中药材在种植过程中可能受到农药及化肥污染
和蔬菜问题频现一样，中药材并不能独善其身，它们拥有共同的源头——种植。
在工业化农业模式的延伸之下，中药材亦沦为企业扩大经济利益的工具，受到大量农药及化肥污染，从2010年国务院公布的面源污染普查报告来看，农业污染已经超越了工业和城市生活污染，成为中国面源污染第一大贡献。
湖南中医药大学第一附属医院主任药师、博士生导师刘绍贵接受央视网记者采访时认为，农户添加农药不奇怪，“因为有些品种确实容易长虫，一些果实带有香味，在果实成熟后更容易吸引虫子。但问题在于，农户一味注重利益，几乎不去考虑是否有害，一旦出了问题也没法追溯。”
一些农户滥用农药的现状被绿色和平的考察成员记录下来，这些喷洒农药的场景几乎每天都在中国农村广袤的土地上上演。
云南文山壮族苗族自治州素有“三七之乡”美誉。三七的种植过程较为辛苦，从选地开始，必须开荒“处女地”，两三年一茬一开垦，再加上这些植物喜阴比较娇气，禁不起晒，地上每隔两米就得支起竿子，上面再搭上价格不菲的遮阳网。
三七种植中病虫害比较多，农药几乎伴随整个生长过程。在一月份下种的时候药农就将红籽或是籽条与多种农药一起搅拌，于是交易市场上出现五颜六色的拌了农药的种子，甚是壮观。
药农小林告诉考察组成员，他们每周要撒农药杀虫，在雨季更加频繁。当考察组成员对农药过量使用表达担忧时，小林的脸上流露出疑惑与不解，“杀虫不撒农药，撒啥？”
文山德厚镇的一位大姐已经种了十多年的三七，对自己30多亩地里的三七呵护有加。大姐说，从没有专业人员指导她种植过程中的用药方法，不认字的她只能凭经验调配农药，通常五六种农药混合使用，但这些年虫子越来越不好治，虫子的抗药性太强了，每两周就得换一次药，不换就治不住。
这些实例对于刘绍贵来说并不陌生，刘绍贵举例：太子参有肉质的气味容易长虫，农户在挖洞栽种的时候，会把“六六六”放在洞里。等药材长好拿到市场上去的时候，“六六六”的气味依然浓烈，遇到这类的药材他所在的医院会销毁，但其他的小医院、小药店就不好说了。
此外，熏硫和染色也是导致中药农药残留的重要原因。
熏蒸硫磺是保存药材成本最低、最方便直接的方法，但也是导致中药农药残留的重要原因
湖南省中药学会副会长、主任中药师方石林介绍，熏硫磺可以杀菌、增白、增重，为了药材卖相更佳，储备更久，熏蒸硫磺就成了成本最低、最方便直接的保存方法，包括当归、人参、党参、贝母在内的多种中药材都会使用熏硫的方式，“但如今，一看到药材长虫、变色了，农户就用硫磺反复熏。”
此外，刘绍贵注意到农户为了争取更多利润，除了种植外还承担了多数的初加工业务，这导致多数药材厂家不再加工药材，而农户对药材加工技术有限，滥用硫磺也较普遍，再加上“种药致富”的地方保护主义，农药残留缺乏检测，导致中药材的源头失范。
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网络新闻联播封面报道《过半数中药陷入“农药残留”危机》20130829