随着EurepGAP（现已改为GLOBALGAP）的最新发展，为更有利于国际互认，CNCA于2007年发布了新的良好农业规范实施规则，拟于2008年正式实施。目前有效的2006版良好农业规范认证实施规则与新版之间存在很大的差异，本文将就两者的主要变化进行如下阐述：
一、认证范围的变化
2006版
1.2范围
本规则适用于认证机构开展作物、水果、蔬菜、肉牛、肉羊、奶牛、生猪和家禽生产的良好农业规范认证活动（水产品、花卉等另行规定）。
2007版
本规则适用于作物、水产、畜禽产品良好农业规范的认证活动。
注：本规则所指作物包括大田作物、果蔬、茶叶等植物产品。
二、认证依据的变化
2.认证依据
用于认证的良好农业规范系列国家标准为GB/T20014.2-GB/T20014.10。
GB/T20014良好农业规范系列国家标准；GB/T20014.2-GB/T20014.28（其中茶叶和水产标准正在报批）。
2007版实施规则增加了茶叶、水产模块的认证，其认证依据相应的增加了茶叶和水产的良好农业规范系列标准。在原来已经公布的GB/T20014.2-GB/T20014.11基础上，又制定了GB/T20014.12-GB/T20014.28系列标准，目前该系列标准正在报批过程中。
三、一级认证和二级认证要求的变化
5.1一级认证要求。5.1.2所有适用模块（包括适用的基础模块，果蔬类例外）中，应至少符合每个单个模块适用的二级控制点数量的90%的要求；对果蔬类，应至少符合所有适用模块中适用的二级控制点总数的95%的要求。
5.2二级认证要求。5.2.1应至少符合所有适用模块中适用的一级控制点总数的95%的要求。
注：可能导致消费者、员工、动植物生命和环境严重危害的控制点必须符合要求。
对于一级认证要求，2007版实施规则统一要求达到适用的二级控制点符合在95％以上，不再区分90％和95％的要求，这样有利于认证检查过程中的实施，避免混淆。
对于二级认证要求，2007版实施规则在原来的基础上，又增加了“注”的内容，该说明在实施规则中只是作了抽象的要求，没有明确作说明，这就要求机构在实施认证过程中自己判定风险。
四、符合性判定要求的变化
注1：认证依据的技术规范内被标记为“全部适用”的控制点，除非在各自适用的条款中特别指出，否则都必须经过审核和（或）检查，并且不能以“不适用”为由而免除审核和（或）检查。只有经CNCA特许的例外可免除，这些例外由CNCA发布。
注2：不论申请一级认证还是二级认证，所有的控制点（包括一级、二级和三级控制点）都必须审核（或）检查。
5.3符合性判定要求。5.3.1不论申请一级还是二级认证，所有适用的控制点（包括一级、二级和三级控制点）都必须审核/检查，并应在检查表的备注栏中对所有不符合进行描述。5.3.2在审核/检查中应收集对每个控制点的审核和检查证据。一级控制点的审核/检查证据应在检查表的备注栏中记录，以便追溯。
2007版实施规则在原2006版基础（注1、注2）上对一级认证、二级认证的要求增加了符合性判定要求的内容，明确了对检查表中的记录要求。机构在实施认证检查过程中，检查员需要对不符合的控制点以及所有的一级控制点在备注栏中作检查记录。
五、不通知监督检查的要求发生变化
机构按照2007版实施规则在实施认证过程中，需要制定不通知检查的详细规定，并在公开文件中告知企业如果不接收不通知检查可能会导致的后果。
六、2007版对农业生产经营者组织的外部检查要求更严格、更具体
6.2.3质量管理体系外部通知审核
注：质量管理体系审核中发现的不符合可以通过纠正措施计划进行关闭，纠正时限应依据不符合严重程度来确定，但最长不可超过28天。
6.2.5外部检查。6.2.5.1每年应对所有获证的农业生产经营者组织组织实施一次通知的外部检查和一次不通知的外部检查。检查采取对农业生产经营者组织内成员随机抽样方式进行。6.2.5.3获证农业生产经营者组织每年进行的不通知检查抽样数量，可以是初次认证抽样数量的50％。如果检查没有发现不符合，下一次通知检查时抽样数量可以减为成员数平方根的50％。如果在不通知检查中出现不符合，则在下一次通知检查时抽样数量按照初次检查要求对待。
对于农业生产经营者组织的认证，2006版只规定实施一次外部通知检查以及10％的不通知检查，而2007版实施规则规定组织的管理体系审核产生的不符合必须在28天内完成，每年应对获证组织实施一次外部检查和不通知的外部检查，对组织的管理体系按照10％的抽样进行不通知审核。这比2006版实施规则的规定有很大的差别，对检查的频次要求增加。造成了机构在实施农业生产经营者组织的认证时，相应的管理费用增加。
对于组织成员的抽样数量，在2007版实施规则中作了详细的规定，可以在初次检查没有发现不符合的情况下，把抽样比例减少50％，但在不通知检查时发现有不符合，则通知检查的抽样比例按照初次检查的要求。
七、申请人/认证证书持有人的权利变化
7.2.2认证机构应在申请人提出申请14日内作出是否接受申请的决定，在初次认证审核或不符合项关闭后28天内做出认证决定。7.2.3申请人可以向一个认证机构按选项1申请认证一些模块，也可以向另一个认证机构按选项2申请认证另外一些模块。但是同一个模块不能按不同的选项申请认证。
7.2.2认证机构应在申请人提出申请14日内作出是否接受申请的决定，在初次认证审核/检查或不符合项关闭后14日内做出认证决定。7.2.5申请人可以将不同的产品向不同的认证机构申请认证。
Ⅰ）如果申请人为多个产品分别申请不同选项的认证（参考7.2.3）。
Ⅱ）如果一个农业生产经营者同时参加了多个生产经营者组织（例如牛的养殖在一个农业生产经营者组织中，而猪的养殖加入了另一个组织）。
8.2.3.1作物类认证
Ⅰ）初次认证检查
初次检查要求申请人提供获得注册号之后，收获日期之前的3个月的记录。其中收获和生产处理过程必须在申请注册之后实施，注册之前的收获和生产处理的记录无效。
颁发认证证书前应保证所有未被检查控制点得到验证，并保证超出规定比例的不符合项已经关闭。
1.初次检查要求：
提供获得注册后、收获前的3个月生产记录；没有获得注册，则其提供的生产记录为无效；
对于不在收获期检查的适当增加不通知检查的概率；对于所有控制点需要在颁发证书前得到验证；
8.2.3.2果蔬类检查
Ⅱ）复评
九、2007版明确了颁证日期的要求
8.3.6当颁发或再次颁发认证证书时，证书上的颁证日期是认证机构审核农场时确定没有发现不符合项的审核日期；如果发现不符合项超过规定要求，则证书上的颁证日期是认证机构确定不符合项关闭达到规定要求的日期。
8.3.6当颁发或再次颁发认证证书时，证书上的颁证日期是认证机构做出认证决定的日期。