一、农民专业合作社参与农产品加工业的组织模式
（一）企业﹢（农民专业合作社﹢农户）
此模式的主要利益分配方式有两种：（1）利益风险共担。农户按照自愿原则组成农民专业合作社，然后由公司提供信息、种苗和技术服务，在农民专业合作社指导下进行商品化生产，并根据市场行情和产品成本与农民专业合作社确定基准价格、加工和销售费用标准。在产品销售后将提取利润的一定比例用作风险基金，利润的剩余部分在公司与农民专业合作社之间进行分配。农民专业合作社将分得的利润返还给农民，风险基金由公司与农民专业合作社双方共同成立基金会管理，以备在遭受不可抗拒的损失时对农民进行补偿。（2）代理型。在该种模式安排下，公司与农民专业合作社是委托代理关系，农民专业合作社与农户则为组合关系，公司代理加工、销售等业务，并收取固定的费用，余额全部返还给农民专业合作社，再通过农民专业合作社分配给农民。
（二）（企业﹢农民专业合作社）﹢农户
这一做法看上去和第一种做法类似，但实质大为不同。在这类做法中，农民专业合作社是以企业为龙头，以契约关系和利益为纽带，向农户提供一定的生产资料或生产技术服务，农户则按照价格同盟提供给企业特定的农产品。这类农民专业合作社的主要特点是以某种农产品为依托，以提高社员组织化程度和抵御市场风险能力以及增加社员收入为目的，在龙头企业和农户之间开展签订购销合同、规范标准化生产、开展社员法律担保等服务。这类农民专业合作社的制度较健全、管理较规范，与农民的利益联系紧密。
（三）相互持股
鉴于以上两种结合方式的弊端，目前有的地方正在尝试在现有的“企业+农民专业合作社+农户”组织基础上，分步骤地把企业资产折股出售给与其有交易关系的社员，社员在加入农民专业合作社时必须购买龙头企业的股份。如果把龙头企业的全部资产都出售给农民专业合作社的社员，社员们不仅能够通过社员大会控制农民专业合作社的决策，而且能通过股东大会影响企业的决策。农副产品收购价格的确定就变成了组织内部的决策问题，从而在一定程度上消除了农民专业合作社和龙头企业间的利益冲突，弥补了“（企业+农民专业合作社）+农户”的制度缺陷。但是，根据资本合作原则，大股东拥有更大的权利（这里所指的大股东当然也是农民专业合作社的社员），而农民专业合作社奉行的是劳动合作原则，强调社员之间的权利是平等的。因此，如果大股东所支配的企业坚持对农民专业合作社的农副产品进行
压级收购等行为，农民专业合作社能否制约它？反之，当利益发生冲突时，如果农民专业合作社不遵守合同规定，大股东控制的企业又如何制约它？对于这些问题都还没有更有效的互补性的制度安排。
（四）农民专业合作社﹢企业﹢农户
这种做法包括两种情况：一是由农民专业合作社牵头组建自己的农产品加工企业，这样就形成了以农民专业合作社为核心的农民自己拥有的农产品纵向一体化体系。显然，在这个体系中农民将会获得农产品加工供应链中各环节的增值利润，所以这应该是一种比较完美的农产品加工业组织模式。二是农民专业合作社由与产业化有关的农资供应、产品加工、销售的企业以团体社员与农户个人社员按照合作制原则共同组建，而且企业与农户在地位上是平等的。而农民专业合作社凭借着对资产的所有权和组织特有的运行管理机制，在利益盈余中提取一定比例作为积累。在这种组织形式下，农民专业合作社能更有效地保障农户的利益。
二、农民专业合作社参与农产品加工业的利益联结方式
（一）合约联结方式
这种联结方式也称“订单农业”，不过这是农产品加工龙头企业与农民专业合作社之间的订单农业。合约联结的基本点在于它不改变企业与农民专业合作社的经营独立性，而通过契约方式界定企业与农民专业合作社之间的利益分配关系。在这种利益联结方式中，龙头企业根据自己对农产品的需要，通过与农民专业合作社签订具有法律效力的产销合同，明确规定双方的责权利，以契约关系为纽带，进入市场，参与竞争，共谋发展。这种联结方式的优势在于：首先是通过农民专业合作社降低了农民的生产风险，其次通过与企业的订单鼓励和支持了农民专业合作社早期的发展，减少了农民专业合作社早期的经营风险，为农民专业合作社的早期经营提供了必要的支撑业务。这种利益联结方式一般出现在企业主导型的农民专业合作社与农产品加工业利益联结模式中和农民专业合作社发展早期阶段。
（二）产权联结方式
就龙头企业与农民专业合作社的利益联结方式而言，关联程度紧密与，不在于是否进行交易或者交易量有多少，而是处于关联状态的经济主体是否共同存在于一个经济实体之内，相互结成以共有产权为基础和纽带的利益关系。而产权联结就是企业与农民专业合作社之间以股份合作制的形式进行的利益联结方式。相互持股就是这一方式。
三、农产品供应链中的合作社变革
近些年来，我国农业产业化经营深入发展，终端消费者需求多样化、农业科学技术进步迅速、农产品供大于求的市场格局不可逆转，农产品加工业开始呈现鲜明的供应链管理趋势。面对以垂直协调为主要特征的供应链管理趋势，正处于发展初期的农民专业合作社迎来了前所未有的困境和挑战。
换言之，农民专业合作社只有顺应农产品加工业发展趋势，紧随市场环境变化，对其自身组织结构及经营机制进行及时而深刻的变革，才可能顺利地摆脱困境，赢得挑战。而这意味着农民专业合作社必须实施供应链管理策略，必须主动地、积极地走向供应链网络，参与供应链网络，融入供应链网络。
四、农民专业合作社的完善与发展
农民专业合作社融入农产品供应链，可以使农民专业合作社更加健康的发展。在现阶段，发展农产品加工业，完善利益联结机制，需要从以下几个方面构建和提升农民专业合作社：
（3）农民专业合作社的分配制度要突出利益分配的公平性。农民专业合作社吸引农民的一个重要原因是它能带来相对稳定的农产品增值收益。增值收益返还是农民专业合作社的基本原则，因此，在收益返还的机制设计上一定要保证公平性和科学性，既要考虑按交易量的返还比例也要兼顾按股金投入的返还比例，并留成适当的积累作为抵抗风险和未来发展的资金。
（4）农民专业合作社的产权制度要能产生管理效率。农民专业合作社要在市场竞争中获取更大的收益，离不开科学严格的管理制度，而科学管理的实施依赖于组织内部合理的产权结构。农民专业合作社的产权设计一般是参照国际合作社联盟的产权原则，但在实际运行中可能会因公共积累的所有权问题而引发内部的机会主义，以及后来者的“搭便车”行为。如何科学地设计产权结构直接影响着农民专业合作社剩余索取权的合理性，是吸引社员加入和维持社员数量稳定的重要因素。
（5）农民专业合作社要逐步具有与农产品加工业供应链上其他工商主体竞争的实力。农产品加工业是以供应链的延伸为核心形成的一个从农产品供应、加工到出售的链条上不同组织相互作用的一个经济大系统。系统的可靠性需要形成多级竞争的并联选择结构，农民专业合作社既是作为提高系统竞争力的并联组织存在，也是作为工商企业的竞争对手而存在。农民专业合作社一旦失去与其它工商主体竞争的能力，也就失去了发展的动力和存在的可能性，所以，农民专业合作社在内部要提高管理效率，外部则需要政府等环境的支持，以逐步具有与农产品加工业供应链上其他工商主体竞争的实力。