（二）存在高征低扣问题，产生征扣不一致的误解现行农产品凭收购发票抵扣政策实际上是一种隐性财政补贴，但由于虚拟抵扣的进项税额按照13%的扣除率计算，而大部分农产品加工企业生产销售的货物适用17%的增值税税率，经常会引起所谓“高征低扣”的误解，结果是给了补贴政策却被误解为增加企业税收负担，使得政策执行十分被动，争议不断。
（三）引发了大量的偷骗税案件，变革现行农产品增值税政策已迫在眉捷农产品抵扣政策违背了增值税征扣税一致的基本原则，破坏了增值税征扣税链条对购销双方的内在制约机制，“自开自抵”的方式使得税务机关对农产品收购发票无法通过稽核比对来检验收购行为的真实性，“以票控税”、“信息管税”等先进的征管措施也难以发挥作用。税制层面的漏洞及监控手段的缺乏，客观上给不法分子提供了可乘之机，导致利用农产品收购发票偷骗税的案件时有发生。
二、哪些纳税人试行核定扣除法抵扣农产品进项税额？农产品进项税额由凭票扣税法调整为核定扣除法，不仅抵扣方式发生了根本性的改变，还需要考虑与条例的衔接问题。为稳妥起见，本着先易后难、逐步推进的原则，总局选择部分行业先行试点，即液体乳及乳制品制造业、酒及酒精制造业和植物油加工三个行业。液体乳及乳制品行业产出的主要产品为液态乳，将原乳加工成液态乳损耗较小，易于核定且制定全国统一标准偏差不大。目前，部分液体乳及乳制品总局已制定了全国统一的扣除标准。酒及酒精行业的原材料品种多，生产周期长，农产品购进扣除方式下的税收监管难度大，采取核定扣除方式可以有效地加强对此类行业的税收监控。植物油加工业生产的特点是投入一种原料产出两种以上产品。如大豆油是以大豆为原料，同时产出豆粕、磷脂、甘油等产品，选择该行业试点，可以模拟投入一种原料产出两种以上产品单耗的分配方法。
直接销售和不构成货物实体的农产品扣除主要采取销售数量控制法核定，纳税人根据每月农产品销售数量（扣除损耗）或领用数量、农产品平均购进单价和农产品进项税额扣除率计算当期允许抵扣的农产品进项税额。
四、三种核定扣除方法的计算公式是什么吗？（一）投入产出法公式为：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。期末平均买价计算公式：期末平均买价＝（期初库存农产品数量×期初平均买价＋当期购进农产品数量×当期买价）/（期初库存农产品数量＋当期购进农产品数量）
（二）成本法公式为：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
（三）试点纳税人购进农产品直接销售的，农产品增值税进项税额按照以下方法核定扣除：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×13%/（1＋13%）损耗率＝损耗数量/购进数量
（四）试点纳税人购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等），增值税进项税额按照以下方法核定扣除：当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×13%/（1+13%）
农产品单耗数量、农产品耗用率和损耗率统称为农产品增值税进项税额扣除标准。
五、辽宁省为农产品核定扣除政策做了哪些工作？2005年，国家税务总局开始研究调整农产品进项税额抵扣政策，为保证政策的有效性，辽宁省国税局积极与国家税务总局沟通，多次参加农产品政策调整研讨会议，先后于2009、2010对农产品核定扣除的投入产出法和成本法进行了测算，并于2010年下半年在辽宁省沈阳市蒲河新城国税局对液体乳及乳制品业和植物油行业进行了试点，2011年上半年，辽宁省国税局又对全省液体乳及乳制品业和植物油行业农产品单耗数量进行初步测算。测算和试点工作为总局制定核定扣除管理办法提供了翔实的数据和可操作的政策建议，为全国顺利推行农产品核定工作奠定了坚实的基础。
