进行勾选。
农产品收购发票
电子发票服务平台开具的自产农产品销售发票
从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票
具体操作流程如下
2.点击【发票勾选确认】→【抵扣类勾选】。
3.进入【抵扣勾选】→【发票】模块，【勾选状态】选择“未勾选”，选择“开票日期(起)”“开票日期(止)”，点击【查询】。
4.选择相应发票后，点击【提交勾选】，根据提示信息核对数据，如无误，点击【确认】，即完成操作。
特殊情形
如您取得的是税务机关代开的农产品发票，需要先进行补录操作，再进行勾选。
1.进入【抵扣勾选】→【发票】→【代开农产品发票录入】模块。
经过上述操作后，即可到【抵扣勾选】→【发票】模块对这些发票进行勾选。
待处理的农产品发票
如您取得以下发票，需要处理后再进行抵扣勾选。
税控系统开具的自产农产品增值税普通发票
从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票
自产农产品销售发票(用税控系统开具的自产农产品增值税普通发票)
1.进入【待处理农产品发票】→【自产农产品销售发票】模块，选择“开票日期(起)”“开票日期(止)”“是否处理”三个查询条件后，点击【查询】。
2.勾选相应发票，并根据实际情况选择“类型”，点击【提交】。
从小规模纳税人处购进的3%农产品专票
1.点击【待处理农产品发票】→【从小规模处购进的3%农产品专票】会提示何种情况下可以使用该功能。
2.关闭提示信息，选择“开票日期(起)”、“开票日期(止)”、“是否处理”三个查询条件后，点击【查询】，根据实际情况选择“类型”，点击【提交】。
经过上述操作，即可到【抵扣勾选】→【发票】模块对这些发票进行勾选。
电子发票服务平台农产品加计扣除勾选
温馨提醒
只有已归类为农产品深加工企业才能使用该模块，且当月归类，次月生效。对于农产品深加工企业，在实际生产领用时，可加计扣除1%。
农产品类的发票
当农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品加计扣除勾选。
2.如可加计扣除，在【是否用于增值税加计扣除】栏次，选择“用于加计”，填写【本次加计扣除税额】，点击【提交勾选】，根据提示信息核对数据，如无误，点击【确认】，即完成操作。
海关缴款书(进口农产品)
2.如可加计扣除，在【是否用于增值税加计扣除】栏次，选择“用于加计”，点击【提交勾选】，即完成操作。