农民专业合作社虽然得到了快速的发展，为现代农村经济提供了活力，但是，在其快速发展的过程中，难免会出现一些问题，特别是农民专业合作社财务管理方面存在的问题，在很大程度上阻碍了农民专业合作社的进一步发展。笔者结合实际工作，谈几点粗浅认识。
一、存在的问题
2.未按程序配备财会人员，业务素质不高。部分农民专业合作社没有配备专职的财会人员，有的是理事长、监事长或本社社员兼职，有的是聘用村会计、出纳来兼任，而这部分人一是专业水平较低，没有受过系统培训，二是身兼数职，难以保证工作质量。
会计凭证审核不严。农民专业合作社的凭证和票据审核不严格、不规范。在指导农民专业合作社的规范建设的过程中，了解到部分专业合作社的签批和凭证的审核非常不严格，主要表现是使用票据复印件、过期票据，填写不规范的票据和白条等等。
现金管理不规范。有的专业合作社存在现金被侵占、挪用的现象，有的专业合作社还存在库存现金偏高的现象。有的专业合作社没有安排专人管理现金，账务处理混乱。
4.运营资金缺乏，收益分配欠妥。一般来说，农民专业合作社的初始注册资金不是很多，很难从金融机构贷款，民间融资成本比较高，有限的资金制约了农民专业合作社的进一步发展。
收益分配制度不合理，社员积极性不高。有的合作社，分配方案就由理事长自行决定，社员根本不知情;有的合作社理事长及很多社员从来就不清楚什么是利润返还，什么是股金分红和股息;有的农民专业合作社收益分配中的股金分红、股息、利润发放标准不合理;还有相当一部分合作社没有实行股金分红。
二、对策和建议
合作社要想取得长足的发展，必须妥善处理好面临的问题，即必须做好以下几方面的工作。
1.要从思想上提高认识，并积极宣传和引导，增强重视专业合作社财务管理的意识。
2.加强财会人员的队伍建设，不断进行专业培训。农民专业合作社财务人员的业务能力直接影响财务管理水平，在选用人员时要按照一定的程序，选用爱岗敬业、责任心强、业务素质棒的人员来担任合作社的财会工作。上岗以后，每年要进行业务培训，使其业务知识不断更新，业务工作能力逐步得到提高。不光对财务工作人员，对农民专业合作社的社员同样要进行专业系统的培训，从而提高社员的整体素质，推进农民专业合作社财务管理的规范化建设。
3.建立健全财务管理制度，加强会计核算和会计监督职能。按照《农民专业合作社财务会计制度(试行)》的要求逐步完善和规范资产管理内部控制等各个环节制度，建立财务管理制度。同时结合实际，根据本社的业务特点大胆创新，制定一系列既合规又实用的财务管理制度，从而规范会计核算工作程序，进行有效会计监督。
5.完善收益分配机制，均衡各方利益。一般合作社除了留取一定的积累以供自身发展外，合作社的收益分配主要包括利润返还、股金分红、股息支付三个部分组成。农民专业合作社进行盈余分配能够提升社员凝聚力。只有建立合理的收益分配机制，才能够增强专业合作社的吸引力、凝聚力和社员的自律意识。农民专业合作社一定要设立风险基金，并且做到专款专用，加强抵御市场风险的能力。如部分专业合作社提取一定的风险基金，一般在10%～20%，保证专业合作社的长久稳定持续健康发展。