六、辽宁省采取哪种核定扣除方法？根据总局总体要求，结合我省目前三个行业的实际生产经营状况，本着范围从严、标准从高、兼顾个别和尽量不增加纳税人负担的原则，辽宁省采取以投入产出法为主导，成本法为补充，参照法为参考的方式，开展核定扣除工作。主要基于以下因素：一是投入产出法有明确的标准和依据，便于理解和执行；二是投入产出法有利于对同行、同产品的纳税人实行统一的扣除标准，更加公平合理；三是有利于推动农产品生产和流通行业守法经营、依法竞争，鼓励守法企业健康发展，做大做强。而成本法，由于企业财务核算口径、核算制度差异性较大，同类型、同行业的企业计算的扣除标准高低不同，容易引起分歧，影响农产品核定扣除办法的推行。对于一些生产工艺复杂、产品种类繁多，难以按照一种方法准确核定扣除标准的企业，我们将采取以投入产出法和成本法相结合的方式，准确核定企业允许抵扣的进项税额。
七、试点企业适用的农产品单耗数量有哪些？目前已确定的农产品单耗数量如下：（一）液体乳及乳制品生产企业农产品单耗数量液体乳及乳制品生产企业按照《全国统一的部分液体乳及乳制品扣除标准表》（财税[2012]38号附件2）规定的农产品单耗数量执行。扣除标准产品类型
原乳单耗数量（吨）
超高温灭菌牛乳（每吨）
1.068
超高温灭菌牛乳（蛋白质含量≥3.3%）（每吨）
1.124
巴氏杀菌牛乳（每吨）
1.055
巴氏杀菌牛乳（蛋白质含量≥3.3%）（每吨）
1.196
超高温灭菌羊乳（每吨）
1.023
巴氏杀菌羊乳（每吨）
1.062
对未公布全国统一农产品单耗数量的酸牛奶按下列标准执行。
扣除标准产品类型
酸牛奶（每吨）
1.063
（二）植物油生产企业的农产品单耗数量1、豆油生产企业实行综合扣除，毛油和豆粕的农产品单耗数量为：工艺方法
产品名称
农产品名称
农产品单耗数量（吨/吨）
分配比
浸出法
大豆油（每吨）
非转基因大豆
5.850
40%
豆粕（每吨）
1.258
60%
转基因大豆
5.450
1.260
压榨法
8.128
1.243
注：分配比是按2011年生产成本计算的豆油与豆粕的进项税额分配比例。
2、其他油类产品的农产品单耗数量产品名称
香油
芝麻
2.655
花生油
花生
2.51
葵花籽油
葵花籽
3.251
核桃油
核桃
2.5
黑加仑油
黑加仑籽
7.103
琉璃苣油
琉璃苣籽
4.7
南瓜籽油
南瓜籽
5.694
苏子籽油
苏子籽
2.901
亚麻油
亚麻籽
3.703
月见草油
月见草籽
7.307
榛子油
榛子
8.855
（三）白酒生产企业以农产品为原料生产销售的不同度数酒类产品，统一折算成65度基酒计算抵扣农产品进项税额。
65度基酒（不分香型）农产品单耗数量为：
65度玉米稻壳基酒
玉米
2.700
稻壳
0.878
65度高梁稻壳基酒
高梁
2.600
0.851
（四）葡萄酒生产企业外购葡萄生产葡萄酒，统一折算成原汁含量100%的葡萄酒计算抵扣农产品进项税额。
葡萄酒（原汁含量100%）农产品单耗数量为：
葡萄酒（原汁含量100%）（每吨）
赤霞珠葡萄
1.959
山葡萄
2.499
双优葡萄
1.430
威代尔冰葡萄
3.292
双红葡萄
2.000
八、试点纳税人销售的货物是公布单耗货物的深加工货物如何核定扣除？试点纳税人销售公告公布单耗货物的深加工货物，需折算为公告公布的单耗货物后，再核定扣除农产品进项税额。折算方法需报主管税务机关备案，并且36个月内不得改变。
九、对既有外购半成品（如毛油、基酒等），同时，又以农产品生产同种半成品的纳税人，如何核定扣除？对既有外购半成品（如毛油、基酒等），同时，又以购进农产品生产同种半成品的纳税人，产成品实现销售时，需折算出相应的半成品销售数量，然后减掉外购半成品的数量，剩余的半成品数量，核定扣除农产品进项税额。折算方法需报主管税务机关备案，并且36个月内不得改变。
试点纳税人应根据公告要求设置半成品购存抵备查簿，登记半成品的购进、库存和已抵扣的情况。