我国经济在多年的改革之后，已由计划经济转向了市场经济，种子工作遇到了前所未有的挑战。种子工作面临的诸多问题，形势的发展不允许种子行业按部就班的进行理顺、改良，必须果断的作出痛苦的抉择。否则会在不远的将来被市场淘汰。（农博种业）
我国现在的种子企业面临的第一个问题是改革不彻底。县级以上种子公司虽然多数在形式上进行了改制，但无论在体制上还是在思想上仍未从旧体制中解放出来，各级种子公司与农业管理部门长期保持隶属关系，掌门人仍有农业行政部门指定，享受着某某级待遇。这样一来，其结果是公司主要负责人频频更换，只顾眼前利益。至于品牌、占领市场只在嘴上讲讲。把心思全用在了依靠国家扶持农民政策要项目和依靠层层关系搞地方暗中保护上，没有把心思放在市场竞争上。（农博种业）
第二个问题是资金困难。我国各级种子公司面临的一个共同问题是流动资金不足，存在着贷款难、还贷难的局面。在经营中只能依赖职工集资，小打小闹。或者以不负责任手段和繁育种子的农民打交道，结果是路子越走越窄。遇上种子行情好的年份也会因资金信誉问题眼巴巴的看着别人挣钱。（农博种业）
第三个问题是没有自己的知识产权。过去各级种子部门都是无偿使用科研部门育出的新品种。自1997年我国颁布了《植物新品种保护条例》以来，各育种单位新育成的品种都纷纷保护。由于资金和经营范围所限，县级种子公司很少能够买到品种使用权，那么可卖的种子的种类越来越少，经济效益也越来越差。（农博种业）
第四是市场管理尚不完善。虽然《植物新品种保护条例》已经实施了10年，《种子法》已经实施了6年，但由于种种原因，这些法规主要对所谓的中大型种子公司起到约束作用，对于多如牛毛的个体种子经营者约束力很小。这种现象可能还要持续几年，但随着市场的规范，这种现象不会存存多久。（农博种业）
第五个问题是市场竞争越来越激烈。自2000年颁布了《种子法》，实行种子生产经营许可制度以来，特别是加~．wTo，民间资本纷纷投入种子行业，外资已参入竞争。目前中国国内有近万家有执照的种子企业，但拥有种子进出口许可证的企业不足百家，这从另一个方面说明绝大多数种子公司规模较小，竞争力较弱。以国有股为主体的各级种子公司面临着前所未有的国内国外双重竞争压力。（农博种业）
3、种子行业的机遇
在看到我国种子行业面临着巨大挑战的同时，也应该看到种子行业赶上千载难逢的机遇。首先，中国种子市场有着巨大的开发潜力。据联合国粮农组织创立的亚太种子协会官员2005年11月5日在上海表示，中国已成为世界第二大种子市场，其种子行业年交易额已达4．5X109美元，年增长高达7．5％。就种子用量及市场潜力而言，中国将成为世界最大种子消费国。中国种子业的年交易总额已从2000年的3X109美元迅速扩大至2004年的4．5X10’美元，目前成为仅次于美国的世界第二大种子市场。中国农作物种子常年用量约为1．25XlOl~kg，随着中国农业的发展和种子商业价值的提升，其种业潜在市场价值将继续增长。据估计，中国种业潜在市场价值至少可达1年500亿元人民币。（农博种业）
其次，中国具有开发世界种子市场优势。目前世界种子交易总额为3．oXlo’’美元，中国在其中所占较小的份额。加入世贸组织为我国种子进入世界市场铺平了道路。中国在开发国际种子市场方面具有许多优势，其一，劳动力丰富而便宜，对于象棉花、番茄等需要人工授粉的作物来讲，可以大大降低种子成本；其二，在某些作物育种方面，我国处于世界领先水平，如水稻和大豆杂交育种；其三，我国地域辽阔，生态气候类型丰富，世界上所有植物几乎在我国都能找到它适宜生长的地方。（农博种业）
第三，我国几十年高等教育的发展，培养出了大批农业科技人才和管理人才。这些人才无论在技术方面，还是在推广方面，都有着丰富的经验。只要理顺机制，他们会进发出自己的创造力。民族种业的发展和进步，靠的就是这部分人。但也应该看到，这些人才既可为民族种业的复兴出力，也可为外资服务，争夺市场。真可谓成也萧何，败也萧何。