农产品发票类型包括：自产农产品销售发票；从小规模处购进的3%农产品专票；代开的农产品发票；农产品收购发票；从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票。
农产品抵扣变化较大：由于农产品抵扣政策比较特殊，取得发票有收购发票、销售发票、3%征收率的专用发票、9%税率的专用发票等，且有可以按票面抵扣或者按照9%计算抵扣等，原有综服平台除9%专用发票和海关缴款书可以直接勾选进入申报表，其他情况均手工采集录入附表二第6行。
税务数字账户电票平台上线后，通过电票平台开具的收购发票、销售发票及一般纳税人处取得的9%的专用发票可以直接抵扣勾选。在“抵扣勾选—发票”模块里查询即可选到。而对于一些特殊发票，无法直接从票面识别需要抵扣的税额，故要先进行一些预处理，确认可抵扣的税额后在“抵扣勾选—发票”模块进行勾选。
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自产农产品销售发票、农产品收购发票开具要点
各税局公众号上对这方面的介绍比较少，我总结了一下，有下面这三个要点：
一、开票方需先归类为农产品收购企业，或者自产农产品销售企业。
当月归类，次月生效。也就是说，次月开的发票才能在税务数字账户中勾选。
农产品发票的抵扣勾选操作针对的是开具日期为受票企业成为“用票试点企业”次月1日后的农产品类发票。即开具日期在此之前的不支持在电票平台进行农产品业务抵扣勾选操作，可以填写申报表-附表二第六栏（农产品收购发票或销售发票）进行抵扣操作。
对于成为“用票试点企业”次月1日后的农产品类发票，纳税人需在税务数字账户进行发票勾选操作。
二、在开具发票时，需选择【农产品收购】或【自产农产品销售】标签。
即开票企业要先去税局获得响应的归类，归类后才有相应的标签供该企业开票时选择。
两种发票的票样如下：
三、输入商品编码时，需选择初级农产品对应的编码。
比如，从101010101稻谷——1010599其它淡水产品，从103010101小麦粉——103010399其他植物加工品，从10301070101猪牛羊鸡鸭鹅鲜冷冻肉——103010901冷冻水产品……这些都是初级农产品。
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农产品发票抵扣勾选流程
农产品发票分为需要待处理的农产品发票与无需处理即可进行抵扣勾选的农产品发票。接下来将按这两种类型进行分别介绍。
一
待处理的农产品发票
如果取得以下扣税凭证，需先进行发票处理，再进行抵扣勾选。
1、税控系统开具的自产农产品增值税普通发票
进入【待处理农产品发票】-【自产农产品发票】模块功能处理后再进行勾选。
录入“开票日期（起）”、“开票日期（止）”、“是否处理”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，对查询结果进行选择，点击【提交】按钮，完成操作。
注意：如果是电子发票服务平台开具的自产农产品销售发票，则该发票直接在【抵扣类勾选】的【抵扣勾选】模块勾选，无需纳税人处理。
2、从小规模纳税人处购进的3%农产品专用发票
进入【待处理农产品发票】-【从小规模处购进的3%农产品专票】模块功能处理，系统提示何种情况下可以使用该功能。
关闭提示信息，录入“开票日期（起）”、“开票日期（止）”、“是否处理”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，对查询结果进行选择，点击【提交】按钮，完成操作。
经过上述操作，这些发票就可以进入【抵扣勾选】-【发票】模块进行勾选。
二
无需处理的农产品发票
无需处理的农产品发票是指农产品收购发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票。
点击【抵扣勾选】-【发票】进入。录入“勾选状态”、“开票日期（起）”、“开票日期（止）”三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，对查询结果进行选择，完成勾选操作。
三
代开农产品发票录入
３
农产品加计扣除勾选操作
进行加计扣除的前置条件：只有已归类为农产品深加工企业才能使用，且当月归类，次月生效。
功能菜单依次选择【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】-【农产品加计扣除勾选】。
1.农产品类的发票
当农产品类的发票完成抵扣勾选后，根据需要进行农产品加计扣除勾选。
选择“是否用于增值税加计扣除”，并填写“本次加计扣除税额”。目前暂时可以和以前保持一致，直接计算后填写在申报表附表二8a栏。
点击【提交勾选】按钮，根据提示信息核对数据，如无误，点击【确认】按钮，提示“提交成功”即完成操作。
2、海关缴款书（进口农产品）
选择“是否用于增值税加计扣除”，点击【提交勾选】按钮，显示“提交成功”即完成操作。