一般纳税人农副产品的进项税额抵扣问题，按照采购渠道的不同以及供应商的身份不同，导致购进的原辅材料进项税额抵扣可分为几种情况。
1.一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣。
2.海关进口增值税专用缴款书。企业购进进口原辅材料的，可以按海关进口增值税专用缴款书注明的税额进行抵扣。
3.向农业生产者购进的自产农产品，可以凭农副产品收购发票或自产农副产品销售发票抵扣进项税额。
企业经常向农业生产者个人购进自产农产品的，可以向主管税务局申请农副产品收购发票，在购进时自行据实开具;或者，可以由农业生产者去税务局申请代开免税销售发票。无论是企业自开的农副产品收购发票，还是税务局代开的免税农产品销售发票，均可以作为进项税额抵扣凭证。
农民专业合作社和农业企业等，销售自产的农产品时，可以开具免税的农副产品销售发票。因此，购进企业向这类农业生产的组织和企业采购农产品，应积极索取合规的发票，以作为进项税额抵扣的凭据。
农副产品收购发票或自产自销农副产品销售发票，可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。
4.小规模纳税人开具增值税专用发票，分两种情况：
(1)生产农业初级产品(税率9%)：以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
比如从小规模纳税人购进农产品并取得增值税专用发票，注明价款金额1000.00元，税额30.00元。该张发票可抵扣的进项税额=1000.00×9%=90.00元，而不是专用发票注明的税额30.00元。
(2)深加工产品(税率13%)：以增值税专用发票上注明的金额和10%的扣除率计算进项税额。
5.不能抵扣进项税额的凭证
(1)流通环节开具免税农产品销售发票
目前可以开具农产品免税发票的情形有六种：
一是农业生产者销售的自产农产品;
二是农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品;
三是采取“公司+农户”经营模式销售畜禽;
四是制种企业在定点生产经营模式下生产销售种子;
五是对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜;
六是从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品。
前四种都属于农业生产者销售自产农产品，取得这四种免税发票，可以按农产品销售发票抵扣进项税额。后两种情形属于流通环节对蔬菜、鲜活肉蛋的免税发票，不能抵扣进项税额。
(2)销售非自产农产品开具的普通发票
小规模纳税人和一般纳税人销售非自产的农产品开具的普通发票，不能作为进项税额抵扣凭证。
将上述涉及到的一般纳税人企业购进农副产品的进项抵扣，总结如下：图-1。
农产品进项税抵扣的四种情形
一般纳税人购买农副产品的进项税额抵扣，按照采购渠道的不同以及供应商的身份不同，导致购进的原辅材料进项税额抵扣可分为四种情况：
一、一般纳税人开具的增值税专用发票，购进企业可以按规定进行抵扣，即可以按照票面注明的税额抵扣。一般来说，从一般纳税人处购进取得增值税专用发票，在购入当期按照9%计算抵扣进项税额。但用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
二、海关进口增值税专用缴款书。纳税人进口农产品，按照9%的税率征收增值税，并且是由海关代收。企业购进进口农产品的，可以按海关进口增值税专用缴款书注明的税额进行抵扣。但纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
三、向农业生产者购进的自产农产品，可以凭农副产品收购发票或自产农副产品销售发票计算抵扣进项税额。
企业经常向农业生产者个人购进自产农产品的，可以向主管税务局申请农副产品收购发票，在购进时自行据实开具;或者可以由农业生产者去税务局申请代开免税销售发票。无论是企业自开的农副产品收购发票，还是税务局代开的免税农产品销售发票，均可以计算进项抵扣进项税。
农民专业合作社和农业企业等，销售自产(农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品视同自产)农产品时，可以开具免税的农副产品销售发票。因此，向这类农业生产组织和企业采购农产品，应积极索取合规的发票，以作为进项税额抵扣的凭据。
四、从小规模纳税人处取得专用发票。根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的，按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定，疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣各地的答疑口径是不同的，纳税人执行的很混乱。国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。
例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10+0.3-0.9=9.4万元。
注意：一是纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。二是纳税人购进农产品，在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。如果购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，则在生产领用当期，再加计抵扣1个百分点。
2008年9月的解答——
增值税一般纳税人向小规模纳税人购买农产品应如何确定进项税抵扣率