种子执法抽样取证和质量监督抽查是两个不同的概念，但它们是农业行政主管部门管理种子的两个不同方法。
1、种子执法抽样取证
因此，农业行政执法人员在种子执法过程中，完全可以对种子进行抽样取证。不仅如此，还可以根据案情的需要，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十七条第二款的规定，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并应当在七日内及时作出处理决定，在此期间，当事人或者有关人员不得销毁或者转移证据。
2、种子质量监督抽查
二、两者的性质不同。
执法抽样取证常常要以农业行政主管部门的名义对涉嫌的种子进行抽样取证的证据固定，如果认为有种子质量问题的将种子样品交送具有法定资质的检测机构检验，其性质是委托检验。而种子质量监督抽查是农业行政主管理部门下达给种子管理和检验机构的任务，属业务技术方面的工作，其性质是监督检验。
三、两者的目的不同。
执法抽样取证简单直接，就是为了查处违法生产经营种子行为收集证据而采取的强制措施；而监督抽查结果虽然可以作为查处不合格种子生产经营行为的证据，但它更多的是为了全面掌握了解市场上种子质量状况，为制定种子管理措施和领导决策提供可靠依据，包含了更广范的内容。
四、两者承担的机构和人员不同。
五、两者发生的概率不同。
执法抽样取证具有偶发性和突发性，质量监督抽查具有计划性和针对性。执法抽样取证是零星少发的，往往是因举报、投诉或执法检查、调查时，执法人员临时采取的对种子生产经营场所涉嫌种子进行抽样取证的措施。而质量监督抽查呈多发的常发态势，是农业行政主管部门监督计划有目的、有重点、有步骤的种子质量监督管理活动。
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