1、农产品物流专业化、产业化程度低。农产品物流具有专业性强、技术管理要求高、营运成本高的特点。目前我国农产品物流主要采用自营方式，第三方物流组织还不多；常温物流和自然物流是主要的物流形式，没有形成连贯成型的冷链物流。很多企业因缺乏专业化、产业化运作意识，加上物流技术和物流设备落后、管理水平低，使得农产品流通中损耗量大，造成社会资源大量浪费。
2、农产品物流信息网络发展滞后。农业信息化落后引起了诸多问题。农业信息网络不健全，使得农产品的品种和质量不能满足需要；农户居住分散，沟通渠道不畅，许多农产品信息难以收集、传递；农资和农产品物流流带有盲目性，流程不合理，导致在途损失严重，影响农产品保值增值；农产品物流企业间未形成物流信息的共享机制，缺乏资源的整合，导致区域间信息壁垒严重等。不重视供应链管理中极为关键的信息化平台的搭建，造成信息不对称，从而使得经营成本、管理成本、决策成本、采购成本、运输成本、包装成本、生产加工成本、市场成本无形中被加大。
3、农产品质量安全缺乏保障。在迅猛发展的农业生产中，因生产经营不当而导致的生态灾难，以及大量化学物质的使用和能源投入对环境的严重伤害等问题严重阻碍了农产品质量安全目标的实现。以马铃薯的生产为例，生产者为了防治马铃薯的地下害虫，栽培马铃薯时需要施入杀虫剂甲拌磷。为了促进地下块茎的生长获得较高的产量，马铃薯膨大初期需喷施块茎膨大素1-2遍。这种药剂的使用在提高产量的同时也会导致农药在薯块中残留，从而使得农产品质量无法得到保障。
二、意见与建议
1、完善物流基础设施建设，对农产品物流实施规范化管理。大力支持农村基础交通道路建设，改善主要农产品种植基地周围的道路状况，方便农产品的输送，减少损耗。扩展建设大型农产品批发市场，将农产品集中起来，进行规范化和标准化管理，使用现代化运输设备，科学管理车辆的进出，避免空车行驶、倒流运输.针对时效性较强的农产品，应开辟专门的绿色通道，保证农产品在运到消费者手中时依旧新鲜。
2、构建农产品信息管理系统，加快信息化建设。构建农产品信息管理系统，建设农产品供应链信息管理平台，通过信息化建设，实现信息在供应商、生产商、分销商、零售商、消费者之间有效传递，提高供应链管理信息的准确性，保证各环节的便捷沟通。